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第二天沈飛又收到密信，崇禎說到他和閻應元商量整頓京營的方法，問閻應元京營要淘汰多少人，閻應元回答很乾脆“全不可用”，讓崇禎吃了一驚，京營編製十二萬人，就算吃空餉，實際上一半人總是有的，整整六萬人按閻應元的標準沒有一個能留下。
閻應元解釋戚繼光選兵第一條就強調“切忌不可用城市油滑之人”，京營裡都是北京累積幾代的地痞無賴，是油滑中的油滑。即便本來中間有幾個老實人，在這種環境下其他人也非把他帶壞不可。必須像戚繼光當年在浙江抗倭時一樣，踢開衛所兵，另起爐灶在義烏征新兵訓練成軍才管用。
崇禎被閻應元說服了，不過又問京營六七萬人全部一次性裁掉可能會惹出亂子，如果不裁昭舊養著空耗錢糧又不劃算。閻應元說與其朝廷裁掉他們，不如讓他們自己退出，他已經有了方案。崇禎就任命閻應元錦衣衛指揮使兼管京營提督。閻應元已經以增補一千人為由向京營派出了密探，之前李守琦裁掉三千，揪出冒名一千，折騰掉了四千人，增加的一千人根本沒有引起懷疑。
十天後，查清楚了京營的情況，閻應元就開始動手，沈飛也穿上錦衣衛製服去現場看了看熱鬨。在校場聚集京營三大營人馬，先假意說崇禎登基以來還沒有犒賞過京營將士，這次要特彆在正餉之外給每個士兵發四兩銀子，在場的人聽到這個消息都很高興，到了規定的時候，所有人都在來到了校場上，平時不來的都特地來領銀子了。
這時周圍已經搭起了長棚，擺上了桌椅，新增加的一千人都已經穿上了錦衣衛製服坐在桌子後麵。閻應元站在校場中間的高台上，左右站著六十個隊列整齊手持鳥銃弓箭的錦衣衛，讓人把一箱箱銀子抬到台下，拿出兵部調令宣布說這些錢既是犒賞，又是提前發的慰勞銀。現在建虜猖獗，薊鎮空虛，領完錢三大營調往薊鎮駐紮。
這樣一來下麵的士兵一陣嘩然叫罵，閻應元讓兩邊的錦衣衛放了一排鳥銃警告，訓斥說朝廷平時也沒有虧待京營，邊軍連年欠餉，饑寒交迫，他們在京城從來沒有缺過餉銀衣食，怎麼還不滿足，要調他們去邊鎮就這樣大吵大鬨，再喧嘩吵鬨的軍法從事。鎮住了大部分人，還有十幾個繼續嚷嚷的直接被鳥銃弓箭射殺了，這下沒人再敢發場，甚至有些人嚇得尿了褲子。
閻應元讓他們有什麼話推舉出一個人來說，前排幾個將領商量後，其中一個說京營已經很長時間沒有打仗了，鎮守不了薊鎮這樣重要的地方，閻應元反問莫非北京城不是重要的地方嗎？那個副將沒詞了。接著閻應元說出真實意圖，如果有真的不願意去的也可以，馬上退出京營，不過要繳銀作為朝廷另外募兵的費用。士兵每人十兩，把總二十兩，遊擊將軍四十兩，參將六十兩，大將二百兩。
這也是閻應元和崇禎經過商量計算的。進入京營的名額很多人都是買來的，都有些錢和關係。北京城是富商文人官員彙聚的地方，就是把房子租給這些人都能有豐厚的收入，在京城居住幾代的市民不會缺錢，何況這些年發給京營士兵的軍餉就超過一百兩了，要回十兩隻是十分之一，將官更不用說了。
台下沉默了一陣，從來領銀子到要出銀子，前後反差太大，一時轉不過彎來。閻應元又說要是不退出，今天下午就開拔往薊鎮去，要是中途再反悔當逃兵，軍法無情家屬連坐。這句話一說，很快有個遊擊將軍表示退出，在錦衣衛的指引下到旁邊一個棚子下登記，當場拿出四十兩會票給登記的錦衣衛辦理了手續，脫下盔甲走了。
有了帶頭的，其他人也蜂擁而上，大約有五萬人要退出，在錦衣衛的組織下，分成每排五十人，半天時間辦理完退出軍籍手續。帶錢的當場交錢，沒帶錢的登記了姓名住址家庭信息也不怕收不到。剩下的一萬人裡，經過甄彆篩選，又淘汰掉兩千人。最後剩下八千人調往薊鎮。崇禎補發軍餉讓王之臣平息了寧遠兵變以後，已經讓滿桂帶一萬關寧軍移駐薊鎮，這八千人到了薊鎮以後自然由滿桂整頓，一天時間，京營就完成了淘汰清理。
當天下午，錦衣衛又抓獲了四百名離開軍營以後散布謠言的，並且把他們的親屬和背後的勢力挖了出來，公示抄家。之前進入京營的一千錦衣衛已經在十天裡把京營中最奸猾最喜歡造謠生事的人和他們的社會關係背景查清楚，這些人離開後就跟蹤監視，查清楚他們去了哪裡、和誰接觸、和誰說話後抓起來，稍加刑訊審問就取得了口供，不僅這次串聯造謠的事情，連以前乾過的臟事都招了出來。關聯的太監、商人、勳貴奏報崇禎，崇禎讓錦衣衛把他們全抓進了詔獄，有了這些人的榜樣，原來的京營士兵再也不敢興風作浪了。
一天之內把京營收拾乾淨，很快就成了北京城裡街談巷議的奇聞，官民難得達成了一致，平時被京營士兵欺負多了的小商販當然開心，一直因為京營這個大麻煩頭大的官員們也感覺輕鬆。
緊接著很快知道了後續消息。閻應元派出兩千錦衣衛到北直隸各州府重新招兵，每個招一百人，交代全都要吃苦耐勞，性情剛直的“良家子”。招滿二十萬人以後經過初步比試淘汰，留了十萬人組建新的京營重新開始訓練。
訓練的內容沈飛非常熟悉，就是在《神雕》世界裡乾過的，按戚繼光的練兵步驟，練膽氣、練耳目、練手足、練心力、練營陣、練軍器。定期公開測試淘汰，缺額部分再重新招募訓練，沒有鐵飯碗。
閻應元在麵見崇禎時提出現在這種辦法也隻是應急，真正的京營應該彙聚全國精銳軍隊，定期輪流調集各地精銳組成。這有點像明初建立的京操製度，後來就逐漸廢弛變質，變成了各地派人進北京當農民工給權貴乾活，受苦受累沒有好處。要改變這種狀態，就要製度上保障京營服役的利益和優勢，讓天下將士都把進入過京營服役視作榮耀。
閻應元建議京營軍餉更高。在國子監下建立軍校，在京營任職的基層將官三年期滿後可以優先進入國子監軍校，軍校學成的優秀畢業生，武職可以擔任大將、都督。轉文職可以擔任尚書，進入內閣。不進入軍校的其他將官，提拔升遷時也優先，轉文職更容易成為地方和朝廷主官，退役優先安排職位。
對於士兵閻應元和崇禎商量決定了京營輪換製度，三年一換。每三年將官可以升遷轉調，士兵可以回鄉，否則時間一長就會腐化。京營三大營，正好一年輪換一營，有軍情需要，也派出一營就夠，三營互相製約防止意外。
閻應元對京營的定位是野戰軍，守城另設京城民兵，用京城本地居民和京營分開訓練，這需要統計京城人口、職業，查清壯丁人數，登記造冊，以使抽調壯丁進行守城訓練。緊急時，民軍也可以作為京營的後備力量，這樣才能萬無一失。崇禎表示人口普查不僅北京需要，全國都要進行。
接著閻應元又提前製造精良火器的話題，崇禎之後接見了畢懋康聽取意見，畢懋康的觀點很多與沈飛在《神雕》世界裡的吻合，手榴彈和地雷效果最好，宋代的鐵殼火球、明代的擊賊神機石榴炮，隻是明代的黑火藥配比硝石超過七成，已經很接近最佳配比了。地雷戚繼光發明的鋼輪發火櫃是現成的，可以作為很多火器的擊發裝置。
火炮方麵，畢懋康也認為笨重的紅夷大炮隻適合摧堅攻城，野戰對付來去如風的騎兵效果不好，推薦一些輕型火炮，比較外形像重機槍的翼虎炮，長三尺重六十斤，有柄有架，比起虎蹲炮重一些，同樣可以伴隨行軍野戰。
重型火炮方麵，綜合紅夷大炮和佛朗機優勢的神飛炮，子母炮的設計避免炮管過熱和炸膛，有一千斤、八百斤、六百斤各種形製，最重的母炮一千斤，五門八十斤子炮，配備多種彈藥，攻城可以用二十五斤合口彈（就是和口徑同樣大小的炮彈），攻擊集群人馬可以用兩種霰彈，兩百個平均二兩的石彈或五百個平均一兩的鐵彈，殺傷力遠遠比紅夷大炮強。
火槍方麵畢懋康稱讚鳥銃的威力和精度，可以射穿鎧甲，精度能擊中錢眼，鳥銃的名稱不僅是指形似鳥嘴，確實可以擊落飛鳥，有效射程大概150米。建議陣列輪番發射，連續不斷，雖然曆史上《軍器圖說》是崇禎八年才完成，這時也提出了改裝機發裝置，用火石機發的思路。
接著說到火器質量問題，認為到明代的冶煉技術和歐洲的鑄造技術合起來最好，鐵心銅體炮是歐洲沒有的獨創，提到紅夷炮其實是葡萄牙人雇傭廣東佛山鐵匠鑄造，南方廣東工匠賣給民間和歐洲人的火器製作精良，給官府打造的質量就很糟糕，這是趙士禎書中就提到過的。
崇禎指出這是沒有嚴格的獎懲製度的原因，建虜強征的匠人製造的兵器都很精良。把偷工減料，製造兵器質量不合格的處嚴刑張榜示眾，兵器製造優良的除了報酬還可以給予功名甚至爵位，明初有工匠提升為工部尚書，現在也可以這麼辦。工匠可以舉報官員貪汙工料錢，查實後對犯罪官員抄家沒收財產，一半獎勵給舉報者。
畢懋康讚同這些措施。崇禎就任命畢懋康以都察院右副都禦史身份監管火器局，像整頓京營一樣徹底整頓火器製造。主要就是三條，一進南方廣東工匠技術好，就去南方大量招募工匠，不怕多花錢。二是武器打造基地不能集中在北京一處，在彆的地方另選四處火器製造工廠。三是除了製造，在北京在招募各種有奇思妙想的人研發新型火器，尤其是畢懋康說的自生火銃，作為第一項重點研發項目，以便大規模製造裝備軍隊。
崇禎正在陸續安排各項工作，為最後攤牌實行“先軍政治”作前期準備。沈飛也開始安排校事營前期工作，一是尋訪安劍清說的武功可能還在穆人清之上的普照大師的下落。二是調查搜集武林中人犯罪的檔案，像溫南揚這樣已經判決了的殺人逃犯直接讓各地上報案卷，沒有結案的也著手調查搜集案情和證據。建立今後凡是武林中人犯罪除了在當地立案另送一份案卷交給錦衣衛校事營的製度。
另外趁著京營還處於新兵訓練階段，沈飛完顏萍帶著安劍清跑了一趟南京，把大功坊賣了下來。小說中閔子華說一個月前才買下來，不過那是十幾年以後的事情了，現在的產業肯定不在他手裡。錦衣衛改組以後威勢已經今非昔比，要辦個買房過戶手續很容易，閔子華買價是四千三百兩，焦宛兒說便宜了，為了避免彆人說閒話，沈飛出了六千兩。
雖然沒有藏寶圖，不過大功坊裡麵柴房沒有幾個，很容易找到了十個藏寶箱子，打開一一難看，確實是上麵一半各種珠寶翡翠、珊瑚瑪瑙、珍珠鑽石、貓兒眼祖母綠之類，下麵一半是金磚。按明初的經濟條件估算，金磚換算成白銀大概有幾百萬兩就不錯了，至於珠寶值多少錢就要看商業運作了。