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陳家的假倭後人消息當然也已經公布了出去，抄家銀兩中十萬兩用於賑濟鬆江本地雇工和貧民的錢，錢謙益對外宣稱是朝廷征稅分成給下層百姓的。乾過宣傳工作的汪汝淳建議方嶽貢，以後要多注意把鬆江的織工和雇農拉到官府一邊，把一些工場主和各種商行壓榨雇工、為富不仁的事情宣揚一下，對縉紳豪門在鄉間仗勢欺人的事情，也可以抓幾個典型整治一下，激起被欺淩的鄉民們憤慨，然後說朝廷多征稅，除了用於抵禦外侵，也能用於改善貧民生活。
這樣人數更多的下層百姓就能支持戰時新政多征收稅，乃至調用富人資產。今後一些人再起來煽動抵製朝廷征稅時，多數貧民不會參與其中鬨事，還可能反過來幫助官府。鬆江府宣化司除了招收一些不得誌的貧寒童生和生員以後，也可以用一些走街竄巷的民間說唱藝人，方嶽貢都記下隨即照辦了。
開辦官辦錢莊的事情錢謙益也交給方嶽貢辦理，不僅可以借款放貸，也可以吸收百性和富商的存銀。在征繳已定的田賦以外，額外向朝廷交納糧食，就可以換取相應的銀票在錢莊取銀。
安排完了鬆江府的事情，錢謙益和汪汝淳帶著已經革除功名的彭雯和李賓，還有吳瑛父女、尼姑庵主、刺激石田介六個涉案人犯和證人回了南京。南京城裡已經傳言四起，說錢謙益是被刺殺案驚嚇地逃離了南京。
再一打聽，王世德已經回北京雲了，閻應元接替他來了南京。錢謙益又找到了閻應元，王世德因為錢謙益的交代要保護阮麗貞，臨走前交代遇到急事可以去南京錦衣衛衙門向閻應元求助，在阮宅第二次受圍攻時，阮麗貞知道出了行刺案以後事情比第一次更嚴重，就帶著侍女和一些金銀細軟逃出來，直接找到錦衣衛衙門。閻應元就安排他們在衙門裡先住下了，這幾天南京城裡又傳出了閻應元和阮麗貞有私情的傳言。
錢謙益對閻應元來南京的目的感覺好奇，還以為是崇禎知道了南京出事派他來的，或者是崇禎對錢謙益還是不信任。閻應元說南京的事情不可能幾天之內就傳到北京，也沒有隱瞞，說崇禎交代他來南京是整頓南京的京營和錦衣衛，另外收拾左光先和陳洪範這兩個惡人。這兩個人跑不了，他來了之後撞上了兩個大案，南京城裡亂象不少，就先處理一些緊急事務。
閻應元介紹他從北京又帶了兩千精銳過來，先把南京京營的各級軍官都換了一遍。還有南京錦衣衛人員也已經篩查了一遍，把錦衣衛軍官裡格外軟弱散漫無能的紈絝子弟都清理出去，軍官裡盤剝克扣普通校尉，兵憤較大的也都被檢舉了出來處理了。對京營士兵和錦衣衛校尉裡生活貧苦、家庭困難的也進行了賑濟。
南京短時間內對京營和錦衣衛還無法像北京那樣進行徹底的大換血，不過這樣一番整頓下來執行維持南京城內治安的任務已經足夠了。現在南京城表麵上沒有戒嚴，但是各種要害地點都已經安插布置了人手監視。一些生員會社的激進分子的活動基本上都處於監控中，隻是為了避免打草驚蛇沒有公布。吳昌時這樣的重點人物，閻應元已經讓人全程盯緊，而且不會讓他出城去。
閻應元說這個吳昌時也是這次他出發以前崇禎交代要特彆關注的人，不過在閻應元到了南京後的八九天裡，吳昌時沒有要離開南京的意思，似乎對自己掌控局勢的能力很有信心。
玄武湖黃冊庫房被燒的案子，南京刑部初審以後，已經按東林派係的意思認定是閹黨餘孽勾結湖中吏員乾的，閹黨餘孽裡阮大铖的影響和活動能力最大，已經發出逮捕文書去桐城抓人了，不過阮大铖提前得到消息，躲進了深山中，還沒有抓到。
錢謙益已經知道了案件過程，當然不會再被流言影響。而且熟知東林內情，說起了以往東林的習氣，辦理案件時隻要涉案嫌犯被認為是可惡的奸人，那就算被冤枉，也被認為是懲奸除惡所需，不算什麼大事。李三才在萬曆年間時，故意製造冤案，讓死囚誣陷攀咬稅監手下的稅使，當時已經是這樣。東林中人明知是構陷，也不覺得奇怪，還稱讚李三才好手段。這事還是東林中人誇耀李三才功績時沾沾自喜說出來的。
名列三大案的梃擊案也是一樣，一個瘋子張差手持木棍去闖太子宮，打傷了一個看門的太監之後就被拿下的事情。誰都能看明白這是製造事端不利於鄭貴妃，東林把持審訊讓這瘋子招供說是受鄭貴妃指使，去行刺太子，還指名道姓供出鄭貴妃手下兩個太監。
閻應元聽了介紹也覺得滑稽，說鄭貴妃就算真要刺殺太子，也不會蠢到公開讓一個人拿著木棍去打一個東宮看門的太監，天下沒有這種愚蠢的行刺辦法，哪怕是換成一把匕首，也讓刺殺太子的案子做理更像真的一些。
錢謙益說可是當年那些東林前輩，認定了這麼荒謬的行刺故事，還以此為依據窮追不舍追究鄭貴妃刺殺太子的責任。閻應元說基本的情理他們都不考慮，這張差要說真有人指使，那也隻能是被東林指使故意去構陷鄭貴妃，那才解釋得通。即便是構陷，這手法也太拙劣了。
錢謙益說這事明眼人一看就知道，不過這就是他們的心態。這些人的意思是隻要他們針對的那人是所謂奸人，隨便炮製一個案子，能把攻擊的輿論指向奸人就行了，再拙劣也沒有關係，也能達到打擊奸人的目的。反正東林操控朝野輿論，這案子再漏洞百出，情理不通，輿論引導下，大部分人也不會朝不利於東林的方向去考慮。
閻應元感歎這些人連造假案都是這樣光明正大，不願意多費心思。錢謙益說即便張差就是東林指使，當時也不會有人去追究，最後還是以鄭貴妃被官員攻擊得焦頭爛額，鄭貴妃手下太監被殺而結局。閻應元似乎已經明白了錢謙益的意思，南京的玄武湖縱火案和戶部尚書遇刺案，也是東林效仿當年的梃擊案故技重演的。
錢謙益肯定了閻應元的判斷，說玄武湖給火案還有些不清楚細節，鄭三俊遇刺案他已經查到了證人證據，就是東林士子幕後操縱指使的，雖然手法依舊不高明，不過比起當年兒戲一樣的梃擊案，用的功夫大了許多。如果不是他去鬆江走了一趟，碰巧破了案，暫時還查不清是誰乾的，多半就隻能由阮大铖背黑鍋了，東林後輩這些人經起前輩還是有些漲進的。
閻應元猜到這幕後主使就是吳昌時，說來南京之前，崇禎就交代要特彆關注吳昌時，到了南京，組織圍攻阮宅的史槐是吳昌時的門客，還有他派在南京各處監視的錦衣衛校事回報的消息，許多來往聯絡的可疑人物，也多與吳昌時有關。
錢謙益說眼下關鍵的事情，就是以刺殺案為突破口，抓捕吳昌時等人，把參與煽動民變，抵抗朝廷戰時新政的那些人全部控製趕來，仔細盤問，玄武湖縱火案就不難破獲。隻要把這些案子辦得證據確鑿，麵對這些證據，東林中人要為和吳昌時往來勾結承擔責任，名聲大損了。
閻應元同意了計劃，錢謙益讓閻應元控製住南京城的京營官兵和錦衣衛，防止吳昌時的黨羽狗急跳牆，生出意外的事變。把刺殺案和縱火案追查清楚，就可以趁熱打鐵，整頓江南，更徹底地落實南方的戰時新政了。
接下就分頭行動，閻應元照舊監控南京城裡重點區域和重點人物，錢謙益讓士兵帶著相關人犯和證人去刑部，陸彥章已經抓了一個阮大铖家的仆人，打出了口供，說就是阮大铖指使乾的。南京兵部侍郎傅振商、南京右軍都督臨淮侯李弘濟和南京錦衣衛掌印魯應魁和幾個士子也帶著遇刺已經醒過來的鄭三俊趕到，這其中就有左光先。
鄭三俊認出了那個日本刺客石田介。魯應魁也說當時在場的也有其他人看見刺客，錦衣衛校尉中曾有人追過刺客，緊追不舍了很長一段距離。刺客最後攀簷躥壁，到一個廢棄已久的商人宅邸院落就不見了。
魯應魁說他們也奇怪，當時南京的錦衣衛和京營在行刺案件發生以後，對出城的人嚴加盤查，沒有見過與刺客相似的人，還在南京城牆四周也安排了人輪換值夜，防止有人攀牆出城，也沒有抓到人。
錢謙益問石田介是怎麼混出南京城的。石田介說他進了院落地道後，有蒙麵人把他帶到一個地方，讓他鑽進一個轎子的座位下麵，後來有女人進了轎子，有人抬轎子出了城，轎子旁邊還有騎馬的聲音，應該是女人的丈夫。
轎子到一個寺廟後，女人和其他人進廟去了。轎子被挪到一個沒人的角落，有人在轎子外麵踢了一腳，低聲說可以走了，他就從轎子下麵爬了出來，見到是一顆大樹底下，天已經黑了，他趁著周圍沒人就走了，之後在集鎮上買了一匹快馬，趕回鬆江那尼姑庵下麵躲藏，打算等風頭過了，就拿著報酬出海回日本去。
順著這個線索查到當天是懷寧侯孫承蔭，陪著他的一個小妾當時去城外寺廟上香，守門士兵掀開轎簾看了確實是個年輕女子。接著錢謙益又讓錦衣衛校尉把吳昌時和孫承蔭也叫來。很快吳昌時、孫承蔭還有陳洪範一起被帶來。
魯應魁解釋是閻應元這幾天已經和他商議過，案情已經猜百八九不離十，閻應元已經把人控製起來等在那裡了，他們一過去就把人送過來了。說已經查明孫承蔭在刺殺案當晚夾帶刺客出城，就是陳洪範授意的，陳洪範和吳昌時有勾結，一問三人就明白了。
孫承蔭大嚷自己和刺殺案無關，承認是陳洪範托他往外帶人，說是一個家丁父母在城外得了急病，必須出城去看。他收了陳洪範一百兩銀子，隻是懷疑這個人也許在陳洪範手下做了什麼犯法的事，沒有往深處想。
吳昌時則否認一切指控，問天陳洪範時，卻是很乾脆地就把吳昌時賣了，說是吳昌時托他把刺客帶出城的。還指控吳昌時以前就經常和他聯係，送他金錢美女，要他為吳昌時辦事。而且還宣稱自己對朝廷一向赤膽忠心，早就看出吳昌時心懷不軌，所以假意和他結交，打探出他的臟事以便把他治罪。
還點出吳昌時每次傳遞紙條都是用字帖裡剪下來的字拚湊的，城西秘宅裡養的美女用來招待各路達官。他見吳昌時這樣鬼鬼祟祟，又用財色賄賂的手段，就知道他是偽君子。吳昌時要他想辦法掩護刺客出城，無非是打算萬一這刺客被抓，他就全部推到自己頭上，讓自己做替死鬼。刺客到南京後，吳昌時讓他藏在秘宅，用美女招待過他。行刺案後，吳昌時還在那個女子那裡留宿過。他早就已經留心取證了，把證據放在了他頭上戴的淩雲巾裡。