小智一行人在前往淺紅市途中，意外到達了忍者學院。
而小剛在這裡喜提了一隻年幼的愛哭樹，尤其是愛哭樹還是岩石屬性，身為岩石館主的他終於收服了一隻岩石係神奇寶貝，小剛對它可是疼愛的緊！
從忍者學院離開，小智一行人抵達了淺紅市郊外的小城鎮！
隻是這座小城鎮顯得有些荒涼，人並不是很多，好在這裡還有著神奇寶貝中心的存在。
在這裡小剛為愛哭樹準備的奶被小卡比獸喝光了，愛哭樹當即委屈的嚎啕大哭，小剛隻好重新為其準備，而小勝則帶著小卡比獸去神奇寶貝中心的食堂吃飯去了。
隻剩下了小智與小遙留在了原地，小遙從孵化手環中拿出了她的精靈蛋，因為手環顯示精靈蛋即將孵化了。
小遙小心撫摸著精靈蛋，期待道，“究竟會孵化出什麼神奇寶貝呢？”
小智微笑的看著這一幕，又看向外麵陰沉的天氣，“這天氣正好適合電擊怪做特訓，小遙你就在這等著吧！”
說完，小智便跑出神奇寶貝中心，來到森林中，讓皮卡丘幫電擊怪做電擊特訓，電擊怪等級已經很高了，所以小智打算好好訓練它，爭取早點突破進化！
可是沒想到的是，小智離開時，傑尼龜竟然也跟著跑了，隻是在門口處拐彎處，跑向了另一個方向。
小遙見狀連忙跟了上去，一路追到了一個廢棄的車站！
在那裡小遙認識到了一位慈眉善目的老婆婆——阿國嫂，還有她的孫女久美子！
小遙經過與久美子交談得知原來阿國嫂在等久美子的爺爺阿勇！
阿勇年輕的時候從事著精靈蛋的撫養家的工作，而阿國嫂也一直在他身邊幫忙。
可是有一天，阿勇決定要上大城市學習更多的知識，這本來是一件好事，卻在返回途中遭受了事故喪生於此。
而阿國嫂已經懷上了阿勇的孩子，卻沒來得及告訴他，成為了阿國嫂一生的遺憾，到現在還是沒有放下，經常來到這個廢棄的車站等待，堅信阿勇一定會回來的。
此刻雷鳴大作，小智這邊電擊怪特訓已經接近尾聲，落雷從天而降轟在電擊怪身上。
“皮卡！”皮卡丘有些擔心的看著這個小老弟。
“嗶哩！！”電擊怪大叫一聲，落雷被電擊怪吸入體內，頓時助其打破了瓶頸！
進化之光湧現，電擊獸出現在了小智麵前！
【電擊獸】
【實力精英後期】
【招式電球，終極衝擊】
“做的不錯，電擊獸！”小智笑道，同時運用著波導之力將雨水隔絕開，經過路卡利歐的教導，小智對於波導之力的運用已經越發自如了！
“艾力！”電擊獸秀起雙臂，興奮的回複道。
“拉比～”這時，小智脖子項鏈上的gs球發出光芒，雪拉比從中跑了出來。
“拉比拉比拉比！”雪拉比對小智指劃著，通過波導之力小智大概明白了雪拉比的意思。
“你是說這周圍出現了時空能量波動！”小智震驚道。
“拉比！”雪拉比點點頭，拉著小智向著向時空節點跑去，小智被拉著轉身將電擊獸收了回來。
最終雪拉比帶著小智來到了廢棄的車站上的鐵軌上，毫不猶豫的發動時間穿越帶著小智與皮卡丘它們返回過去或前往未來！
原來不久前，小遙返回了神奇寶貝中心被告知小遙的精靈蛋即將被孵化，但這時調皮的傑尼龜又跑了出去。
小遙無奈的隻好跟上，結果傑尼龜竟然撿到了當年阿國嫂遺失的掛鏈，小遙好奇的打開後，竟然金光大閃，帶著小遙重返過去時空！
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嗡——待重新睜開眼時一陣列車轟鳴聲響起！
此刻小智與小遙正站在鐵軌上，一輛列車正在緩緩進站，小遙頓時被嚇的小臉慘白。
“小遙！”小智拉起小遙躍上了站台。