小智一行人與芽衣透子兩人意外在野外相遇，並決定一起前往飛雲市，在這途中也就是前往飛雲市的天之箭橋上，眾人幫助一隻哥德小姐與莎麗小姐重逢。
她們這超越時間的友誼，讓眾人很是感動，隻不過眾人不知道的是，今天晚上在飛雲市不遠處的荒野名勝區，火箭隊也開始了他們的行動。
危機正悄然接近！
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飛雲市！
合眾地區的最大的城市，也是核心城市，摩天大樓比比皆是，十分壯觀！
而最吸引人的莫過於這裡的特產——飛雲冰淇淋，不僅美味，而且還擁有治愈神奇寶貝異常狀態的功能。
“飛雲市真的好大哦！”艾莉絲頓時驚呼起來，牙牙也是露出頭來，歡呼雀躍的叫了起來。
“對了，我聽說這裡有非常好吃的飛雲冰淇淋哦，我一定要去吃吃看！”天桐笑著提議道。
“好呀，好呀！在進行道館之前先嘗嘗飛雲冰淇淋吧！”接著艾莉絲疑惑的四處觀望道，“奇怪，芽衣和透子跑哪裡去了？”
剛進入飛雲市，這兩個小姑娘就跑沒影了，等了一會兒，就當小智一行人準備讓胡帕將她們兩個找回來的時候，小智突然笑道，“她們來了！”
天桐、艾莉絲以及拉帝亞斯它們順著小智的目光看去，果不其然就看到了，芽衣正拿著兩個飛雲冰淇淋向小智一行人跑來，“小智哥，快嘗嘗這冰淇淋。”
說著，將手上的一支冰淇淋遞給了小智，這讓其他人見狀很是羨慕，畢竟他們也很想吃冰淇淋。
“哎呀～”
突然透子出現在了其身後，一拳就落在了芽衣的腦袋上，“你亂跑什麼？剛進飛雲市就向著飛雲冰淇淋的店鋪跑去，現在又率先溜了回來！”
“對了，這是你們的飛雲冰淇淋！”透子連忙從空間背包中拿出了打包好的飛雲冰淇淋，一一分發了下去。
“哦耶！太好了，是飛雲冰淇淋！”艾莉絲率先歡呼了起來，畢竟她可惦記好久。
“謝謝！”天桐很有禮貌的道歉一聲。
而拉帝亞斯、胡帕、皮卡丘、伊布以及牙牙也紛紛拿著一個飛雲冰淇淋?了起來。
“略略略～”芽衣拉下一個眼皮，對透子吐了吐小香丁，然後就慢慢地對她的冰淇淋?了起來，很是俏皮可愛！
對此，小智與透子無奈的搖了搖頭，低頭品嘗起了這美味的飛雲冰淇淋。
吃完冰淇淋，小智一行人便向著飛雲道館的方向前進，至於逛逛飛雲市隻能向後放一放，畢竟這種大都市就是逛上兩天兩夜也逛不完，還不如先拿下徽章，就有的是時間逛！
隻是走在路上，小智忍不住皺起了眉頭，他總是有種說不上來的奇怪感覺，仿佛在預示著即將發生巨大事故！
就在眾人穿過城市的花園，正巧碰到了爬在樹上的道館訓練家——亞堤，他正在觀察樹上的蟲神奇寶貝！
“亞堤先生！”小智率先上前打了聲招呼，“是不是發生什麼事了？”
亞堤先生聞言頓時警惕了起，他知道小智是個超能力者，再結合他的觀察，當即嚴肅道，“從昨晚開始，蟲係神奇寶貝好像察覺到了什麼，一直很焦躁不安！”