我們之前曾經提到過“三域係統”。
1977年時（三域無根樹），探索著生命起源奧秘的美國微生物學家和生物物理學家卡爾·理查德·烏斯（carl·richard·oese）等人提出細胞生命形式分類，將原核生物分成了兩大類。
也就是真細菌和古細菌。
卡爾·烏斯和團隊裡的學者們在總結了對微生物rrna序列的研究後，認為這兩類生物，和真核生物具有基因上的共通性和差異性，判斷古菌、細菌和真核生物其實有共同的進化祖先。
也就是說，發現了“古菌”這種原本被認為是細菌的小小微生物。
因此，卡爾在生命起源樹中引入了“域”概念，將三者分置成為一個“域”。
也就是古菌、細菌和真核生物三大域，這就是有根三域生命樹，“根”則是那個三域共同的祖先。（1990年烏斯確定古菌域的兩個門‘廣古菌門’和‘泉古菌門’後，結合其他學者的研究發現總結後，徹底區分古菌和細菌是不同的域，從而正式構建三域有根樹）。
這裡要提一下，三域樹的根是在由日籍微生物學家iabearten（j·皮特·高嘉頓）於1989年通過對不同種類的平行同源蛋白（paraloprote）分析得到的。
他們通過證古菌與真核生物蛋白質性質同源從而進一步證明了生命樹的根部定位在細菌和真核生物古菌共同祖先之間。
所以，三域有根樹便在1990年開始，成為支持力度較大的一個假說。
這個假說中認為，真核生物和古菌、真細菌一樣，有共同的進化祖先，是“兄弟”。
但我們還提到過“二域學說”。
這是和三域學說並排的，同樣也是一種探究生命起源的假說理論，但也是有可能動搖三域學說的理論。
基因測序的發展，為人類探究生命起源了非常有力工具，在十九世紀八九十年代，催生出了大量對生命起源的研究。
像三域學說那樣，二域學說也不是一個新理論。
在1984年，詹姆斯·萊克（jas·ke）基於核糖體結構類似性及進化簡約性分類方法，揭示出，真核生物，很可能隻是古菌進化出來的一個分支。
證據同樣是rna測序項目進展帶來的。
在1988年時，詹姆斯·萊克通過rna測序，得出的證據有力的支持了二域學說，讓他的學說有了確定的外群“根”，他的無根二域樹也進化成了有根二域樹。
他的研究表明，真核生物，很可能不是古菌的“兄弟”。
而是古菌的“兒子”。
古菌和真核生物的關係，是“父子”。
所以應該隻存在兩個域，古菌域和細菌域，真核生物隻不過是一個分化子界。
三域有根生命樹和二域有根生命樹誕生時間近似，互相之間有很多研究發現是可以見證的。
隨著基因測序工作進展和全世界的學者們的研究發現，在小小的細胞之中發掘出來的證據，時而偏向三域學說，時而又倒向二域學說。
但人力畢竟有限，科學技術的發展和基因測序工作進度也不能一蹴而就。
生命到底是分三域還是分兩域，至今也沒有個定數。
這讓兩種學說針鋒相對，分彆支持這兩種學說的學者都在不斷地試圖發掘新證據來證明自己學說的正確性。
但從新的研究發現上來看，二域學說，現在取的的證據更多。
美國生物學家雷·馬古利斯（lynn·ulis）在1970年出版的《真核細胞的起源》中提出了“內共生假說”。
假說中的她認為好氧細菌被變形蟲狀的原始真核生物吞噬後、經過長期共生能成為線粒體，藍藻被吞噬後經過共生能變成葉綠體，螺旋體被吞噬後經過共生能變成原始鞭毛。
提取關鍵詞後，就是“吃”和“不消化”。
真核生物，是原核生物吃掉其他細胞的細胞器後，沒有消化掉，而是利用起來，轉換成了自己身上的部件。
在漫長的演化時間長河中，這種情況持續下去，就會催生出各種各樣的，全新的“原核生物”，甚至乾脆就是吃多了，完成了從原核生物到真核生物的蛻變。
她1981年的《細胞進化中的共生》中還提到“真核細胞起源於相互作用的個體組成的群落”。
要知道，原核生物和真核生物的區彆就在於哥哥完善的細胞核，和能夠再分化形成的細胞器。
如果該假說成立，那原核生物和真核生物的距離，就會再進一步。