醫學會議被白蓮教襲擊死傷慘重，黃飛鴻和梁寬出來之後，回到客棧。
結果因為擔心十三姨黃飛鴻闖了進來，恰好遇到十三姨正在洗澡，黃飛鴻看了個通透。
這一幕讓觀眾都不由地忍不住會心一笑。
而很快地，在瞎眼琴師的歌聲中，四處打槍的官兵、瘋狂的白蓮教徒、點元寶蠟燭和賭錢麻木的百姓，把個萬裡江山搞得烏煙瘴氣、滿目瘡痍。黃飛鴻佇立高台舉目四望，幾乎看不到希望和未來。
如同那瞎子唱的一般飄零去，莫問前因隻見半山殘照，照住一個愁人去路茫茫，不禁悲懷陣陣前塵惘惘，惹得我淚落紛紛想學投筆，投筆從戎，圖發奮，卻被儒冠誤了，使我有誌難伸想學一棹，一棹五湖，同遁隱，卻被妖氛籠遍，遠無垠還說乜石爛，石爛海枯，情不泯你看沉沉霧靄，西風緊
這個時候十三姨已經穿上了唐裝！可以說和第一部裡麵十三姨為黃飛鴻穿上西裝交相呼應。
吳軍飾演的納蘭元述登場，他給觀眾的印象和第一部裡麵的積善完全不同。
“全力保障電報局，小北門那邊有很多平民，小心打傷無辜！”
這一句話就凸顯了他和積善的不同，作為地總督，可謂位高權重，第一句是他身為朝廷官員必須做的，而第二句恰恰凸顯了他的秉性，至少此時此刻，在眾人的眼裡，這個官員是合格的。
而有意思的是，他對白蓮教的態度，隻是讓人把白蓮教的人趕到東門去，儘管手下的人提醒局勢再這麼發展下去，恐怕會沒有足夠的人手鎮壓白蓮教。
而黃飛鴻看到滿目瘡痍，看到前路茫茫，他此時所能做的隻是走到最愛的人身邊教她防身之術。此時大銀幕上再現影子情節，而且輕鬆有趣。十三姨麵對牆上飛鴻與自己的功夫pose，居然幻想出兩人隨著莫紮特圓舞曲起舞，真是枉費飛鴻的良苦用心。然而誰能怪她這樣可愛的創意哦，就好比無人責怪在氤氳中給觀眾安排個透氣的窗戶一樣。
這天夜裡，從提督納蘭元述與兩廣總督的交談中，說到了起義的事情，清廷也已然知道了是一個叫孫文的醫生以農學會為掩護，“糾合亂黨生事”，與他一起辦會，出錢最多的那人叫陸皓東！兩廣總督決定一麵追查孫文，一麵抓捕陸皓東問話。
而另外一邊，黃飛鴻和十三姨得知白蓮教襲擊同文館，原本十三姨裝腿疼讓黃飛鴻背著，一聽到同文館有事，立馬生龍活虎。這是女人的不傷大雅的小九九，反而讓人越發地覺得可愛。
同文館外麵貼滿了符紙，同文館裡，慘絕人寰，因為國人學洋文，白蓮教竟然亂箭射死這些學子，竟然剝了一張人皮以示懲戒，傷天害理。
黃飛鴻一看到人皮，第一反應就是捂住十三姨的眼睛，他們很快地發現躲藏的孩子們。
黃飛鴻輕輕鬆鬆就抱起一個孩子，梁寬背上背一個懷裡抱一個，這一幕顯得有愛又萌萌噠，他們把這些幸存的孩子們帶到了客棧，客棧外麵圍滿了圍觀的群眾。
可是黃飛鴻提出想要讓孩子們在客棧躲避的時候，客棧老板直接給黃飛鴻跪下。
此時一名穿著一件素潔的深藍色長衫，孤身一人站在同文館對麵嘈雜混亂的茶棚裡，與周圍是如此格格不入，而他的麵上帶著謙和的笑，四下詢問著他的學生們的下落，得到的卻是根本無人理睬和嘲罵，沒有一個人關心那些稚稚小童——正當此時，白蓮教招搖過市而來，各人或因畏懼而暗自慶幸沒有收留孩子們，或因虔信而紛紛擁上前領取所謂的平安符——冷熱兩重天，這個民族的愚昧無知、涼薄冷漠展露無疑，怎不令他心頭一悸？憤而不言地暗暗一曬後他疾疾而去！
而此時此刻很多觀眾都在猜測，這個人是誰？
當然也有人根據之前的信息，猜出來了這個人應該就是那個資助農學會的陸皓東！
因為有孩子受傷極重，黃飛鴻前往衙門想要請求衙門收留這些孩子，納蘭元述正在練武，聽到黃飛鴻求見，頓時見獵心喜和黃飛鴻切磋了一場。
這場對決也是讓觀眾看的無比的過癮，各種力度速度角度，各種真刀實槍的力量感。
然而讓黃飛鴻失望的是，納蘭元述因為忌憚白蓮教的人，所以拒絕收留那批學生，“不錯百姓是當官的衣食父母，但是這個時候，本官空有一身武藝，卻也獨木難支，真是慚愧！”
黃飛鴻失望而歸，回去的時候，卻發現孩子們都不見了，原來是十三姨把孩子們都送到了鷹國領事館。
黃飛鴻和梁寬尋了過去，欲與十三姨會合的黃飛鴻與梁寬被言語不通的洋人擋在了領事館門前，不得其門而入，眼見要動起手來，之前那個藍衣男子適時出現，雙手居中輕輕一擺兩位，請等一等，讓我來說，轉頭以流利的英語與洋兵交流一句，旋即向黃飛鴻一抱拳在下陸皓東，一抬手又問還沒請教？
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黃答佛山黃飛鴻。
他立時麵露欣喜之容，“聽說那些學生是你救的？”
而黃飛鴻也得知了那些學生都是陸的學生，兩人不由惺惺相惜！
因為白蓮教作亂，領事館內也是一片亂糟糟的，而此時此刻，又有許多洋人傷者湧了進來尋求庇護，外麵又傳來了白蓮教教徒的聲音。
他們圍住了領事館。
領事館內因為傷者眾多，需要醫生，黃飛鴻和孫文一中一西，一起攜手救治傷者。
白蓮教來勢洶洶，開始進攻領事館，孫文提著醫療箱感歎“救人容易救國難，看來你跟我的藥箱，救不了這麼多人！”
這個時候官府終於派兵過來驅趕白蓮教教徒，孫文也和黃飛鴻就此告彆。
白蓮教的人對納蘭元述說“大人我們隻是想趕豬殺洋，再說白蓮教徒是不會自相殘殺的！”
“你們會這麼說就好，和洋人交涉的事情是我們官府負責的！”
“如果官府這麼有本事的話，就不會割那麼多地給洋人了！”
這句話讓納蘭元述也無言以對，他來到領事館內，原來他來的目的還有一個，那就是抓捕陸皓東！
但是卻被鷹國領事拒絕！
納蘭元述的做法無可厚非，站在他的立場上，他說這裡是華國，你們不該這樣跟我說話。
作為清廷的官員，他抓捕陸皓東是上級下的命令，而他和其他的官員不同，他會英文，他會憐憫無辜，可是同樣的，他也隻是一個合格的清廷官員！
陸皓東聽到之後，轉身離去。
而納蘭元述也知道無法從鷹國人手裡抓到陸皓東，於是決定斷了他們和外界的聯係。
作為清廷的官員，他維護的是清政府，上級的命令，他作為軍人必須執行！可這也為他的一條路走到黑埋下了伏筆。
他為了抓到叛黨陸皓東，為此不惜讓手下的人砍斷電線杆！
不止如此，他還聯合白蓮教，在夜裡讓官兵在外麵放槍吸引領事館內的兵的注意，另外一邊讓白蓮教的人翻牆進入領事館，殺掉了無數的領事館內的人。
一些白蓮教的人被領事館的人抓住，這個時候，納蘭元述終於有理由派兵進入領事館，他把白蓮教的人接手，然後讓手下的人把白蓮教的人帶出去放掉，這一幕恰好被鷹國領事館領事看到，他知道了這一切都是納蘭元述安排的。
納蘭元述陰謀敗露，果斷地出手殺人滅口！
儘管他說的是“這裡是華國，不是鷹國！”
聽起來似乎很大義凜然，可惜的是，他終究還是錯了。
而這一幕被樓上的孩子們和十三姨看了個正著，十三姨連忙去找黃飛鴻告知了這件事！
可以說這也是整部電影最大的轉折點所在，納蘭元述從這一刻起，真正地和黃飛鴻們站在了對立麵。
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