根部的基地。
這裡陰暗，乾燥，有著繁多的密道，平時會有根部的忍者從密道之中進出和加以看守，封印。
但今天，根部的成員直接死了一半，加上外派的，在暗部部署的，現在根部整個基地都空曠了起來，很多地方都沒有人值守。
“發生了什麼事情？”年輕的藥師兜穿著長寬黑色兜帽風衣，兜帽蓋著他臉部，隻露出一個瘦削的下巴，從一條隱秘的密道中走了出來，並沒有發現根部有人。
根部的空曠，並不正常。
藥師兜隱藏在兜帽下的眼神閃爍出冷冽。
藥師兜幼年時因受傷而失憶，被孤兒院院長藥師野乃宇收留，視藥師野乃宇為母，後來因為團藏要挾野乃宇，於是自願為野乃宇以及孤兒院去投靠團藏，被團藏利用，作為一個根部忍者活躍。
藥師兜從小被團藏當做間諜而遊曆各國，最後為了解決藥師兜和藥師野乃宇，安排藥師兜與藥師野乃宇自相殘殺，誤殺自己視為母親的藥師野乃宇後，藥師兜認為自己失去了生存意義。
與此同時，大蛇丸找到了兜，告訴他一切的真相，邀請藥師兜加入自己的音隱村。
成為大蛇丸的手底下的人以後，卻又被大蛇丸派到曉組織蠍的手底下當間諜，巧的是藥師兜的間諜天資又被蠍看上，在被蠍在頭部下了咒印以後，蠍又讓藥師兜去跟隨大蛇丸。
大蛇丸消除了蠍的咒印以後，又讓藥師兜在和蠍虛以委蛇的與此同時，把兜再次派回了木葉村當上間諜。
根部基地的一切有關的密道和所有設施，都是大蛇丸告訴藥師兜的。
藥師兜回到來木葉後，隱秘的成為了一名木葉的下忍，為大蛇丸收集著情報。
而前來根部的基地，倒不是要為大蛇丸收集誌村團藏的情報，誌村團藏的情報大蛇丸比任何人都要知道得多。
而是兜發現根部的基地出現異常，主動過來入侵查探。
“人少了很多！”兜隱藏在陰影之中，幾乎是通行無阻的去過空無一人的根部基地訓練場所有一些比較重要的辦公室場所，就連團藏的辦公室，也沒有人駐守。
“根部出事了。”兜藏在一個角落的陰影中，視線掃視走廊和房間，寥寥幾個經過的，還隻是中忍，似乎是根部的上忍都已經不在了。
“快點，團藏大人需要進行手術。”有經過的根部中忍拿著大批的藥品和紗布，神色嚴重的經過兜隱藏的位置。
“我們行嗎？團藏大人的傷勢需要醫療上忍，才可以把他胸骨碎片取出來。”另一名根部中忍忍不住的質疑道。
他們隻是根部的後備訓練生，經過慘無人道的訓練，原本的作用就是學習了部分的醫療忍術，給眾多上忍前輩進行治療的。
而今天不知道為什麼，他們熟悉的上忍都不在，並且團藏大人還要求他們對團藏大人進行手術。
他們第一眼看到團藏的傷勢都有點凜然，胸骨插入內臟，並且還有一股生機不停的維持著誌村團藏的生機。
在誌村團藏的命令下，他們隻能夠快速的幫助誌村團藏先接上萬花筒寫輪眼，然後再慢慢處理誌村團藏的傷勢。
“應該沒事，團藏大人身體裡的生機造血複肌功能很強大，團藏大人也在配合我們把骨頭碎片擠出來，我們隻要小心一點接駁上團藏大人的胸骨就可以了。”為首的中忍沉穩並心有餘悸的說道：
“幸好團藏大人吃下具備強效穩定維持人體的藥，不然身體的細胞·······”
另一個中忍也慶幸的點點頭，心有戚戚，又問道：“不知道團藏大人遇上了怎樣的敵人···很多上忍都沒出現了·······”
“這不該是我們注意的事情。”為首的中忍提醒道。
兩名中忍一路朝著生物研究間一路過去。
隱藏在陰影的兜，兜帽下的目光閃爍出幾絲冷冽的殺意。
他永遠無法忘記當自己得知道親手殺藥師野乃宇的崩潰心情，世界一切意義都沒有了。
如果不是大蛇丸，兜感覺自己沒有辦法活下來。
而主導這一切的，就是根部的首領誌村團藏。
兜心中冷靜，理智，卻仍然沒有辦法忘記這一切。
從小時候開始，兜被根部培訓成最精銳的忍者間諜，在雲、霧、砂、岩等其餘國家的忍者村搜集情報，非常擅長偽裝自己的行蹤及氣息。
在一次岩忍者村待命的兜因為失誤遭遇襲擊，與他交戰重傷的敵方忍者他視作母親的藥師野乃宇，兜認出了她，在慘痛中試著呼叫她，但瀕臨死亡的院長不認得他，隨後兜被其他支援的敵方忍者逼退，藥師野乃宇也由此死亡。
那時候的兜很迷惘，獨自一人到了河邊思考著自己為何會被最重要的人給遺忘，他渴望的相見，沒有想到根本就不認識自己。
就是在這個時候遇見大蛇丸，被帶至大蛇丸的基地作為第一位訪客，從大蛇丸口中得知團藏在他一離開孤兒院就向藥師野乃宇說出其實兜是為了他們的補助金而自我犧牲，加入了“根”。
在藥師野乃宇的多次請求下，團藏感覺到藥師野乃宇知道的黑暗太多了，宣稱隻要殺死某個人就會放了兜，而那個要殺死的人實際上就是真正的兜。
從一開始團藏為了避免兩人相遇把他們分配到不同地方執行任務，長時間的沒有見麵，藥師野乃宇隻能借由照片了解兜的成長過程和安全與否，但在成長照片的中途被換成彆人的照片，導致不知情的藥師野乃宇去殺害被她當成雙重間諜又試圖解救的兜本人。
大蛇丸本來是和團藏合作，順手替要團藏解決掉兜和藥師野乃宇的，但是因為看上兜的才能而不想執行，把兜收歸旗下，而在得知真相的兜也決定接受大蛇丸邀請加入不隸屬任何國家的音忍者村，並利用大蛇丸為他捏造的身份重返木葉。
現在發現誌村團藏和根部陷入了一場困難的境地，兜心中有一些蠢蠢欲動。
兜或許殺不了誌村團藏，但在這種痛打落水狗的狀況中，給誌村團藏添上一點雪上加霜，兜是不會介意的。
兜捉住了一個機會，直接變身成為一個中忍醫療忍者，打算給誌村團藏添上一點亂。
隻是真的沒有想到，在見到誌村團藏的第一眼，為誌村團藏治療，就被誌村團藏身體穩定的生機所震撼，從而被誌村團藏警惕的萬花筒寫輪眼識破。
匆忙中，兜隻能夠快速的撤退，對著誌村團藏的治療間施展了一個土遁，徹底的破壞誌村團藏的治療室，到處的破壞根部的訓練基地，從根部離開。