一、即位之初
林丹汗即位之時，正值蒙古內部權力分散且外部壓力重重的關鍵時刻。萬曆三十二年（1604年），年僅十三歲的林丹汗繼承了汗位，成為蒙古大汗，他繼承的是一個已經衰敗的汗國。此時的蒙古汗權不再像昔日那樣強大，各部落各自為政，其中科爾沁、內喀爾喀、土默特、鄂爾多斯等部已經不再完全服從於蒙古大汗的指揮，而僅僅是名義上的共主。這些部落中，有的已經傾向於獨立，有的則與後金有著密切的聯係。同時，漠西的瓦剌部依然保持著與北元的敵對狀態。
林丹汗即位之初，在明朝的官方記錄中也有所體現。萬曆三十四年（1606年）十月，明朝兵科都給事中宋一韓在其奏文中提到林丹汗，稱其為“淩丹憨新立”，暗示了林丹汗剛繼位不久且尚未樹立權威的事實。同時，宋一韓還指出，儘管當時的蒙古內部存在分裂，但由於土蠻（布延汗）去世，明朝暫時得以喘息。宋一韓認為，林丹汗作為一個“窮餓之虜”，尚未獲得足夠的實力來應對複雜的局麵。
次年七月，兵部尚書蕭大亨也在上疏中分析了邊防形勢，提到了林丹汗“幼憨嗣立，懦弱未威”，這意味著年輕的林丹汗尚未能夠建立起強大的個人權威來統領蒙古各部。這種描述反映了明朝對林丹汗早期統治能力的看法。
萬曆三十七年（1609年），遼東巡按熊廷弼在報告中也提到林丹汗“尚不能統眾”。這表明，在林丹汗即位後的幾年裡，他仍然未能有效地團結蒙古各部，也沒有足夠的力量來應對明朝或者後金的威脅。
二、崛起壯大
林丹汗即位數年後，其威望與實力逐漸提升。萬曆四十年（1612年），林丹汗首次率軍三萬侵入明朝邊境，雖然此次行動未能取得顯著成果，但顯示出了林丹汗擴張領土的野心。隨後的幾年裡，他繼續加強自己的軍事力量，並在萬曆四十三年（1615年）秋天發起了更加大規模的軍事行動。這一年，林丹汗親自率領數萬軍隊，連續三次襲擊明朝邊境，從廣寧到錦州的戰線綿延數百裡，聲勢浩大，明朝方麵對此表示震驚，稱林丹汗為“虜中名王，尤稱桀驁”。
萬曆四十五年（1617年），林丹汗送回了之前擄掠的明朝人口，並獲得了與明朝進行貿易的權利。這一舉動不僅緩解了與明朝的緊張關係，也提升了他在蒙古諸部中的聲望。
值得注意的是，在萬曆四十三年（1615年）的軍事行動中，林丹汗與內喀爾喀五部盟主卓裡克圖洪巴圖魯（明朝稱為炒花）聯手，顯示出內喀爾喀已經屈服於林丹汗的控製之下。這一時期，林丹汗采取了一係列措施加強自己的汗權，包括修建都城察漢浩特（意為“白城”，位於今內蒙古赤峰市阿魯科爾沁旗境內的查乾浩特城址），並使用《圖們汗法典》約束諸部，促使漠南諸部重新向大汗朝覲。林丹汗的理想不僅僅是加強察哈爾部的力量，而是要恢複成吉思汗的霸業，這一點從他的尊號“神中之神全智成吉思隆盛汗”、“林丹呼圖克圖聖武成吉思大明薛禪戰無不勝無比偉大恰克剌瓦爾迪太宗上天之天宇宙之玉皇轉金輪法王”中可見一斑。
同樣是在萬曆四十五年（1617年），林丹汗在西藏薩迦派僧侶沙爾巴呼圖克圖的勸說下，從原本信仰的黃教（格魯派）改宗為紅教（薩迦派，廣義上與寧瑪派、噶舉派皆屬紅教）。當時，黃教已經在蒙古地區傳播了幾十年，擁有深厚的根基。林丹汗的改宗行為無疑加劇了信奉黃教的蒙古諸部對他的離心傾向，這對他的統一蒙古大業產生了不小的阻礙。
三、交惡後金
隨著努爾哈赤在東方建立起後金汗國，林丹汗麵臨了一個新的強大對手。努爾哈赤不僅對明朝構成了威脅，同時也對林丹汗的統治造成了壓力。努爾哈赤通過與科爾沁、內喀爾喀等部的聯姻，逐步削弱了林丹汗在蒙古諸部中的影響力。
萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤發動了對明朝的戰爭，明朝在薩爾滸之戰中遭受慘敗，遼東地區岌岌可危。明朝開始考慮利用林丹汗來對抗努爾哈赤。同年九月，明朝遼東經略楊鎬提出了“製東夷在先款西虜”的策略，旨在利用林丹汗的力量來牽製努爾哈赤。隨後，戶科給事中應震、山西道禦史馮嘉會、兵部尚書黃嘉善等大臣紛紛提出“以夷攻夷”的策略，試圖通過支持林丹汗來達到牽製後金的目的。
萬曆四十七年（1619年），努爾哈赤在薩爾滸之戰和開原之戰之後，率軍圍攻鐵嶺。內喀爾喀部中最強大的宰賽率萬人支援明朝，但抵達時鐵嶺已經失守，宰賽在與後金軍交戰中大敗，本人及其兩個兒子被俘。同年八月，明朝的重要盟友葉赫部也被努爾哈赤擊敗，這迫使明朝將注意力轉向林丹汗。
同年秋天，明朝派監軍王猷帶著四千兩白銀出使察漢浩特，希望與林丹汗結盟。林丹汗起初以病為由不見明朝使臣，並拒絕接受諭帖，試圖抬高談判的籌碼。最終雙方達成協議，明朝每年四千兩白銀給林丹汗，以換取他對廣寧城的保護。次年，明朝將賞銀提高到了四萬兩。
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與明朝結盟後，林丹汗於萬曆四十七年（1619年）十月派遣康喀爾拜虎攜帶國書出使後金。在這份國書中，林丹汗自稱為“四十萬蒙古國之主巴圖魯成吉思汗”，蔑視努爾哈赤為“水濱三萬女真之主”，宣稱廣寧城已經被他降服，並警告努爾哈赤不要侵犯廣寧。這份國書的傲慢態度激怒了後金的諸臣，努爾哈赤當時正忙於利用在鐵嶺之戰中俘獲的宰賽等人質，以要挾內喀爾喀與自己結盟，因此沒有立即回應。
次年正月，努爾哈赤正式回複林丹汗，他在回信中數落了明朝滅亡後蒙古汗廷的困境，並慫恿林丹汗與自己結盟共同對抗明朝。林丹汗沒有回應努爾哈赤的提議，並扣留了後金使臣碩色烏巴什。努爾哈赤誤信內喀爾喀傳來的謠言，以為碩色烏巴什已被林丹汗殺害，於是斬殺了林丹汗的使者康喀爾拜虎。不久之後，碩色烏巴什逃脫回到後金。這一係列事件導致後金與林丹汗察哈爾部之間的關係徹底破裂。
四、聯明抗金
林丹汗與明朝的合作主要基於相互的利益需求。努爾哈赤占領沈陽後，林丹汗意識到這是一個展現實力、獲取明朝支持的機會。天啟元年（1621年）春，當努爾哈赤準備進一步攻取遼陽時，林丹汗命令蒙古左翼三萬戶的大臣錫爾呼納克杜棱洪台吉率領內喀爾喀卓裡克圖、達爾漢巴圖爾、巴哈達爾漢等101novel.com00騎兵前往沈陽，目的是解救仍被拘禁的宰賽。
蒙古軍隊抵達沈陽城下並與守城的後金士兵交戰，但因擔心努爾哈赤的援軍到來，很快就撤退了。八月，內喀爾喀五部以一萬頭牲畜作為贖金，從努爾哈赤那裡贖回了宰賽。這一失敗不僅削弱了林丹汗在蒙古諸部中的威望，也讓他意識到與後金對抗並非易事。
努爾哈赤在占領沈陽後，計劃進一步占領廣寧。當時明朝的廣寧巡撫王化貞非常信任林丹汗，相信林丹汗能夠出兵四十萬相助，並承諾給予林丹汗一萬兩白銀的獎勵。然而，遼東經略熊廷弼則認為不應過分依賴蒙古力量，主張加強明軍自身的實力。
天啟二年（1622年）正月，努爾哈赤發動了對廣寧的大規模攻勢。王化貞倉皇逃離廣寧，而林丹汗先期派出了一萬軍隊支援廣寧，另有兩萬軍隊因為雪阻未能及時到達。當林丹汗的援軍趕到時，廣寧已經落入努爾哈赤之手。
林丹汗的軍隊隨即轉而守衛山海關，並繼續與明朝協商奪回廣寧後的賞賜事宜。明朝為安撫林丹汗，預計的花費達到了百萬兩白銀之巨。儘管如此，明朝並不寄希望於林丹汗能夠有效地牽製後金。例如，袁崇煥曾評價林丹汗雖有數十萬兵力，但在紀律性上遠不及努爾哈赤的軍隊，因此他建議林丹汗不要與後金進行正麵交鋒。
五、內部紛爭
廣寧之戰之後，後金對明朝的攻勢暫時放緩，而蒙古內部的矛盾開始顯現。林丹汗對內喀爾喀與後金之間的通婚和結盟感到憂慮。他指責管理左翼三萬戶的大臣錫爾呼納克杜棱洪台吉沒有妥善管理，甚至懷疑他與努爾哈赤有秘密聯係。這加劇了蒙古內部的分化。
天啟二年（1622年）二月，錫爾呼納克杜棱洪台吉帶領三千多戶投奔遼陽城，歸順了努爾哈赤。隨後，內喀爾喀的其他部族也開始陸續投奔後金。與此同時，烏珠穆沁部的翁袞都喇爾子多爾濟車臣濟農和他的叔侄塞棱額爾德尼台吉因與林丹汗不和，率領部眾投奔了漠北外喀爾喀。蘇尼特部的素塞巴圖嚕濟農、浩齊特部的策淩伊爾登、阿巴噶部的都思噶爾劄薩克圖濟農等也離開了林丹汗，投奔了漠北。
此外，林丹汗與蒙古諸部之間的貿易關係也出現了問題，他的貨物被喀喇沁部多次劫奪，而喜峰口插賞貿易的份額也被侵占。這些事件進一步削弱了林丹汗的權威。
麵對蒙古內部的危機，林丹汗決定首先解決內部不服從的部族問題。他認為“南朝止一大明皇帝，北邊止我一人，何得處處稱王？”這意味著他當務之急是要統一蒙古。內喀爾喀五部雖然與努爾哈赤結盟，但仍與明朝保持聯係，並且拒絕斷絕與察哈爾的關係。為此，努爾哈赤於天啟三年（1623年）四月對內喀爾喀發動了懲罰性的攻擊，殺死了紮魯特部的台吉昂安。內喀爾喀盟主卓裡克圖試圖與林丹汗聯合複仇，但林丹汗並未積極響應，反映出他不願意直接與後金對抗，而是專注於內部穩定。
林丹汗最大的內部挑戰來自於奧巴台吉領導的科爾沁部，該部與後金的關係日益密切，並於天啟四年（1624年）正式與努爾哈赤結盟。同年十月，林丹汗派綽爾濟喇嘛與奧巴談判，但沒有達成一致。隨後，林丹汗率軍征討科爾沁部，奧巴向後金求援。努爾哈赤派兵五千支援，但實際上並沒有真正保護科爾沁部。得知後金出兵的消息後，林丹汗不願與後金直接衝突，於是撤退，解除了對科爾沁的威脅。