光緒十二年（1886年），丁汝昌再次率領北洋水師主力前往朝鮮進行操練，並巡查海域。其間，他還奉命前往海參崴接應勘定吉林東部中朝邊界的官員吳大澄等人，並將艦隊帶到日本長崎進行維修保養。然而，正是在這次停留期間，發生了中國水兵與日本民眾的衝突事件，即所謂的“長崎事件”。丁汝昌冷靜處理了這場危機，避免了兩國間的軍事衝突，並最終通過外交手段解決了爭端。
五、統領海軍
光緒十三年（1887年），清政府啟動了一項旨在選拔優秀將領的人才選拔計劃，命令各地督撫推薦具備將才的人選，以備任用。同年七月二十日，李鴻章向朝廷提交了一份《保舉將才折》，在其中列舉了多位他認為具有傑出才能的將領，丁汝昌的名字赫然在列。
光緒十四年（1888年），清政府正式確立了北洋海軍的組織架構，並在威海選址建立了水師公所。同年九月九日，總理海軍事務大臣醇親王奕譞上奏，請求頒布《北洋海軍章程》，標誌著北洋海軍正式成立。九月十三日，海軍衙門根據李鴻章的提名，奏準任命丁汝昌為北洋水師提督，並不久後賞加尚書銜。這一任命意味著丁汝昌將成為北洋海軍的實際領導者，肩負起建設和發展中國第一支現代化海軍的曆史重任。
丁汝昌上任後，積極推動北洋海軍的各項改革與發展工作。根據他的建議，清廷在威海劉公島建立了水師學堂，旨在培養優秀的海軍駕駛和指揮人才。此外，還在大沽和旅順設立了水雷學堂，以培養專門從事魚雷操作的軍官；在山海關設立了武備學堂，在威海建立了槍炮學堂，旨在為海軍輸送更多專業化的技術軍官。這些舉措對於提高北洋海軍的整體素質起到了關鍵作用。
丁汝昌在任職期間，對北洋海軍和北洋海防建設傾注了大量心血。他嚴於律己，力求樹立良好的榜樣，但同時也被指出在整肅軍紀方麵力度不夠。尤其是在對待李鴻章的指示時，丁汝昌往往言聽計從，這也導致了北洋海軍在某種程度上被視為“李家軍”的現象。
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到了光緒十七年（1891年），丁汝昌率領北洋艦隊訪問了日本，親眼見證了日本海軍的發展狀況。回國後，他深切感受到了加強海軍力量的重要性，並向清政府提出了購買新艦的建議，以增強北洋海軍的實力，防範潛在的外部威脅。然而，由於種種原因，丁汝昌的這一建議並未得到采納。
六、黃海海戰
光緒二十年（1894年），丁汝昌被授予尚書銜，成為北洋海軍的最高指揮官。然而，隨著朝鮮東學黨起義的爆發，清政府應朝鮮請求派兵協助鎮壓。與此同時，日本政府依據《天津條約》也派兵前往朝鮮，意圖借此機會挑起戰爭。
六月二十日，日本海軍聯合艦隊在朝鮮豐島海域突然襲擊了中國運兵船隊，這標誌著緊張局勢升級。七月一日，中日兩國正式宣戰，甲午戰爭爆發。戰爭初期，清廷內部對於是否開戰存在分歧，光緒帝在部分激進官員的影響下，對丁汝昌提出了嚴厲指責，並考慮革職懲處。
八月十八日，丁汝昌接到命令，率北洋艦隊護送增援朝鮮的清軍前往鴨綠江口登陸。完成任務後，艦隊於次日返航。就在返航途中，八月十八日中午11時30分，北洋艦隊在黃海大東溝海域發現了日本聯合艦隊。丁汝昌迅速調整艦隊陣型，由原來的犄角魚貫小隊陣轉變為犄角雁行小隊陣，同時下達了三條作戰指令，強調協同作戰和保持隊形。
然而，由於時間緊迫，北洋艦隊未能完全形成理想的犄角雁行陣型，實際接戰時的隊形更像是“燕翦陣”。日本聯合艦隊則分為兩個戰術分隊，以高速的吉野號為首的第一遊擊隊作為尖刀，其餘八艦作為本隊跟進。
戰鬥開始時，雙方距離約12公裡，當距離縮短至5330米時，北洋艦隊旗艦定遠號率先開炮，隨即展開激烈的炮戰。不幸的是，定遠號上的信號裝置很快被日艦炮火摧毀，導致北洋艦隊失去了統一指揮。日本第一遊擊隊則迅速向北洋艦隊右翼薄弱的超勇號和揚威號發動攻擊，並將其擊沉。
隨著戰鬥的持續，日本聯合艦隊通過靈活機動，對北洋艦隊實施了包抄，使其陷入腹背受敵的困境。17時40分，日本聯合艦隊主動撤離戰場，這場持續了五個小時的激烈海戰告一段落。
黃海海戰中，中日雙方各有12艘軍艦參戰，但中方軍艦整體較為老舊，噸位和火炮數量均不及日方，尤其是缺乏速射炮。作為北洋艦隊的指揮官，丁汝昌在戰前沒有明確指定代理人和代理旗艦，在戰鬥中失去了指揮能力，導致北洋艦隊未能有效應對敵軍的戰術。
儘管如此，日本聯合艦隊在指揮上也存在諸多問題，但最終的結果是，日本聯合艦隊雖受到一定程度的打擊，卻沒有失去一艘軍艦；而北洋艦隊則損失了五艘軍艦。這場海戰的失敗，對北洋艦隊造成了沉重打擊，丁汝昌也因此受到了責難。
七、兵敗殉國
光緒二十年（1894年）九月二十日，北洋艦隊在旅順完成修理後返回威海，但不幸的是，“鎮遠”艦在入港時觸礁受損，這對已經受損的北洋艦隊來說無疑是雪上加霜。隨著日軍進攻旅順，丁汝昌的處境愈發艱難，先是被革去了尚書銜，摘掉了頂戴，接著在旅順失陷後，又被革職，但仍暫時留任。
在威海的防禦布置中，丁汝昌對陸軍的戰鬥力表示擔憂，並建議做好炸毀陸路海岸炮台的準備，以免落入敵手。然而，這一建議卻被誤解為“通敵誤國”，並被戴宗騫舉報。清廷隨即下令將丁汝昌送交刑部治罪。幸得劉步蟾等將領聯名上書請願，加上李鴻章的極力辯護，清廷最終決定待丁汝昌處理完手頭事務後再將其送交刑部。
儘管身處逆境，丁汝昌仍舊力圖振作，召集諸將討論如何防守威海。十二月二十五日，日軍在山東榮成登陸，並於三十日即除夕夜，由日本聯合艦隊司令長官伊東佑亨遞送勸降書。丁汝昌堅決拒絕投降，並將勸降書上交李鴻章，以示忠誠。
光緒二十一年（1895年）正月三十日，日軍進攻威海南幫炮台的製高點摩天嶺，丁汝昌指揮艦隊從海上支援炮台守軍，成功擊斃了日軍旅團長大寺安純。然而，由於力量懸殊，威海陸路南北炮台相繼失守，劉公島成為了被海陸合圍的孤島。
丁汝昌組織敢死隊執行破壞任務，但最終敢死隊成員全部犧牲。日本海陸兩軍繼續進攻北洋艦隊，但都被擊退。直到二月五日夜，日本魚雷艇偷襲，導致“定遠”艦受損嚴重，丁汝昌不得不將督旗移至“鎮遠”艦。二月七日，日軍艦艇集結，準備強行突破，同時陸上炮台向港內猛轟。
二月九日，丁汝昌登上“靖遠”艦迎戰，擊傷了兩艘日軍艦艇，但“靖遠”艦也被陸上炮台擊傷。丁汝昌欲與艦同沉，被部下強行救起。到了二月十二日，麵對日軍的勸降，丁汝昌決心以身殉國，飲鴆自儘，以表忠心。臨終前，他親手破壞了北洋海軍提督印，時年僅59歲。
丁汝昌去世後，其下屬牛昶昞盜用他的名義，與日方簽訂了《威海降約》。北洋海軍最終全軍覆沒。清廷內的保守派和激進派相互攻擊，光緒帝下令籍沒丁汝昌家產，並禁止其下葬。丁汝昌的子孫被迫流落異鄉。
直到宣統二年（1910年），經過載洵及薩鎮冰等人的爭取，清廷才為丁汝昌平反昭雪。薩鎮冰和譚學衡倡議全體海軍官兵捐出三日的薪俸，用於修建丁公祠，以紀念這位忠誠的海軍將領。
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