公元前308年4月，船隊離開南美來到了中美地峽巴拿馬（“漁村”），這裡是南北美洲的連接處最窄的地方。主要礦產有金、銀、銅、鐵、汞、鋁土、錳、鹽、石油等，其中銅、鹽、鋁土的儲量比較大。森林資源也豐富，而且樹種多，有桃花心木、西洋杉、柚木、紅木、雪鬆等名貴木材，東部連接南美的地區林木資源最豐富。
巴拿馬西部和哥斯達黎加的印第安人，屬於塔拉曼坎tauena、多拉斯克人dorase、特拉瓦人terraba、格塔爾人guetar、博托人voto、拉馬人rauayi，他們的語言屬於馬克羅奇布查語族。其中，博盧卡人與布裡布裡人、圭米人有很多共同的地方。
巴拿馬地區的語言屬於印第安馬克羅奇布查語族，有帕亞語、拉馬語、瓜圖索語、韋塔爾語、卡維卡爾語、布裡夫裡語、博魯卡語等。其中，韋塔爾語、昌赫納語、多拉斯克語、阿坦克斯語、穆伊斯卡語、伊卡語、安蒂奧基亞語等7種語言在兩千多年後都陸續消亡。
帕特羅克勒斯通過對巴拿馬地區的水文地理的探查，發現這裡巴拿馬中部有一個湖，而南北總長118帕拉桑，而實際湖中的部分占了一半，剩下隻需要開鑿一半長度就可以了。
太平洋和大西洋的產生的水位差，原因主要是鹽度差異、海水密度、地形結構差異、洋流和風力影響、地球自轉運動。
大西洋的鹽度較高，平均鹽度約為36，而太平洋的鹽度相對較低，平均鹽度約為32。這種鹽度差異導致了大西洋和太平洋海水的不相容性。高鹽度的海水密度較大，而低鹽度的海水密度較小，從而形成了大西洋深層水。這種密度差異也導致了兩大洋海水的界限明顯。
巴拿馬附近的太平洋位於熱帶輻合帶，降雨量充沛，雨水會淡化海水中的鹽分，導致太平洋的鹽度和密度較低。而大西洋的鹽度和密度較高，這種差異影響了兩洋的海水密度和鹽度，進一步影響了海水的物理和化學性質。
太平洋的海底是一個高低不平的山脈，水流比較湍急，水位很深。相比之下，大西洋的海底是一個相對平坦的盆地，水流平緩，水位相對較淺。這種地形結構的差異導致了兩個大洋的水位深度相差很多，進一步加劇了兩洋之間的水位差異。
在巴拿馬運河附近，受到寒流的影響，寒流不斷將水帶到巴拿馬河附近，使得太平洋一側的水位比大西洋高。此外，巴拿馬運河太平洋一側經常刮起信風，這對水位的升高也起著推波助瀾的作用。
最後，雖然地球的自轉運動使得海平麵處在一個相對平穩的狀態，但在一些地區存在特殊性，如墨西哥的強暖流可以致使加勒比海的海水受到對流的影響被衝走，導致海平麵出現高低差。
因此，在這些因素共同作用下，使得兩洋之間的水位和海水性質存在顯著差異，從而維持了它們之間的“自動隔離”狀態，使得太平洋和大西洋之間的水位差異不會自行變平。
改為海峽的話，相鄰海麵的落差會導致海水的流動，風浪會相當的大，船隻在運河中航行就容易發生事故，因此船使用船閘可以降低行船風險。
但其實後世巴拿馬運河使用船閘還有一個重要原因是成本問題，他們沒有挖穿山體，還利用了原來的湖泊。運河高於兩測的大洋，一開始法國公司要挖海平麵運河，最後發現兩大洋之間的水位有落差，加上中美洲的天氣導致勞工大量死亡，最後工程搞不下去，公司破產。後麵美國接手，用船閘減少了工程量。由於運河所在海拔比海平麵高很多，深度隻有隻有十幾米，而兩側和大洋的落差卻有26米，在不增加勞動量的情況下不用船閘，運河裡的水會流完。
但即使這樣，這條全長65千米，水深13米到15米不等、寬度在150米至304米左右、整個運河的設有6座船閘的巴拿馬運河，挖掘曆時35年，實際開挖時間是25年（剩下10年完全是在扯皮），前後估計投入十幾萬人，死亡總數達六七萬人。
為了建造巴拿馬運河，法國付出了3億美元，美國又追加了3億7千5百萬美元，共挖掘了2億5千9百萬立方米的土石量，用了450萬方混凝土，最多時有4萬工人同時施工，前後總共有3萬多工人因此喪生。
而提前兩千多年開鑿這條運河，在開鑿6米深度、40米寬度的情況下，工程量將減少10倍。當然，受限於工程技術的發展，開鑿時間自然不可能縮減10倍。
為了開鑿這條運河，連接兩大洋，帕特羅克勒斯準備從工業發達的舊大陸運輸來了幾十架大型鑿機、錘機和吊車，以及相關工程師，用以開鑿和粉碎石塊並短距離轉移集中石塊或土塊。由於地峽附近地處熱帶雨林地區，潮濕悶熱、雨季暴雨多發、叢林密布、交通閉塞、地形複雜，各處水域中滋生著大量的蚊蟲，這是能引發瘧疾和黃熱病的，衛生條件極其惡劣。
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剛發現美洲之初，探索者把美洲描述為一個名副其實的伊甸園，人們在那裡居住，健康而長壽。他們用藥用植物治愈疾病，對世界上其他地方的疾病一無所知。
後來的西班牙殖民者在戰勝土著美洲人之後促成了奴隸貿易，他們把大量非洲人帶到美洲。僅僅幾個世紀，美洲成為多民族混合之地，也成為各大洲的細菌彙合處，這是一場民族、植物、動物和病菌的史無前例地大規模交換。
高緯度又寒冷的白令海峽被稱為“冷過濾器”，那些穿越白令海峽到達美洲的移民，是已經被篩查過很多病菌和昆蟲的。雖然這也不代表哥倫布發現之前的美洲就真的是一個無疾病的伊甸園。關節炎、癌症、內分泌係統疾病、營養缺乏症、腸寄生蟲病、痢疾、支氣管炎、肺炎、肺結核、立克次氏體與病毒熱、腐肉病、美洲利什曼病等很可能自古就有了。
在原始民族與先進文化接觸之前，咬人的螞蟻、鞋子、寄生蟲、蒼蠅、蚊子、毒蛇，這些是美洲原本就有的。可歐洲人帶來了新品種，比如跳繭、蟑螂、虱子、臭蟲和老鼠。從而產生了天花、猩紅熱、斑疹傷寒熱、傷寒熱、流行性感冒、麻風病、恰加斯氏病（南美洲錐蟲病）……
恰加斯氏病是一種無可救治的疾病，它不止傷肝傷脾損害心臟，臨床過程中也變化多端。引發恰加斯氏病的寄生蟲通過吸血臭蟲傳播，拉丁美洲曾有1800多萬人感染此病，而吸血臭蟲恰恰來自歐洲。
美洲大部分地區人口密度很低，這就導致一些在歐洲城市中心無窮循環的傳染病和兒童疾病到了美洲反而無法傳播。雖然當時美洲本地依舊有很多危險的動物、有毒的爬蟲、植物、昆蟲、節肢動物可以作為疾病病菌的傳播媒介。
當然也有許多由細菌和寄生蟲引起的地方熱病，可能是由美洲蚊子、扁虱、蒼蠅、跳蚤、半翅類昆蟲傳播的。比如立克次氏體（洛基山斑疹傷寒），就是隻在美洲發現的特殊病菌引起的。
瘧疾（經按蚊叮咬或輸入帶瘧原蟲者的血液而感染瘧原蟲所引起的蟲媒傳染病）則是幾乎全世界都有，而美洲特產奎寧（金雞納霜）正是治愈瘧疾的特效藥。奎寧從金雞納樹或秘魯樹皮中提取，患有流行性熱的土著美洲人飲用與金雞納樹鄰接的池塘水時發現了金雞納樹的治療價值。
絕大部分的疾病在熱帶地區特彆容易爆發，因為這裡天氣炎熱，毒蟲、細菌最多。原本曆史上剛開挖運河的時候就遇上運河處的查格雷斯河水位暴漲。這就無形中加速瘧疾、黃熱病等熱帶傳染病肆虐，瘧疾還好，有特效藥金雞納霜。黃熱病就很要命了，沒有什麼特效藥，高熱時黃熱病的治療隻能采用物理降溫為主，給予流質或半流質飲食，頻繁嘔吐者可禁食、給予靜脈補液，注意水、電解質和酸堿平衡。亞曆山大三世有一種說法就是死於黃熱病。
而亞曆山大帝國所能掌握的靜脈注射生理鹽水和一些抗炎殺菌的藥水誰也不知道能不能用於治療黃熱病。但衛生部對酒精消毒、改善衛生環境以及對患者的隔離措施有著不錯的經驗。由於亞曆山大知道疾病的根源就是蚊蟲，所以在了解到帕特羅克勒斯在非洲開鑿運河後就讓衛生部製訂了針對性措施，下令執行一係列“運河開鑿期間衛生措施”。因此這次帕特羅克勒斯開鑿巴拿馬運河就再次用到這些條例和措施了。
他們大規模的砍伐運河區兩邊的熱帶森林，增大蚊蟲居住濕雨森林與運河勞工區的距離。同時，開展大規模的滅蚊行動，包括改善城市供水係統、采用煙熏法消毒建築物、向蚊蟲滋生區域噴灑殺蟲劑、安裝紗窗和淨化各處水源等。
此時巴拿馬及哥斯達黎加的土著人口加起來也就七八萬人，哥斯達黎加的土著印第安人主要包括布裡夫裡人、博魯卡人和瓜圖索人，跟巴拿馬地區的土著同源，有些部族在巴拿馬也有居住。帕特羅克勒斯留下了人在巴拿馬運河的南岸建城，其中大部分是黑人。同時招募了大量當地人挖掘運河，在擊敗奇布查人的餘威之下，這些同樣說著奇布查語的支係大部分都不敢對抗，隻有少部分人逃往尼加拉瓜地區。留在當地的人中青壯勞力幾乎全部被招募進了挖掘隊伍中，大概有2萬人出頭，但這數量遠遠不夠。
於是，就有了另一項非常重要的工作就是從非洲大量引進黑人勞工，他們對瘧疾天生免疫，對黃熱病也有很強的免疫力，是最適合的勞工。因而再次促進了新的航海發展，就是從西非順著南赤道暖流到南美東部隻需要一個月不到的時間，快的話甚至不用101novel.com天。從而南美到非洲之間的貿易路線也就開辟了，大大促進了兩地的商品交流。
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