數十年過去，魔族發動了數次抵抗，每一次都被鎮壓下去，魔界的魔力越來越少，逐漸難以支撐魔族的活動。正如卡貝勒斯所想的那樣，魔族開始成片死亡，死的時候連反抗的力氣都沒有，絕望彌漫在魔界，為惡魔帶來了豐富的能量。
接著是人類，人口大爆炸使得社會不穩定，矛盾開始加劇，最終演變成戰爭。等他們察覺到沒有新生兒出生時已經太晚了，因戰爭而死的人不計其數，剩餘人口在廢墟中苟延殘喘。負麵力量讓位於魔界的惡魔更加強大，大量的異教徒因吸收負麵力量而成為深淵領主和大惡魔，直至人類滅亡，卡貝勒斯已經組建了一支不靠任何裝備就可以完成複仇大計的惡魔軍團。
卡貝勒斯以魔界作為兵營，又將世界內的異教徒多餘人口移民至人間，在地獄建立屬於他的循環異教徒間相互競爭，死者在魔界重生為惡魔，惡魔間相互廝殺，死者又將在人間重獲新生。這樣的循環導致在這個世界搞科研幾乎不可能，於是科研團隊和大部分工廠都留在第一地獄世界，這邊隻有戰士和罪犯。
卡貝勒斯率領惡魔大軍回到亞山，在與奪取他地位的惡魔領主決鬥後，他重新占據了亞山惡魔區的主導權。隨後，他向血色黎明的統治者申請除亞山之外的地獄世界自治，得到許可後，他開始安心在兩個地獄世界發展自己的勢力，並公開和血色黎明進行技術交換，開始向著太空發展延伸。
在他們逐漸發展壯大，開始在太空建立殖民地時，奇跡探險隊找到了一些有趣的東西。一個能滿宇宙折躍的生態改造器，改造速度遠超機械教現有技術。目前隻有一種選項，但如果機械教能夠順利奪取它，稍微校準參數，一下造出卡塔昌這樣的叢林世界也不是不可能。
亞當正在其內部進行侵入，但效果不太理想，而且這裡不止他們，還有一個文明覬覦著這台生態改造器。他們稱改造器為希瓦主機，其本身擁有可以迅速製造大量裝甲部隊的科技，還有先進的廢料回收技術。
機械教希望亞當獲取更多情報，必要時動用武力奪取科技。一個智控軍團隨時待命，隻要亞當一聲令下，機械教的艦隊就會抵達，智控軍團會精確打擊敵人，並掠奪他們的科技。依諾已經潛入進敵方研究基地內部，正在尋找主計算機。
她轉了幾圈了，好多地方都重複走過幾遍，但她仍然沒有發現主計算機，唯一一個看起來像主計算機的地方連接的是一個腦子。如果這裡的主計算機就是這個腦子的話，那依諾覺得可以直接呼叫智控軍團了，以人類的角度來說，人腦指揮陣列這種事是很難接受的。
她與腦子的外接數據接口連接在一起，得到了情報。這腦子確實是這裡的主計算機，但他是自願的，他將ai設備植入大腦改造自己，更方便地管理他手下的一切。他擁有自我意識，所以在依諾入侵進來的時候他便拉響了警報。
依諾來不及下載資料，隻能撤退，飛船上升到近地軌道，但這不夠安全。就對方的科技水平看來，扔兩艘太空戰艦上來並不難，而他們這邊就隻有一艘維修艦，雖然有點自衛火力但也不是硬剛戰艦用的。依諾滲透失敗，想要奪取科技隻能讓智控軍團入場進行強攻。這樣也可能拿不到全部科技，對方可不是傻子，逼急了是可以把所有資料都刪掉的。
但智控軍團還是入場了，機械教不想放棄這裡的科技，他們最少都要帶走一台指揮機器人和希瓦主機。一個艦隊出現在星球上空，臨時基地被運送至地表，空降部隊開始強攻研究基地。這時又來了另一個指揮官，那個指揮官使用的科技與地表上的研究基地相同，但他們似乎不是援軍。因為他們一來就兩邊一起打，場麵最終演變成了三方大混戰。
新來的指揮官擁有更多的兵力，在進攻研究基地之餘，他有足夠的兵力牽製智控軍團。智控軍團不得不將大部隊留著對付這位指揮官，放緩進攻研究基地的攻勢。這導致研究基地有足夠時間保存所有資料並逃脫，在他們逃走前，整個研究基地自毀了。
機械教命令智控軍團派出一個師的兵力順著傳送痕跡進行追擊，剩餘部隊全力進攻那個來攪局的指揮官，勢必要拿下他手裡的指揮機器人。追擊部隊在路上找到了一個被他們占據但沒有守衛的服務器，幾個技術神甫留下來破譯服務器裡的數據，其餘部隊繼續追擊。
他們追到另一個研究基地，這個研究基地也同樣被圍攻著，不過這次圍攻的卻是和他們風格完全不同的部隊，數量同樣不容小覷。智控軍團在這裡的兵力隻夠暫時拖住敵人，完全沒有餘裕去搶奪研究基地，這樣下去他們可能又會帶著數據逃走。機械教在那個星球增派了幾艘戰艦，上麵搭載著很多泰坦，在智控軍團阻擋敵人時，泰坦會全力進攻研究基地，強行帶走裡麵的數據。
此時智控軍團主力部隊報告遭遇了新的敵人，其描述與這邊遭遇的新敵人一致。目前主力部隊已經靠強大的天基火力壓製住了敵人，第一台指揮官機器人已順利奪取，依諾殺死了一位指揮官。另一位指揮官仍在抵抗，不過等技術神甫搞明白指揮官機器人的運作模式，他們就可以用那些失控的部隊攻擊他了，局勢將進一步向機械教傾倒。
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由於一位指揮官倒下，智控軍團得以抽調更多的兵力支援另一個戰場。泰坦攻破了研究基地的防線，技術神甫帶著一部分教徒突入研究設施，開始下載資料。敵方指揮官機器人被泰坦擊毀時發生了劇烈的核爆炸，毫無防備的泰坦遭受了不小的損失。這個情報迅速通過網絡傳到其他智控軍團那邊，他們會在進攻另一位指揮官時小心一點。
或許是覺得自己處於嚴重的劣勢，進攻兩個研究基地的敵人同時撤退了，機械教得以在這個空檔專心破譯文件。文件顯示，進攻研究基地兩個指揮官分彆來自“塞布蘭”和“萬古啟示”，而他們奪取到的指揮機器人是塞布蘭產物，研究基地也同樣屬於塞布蘭。而位於希瓦主機旁邊的研究基地是塞布蘭領袖古斯塔夫博士的基地，被指揮官機器人殉爆炸死的那位是古斯塔夫的繼承人。還有一個統一地球聯邦沒出現在戰場上，但可以估計的是這個勢力的勢力絕不會比另外兩個弱。這三個勢力為了防衛另一個外星人勢力的入侵組成了防禦同盟，雖然聯盟搖搖欲墜，但不難推斷另一個勢力的猛攻會讓他們的聯盟重新穩固。
機械教現在有兩個選擇，一個是把搶到的東西打包帶走，二是繼續侵略，他們會收獲更多的科技，但同時要麵對至少和兩個勢力死磕的局麵。機械教結合現有情報估算了一下，在不使用神力的情況下，想要把三個勢力全部征服，需要消耗機械教大半的兵力。毫無疑問，帝國會在這時候落井下石，到時候機械教的情況就會雪上加霜。
因此機械教決定撤退，情報顯示這三個勢力都沒有跨越虛空的能力，而他們手頭拿到的科技已經足夠他們發展一陣了。等到他們能邁出虛空，機械教再去殲滅他們不遲。他們帶走了能帶走的東西，帶不走的上傳數據就地銷毀。技術神甫們找到了希瓦主機的引擎啟動方式，希瓦主機順利升空並跟隨艦隊撤離。
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