隨著道館排位賽的結束，生活仿佛又回到了往日裡的平靜。
有挑戰者，小勇就駐守在道館內，沒有挑戰者，他就待在後山，和自己的夥伴們待在一起，一邊訓練著實力還有所欠缺的夥伴們，一邊和大鋼蛇他們交流著，探索未來的道路。
隨著密阿雷大會再次舉辦，小勇和西子小姐，查克洛以及多巴那一起在道館休息室內觀看了電視轉播。
與此同時，東半球四大地區，西半球的合眾地區，這些地區的聯盟大會也在先後舉辦。
這是小勇旅行之後的第三年，時間來到了第四個年頭。
這一年，豐緣冠軍大吾在鎮壓了“森之洋館”的暴動後，終於卸下了守護者的重擔，於是他將更多的精力和熱情都放在了前往世界各地，進行探險和挖掘稀有石頭的道路中。
豐緣聯盟此刻更多的是在大吾所推薦的代理者，“水王子”米可利先生的帶領下，有序的運作著。
但是作為華麗大會的創辦者，協調訓練家冠軍的米可利先生同樣無法將所有的精力都放在聯盟的工作中。
因此，在一些有心人的商議下，豐源聯盟在和大吾先生，米可利先生溝通後，做出了一個決定。
一隻信使鳥朝著大陸的西北方向疾馳而去。。。
這一年，
關東地區的彩虹市，作為關東最大的遊戲中心和娛樂城市，發生了大規模的神奇寶貝暴動事件。
與此同時，作為神奇寶貝世界最大的製造業巨頭，尤其是作為神奇寶貝球的製造龍頭，西爾佛公司位於金黃市的總部大樓同樣發生了暴力事件！
最終，這起暴力衝突被近些年來天才之名響徹關都兩地的超能力少女娜姿所平息！
聯盟為表重視，將娜姿“代理館主”的代理二字去掉，終於讓她成為了金黃市金黃道館的道館主！
然而無人察覺。。。一個巨大的黑暗組織正在發生某種既定的變故，並且完成了過渡！
這一年。。。
大地之阪木鎮守在常青市的常青道館，擁有關東最強道館之名！並且吸引了無數的挑戰者！
而在距離常青市不遠的一個鄉村小鎮中，這裡有著享譽聯盟的“大木研究所”，同樣為學術界的精英們所向往。
在這個“象征啟程的純白之色”的小鎮中，兩位年滿8歲的少年正在看著電視機中關於石英大會的轉播。
少年眼中的向往早已隱藏不住。
這一年。。。
剛剛進化為皮卡丘，離開了自己的袋獸媽媽，它一路跌跌撞撞的走出了常青森林，來到了這座安逸的小鎮。
最終住進了那座小鎮中最大的庭院中。
這一年。。。
關東四天王相互之間進行了冠軍挑戰賽。。。
相持了十數天之久後，最終沒有結果，導致“龍使者”渡將目光放在了隔壁的城都地區。
與此同時，關東聯盟的道館審核再度展開。
深灰市，一位熱愛神奇寶貝的少年滿臉堅毅的接過了屬於自己的重擔，成為了關東地區最年輕的道館主，為了照顧自己的弟弟妹妹，而成為了獨當一麵的男子漢！
他希望能夠像豐緣地區的那位“天才訓練家”一樣，成為強大的岩石係神奇寶貝訓練家！
以磐石之力守護自己的家，守護兄弟姐妹們！
華藍市。
喬伊小姐再一次宣布了華藍道館居於末尾，嚴峻的淘汰審核即將到來！
道館查封的危機總算是勉強喚醒了剛剛開始沉迷在“水中芭蕾表演中的華藍三姐妹”，也在一位少女的心中種下了外出旅行，變強後重振華藍道館的決心！