將閭等三人也是胡亥的兄弟，最終也被逼自儘。他們三個人比其他兄弟都沉穩，胡亥找不出什麼罪名陷害，就關在了宮內。等其他許多的兄弟被殺後，趙高派人逼他們自儘，將閭他們對來人說“宮廷中的禮節，我們沒有任何過錯。朝廷規定的禮製，我們也沒有違背，聽命應對，我們更沒有一點過失，為什麼說我們不是國家忠臣，卻要我們自裁？”來人答道“我不知道你們為什麼被定罪處死，我隻是奉命行事。”將閭三人相對而泣，最後引劍自刎。在胡亥的眾兄弟當中，死得名聲好一點的是公子高。他眼看著兄弟姐妹們一個接一個被胡亥迫害致死，知道自己也難逃厄運。但逃走又會連累家人，於是下決心用自己的一死來保全家人的安全。他上書給胡亥，說願意在驪山為父親殉葬。胡亥很高興，又賜給他十萬錢。陷害大臣李斯除了兄弟姐妹，胡亥對其他不聽話的文武大臣也不放過。
首先迫害的是蒙恬兄弟倆，開始胡亥想繼續用他們兄弟倆，但趙高害怕他們對自己構成威脅，就向胡亥造謠說，秦始皇原來曾想立胡亥做太子，但蒙恬的兄弟蒙毅極力阻止，秦始皇這才打消了立他做太子的念頭。胡亥卻信以為真，不但沒有釋放蒙恬，還將蒙毅也囚禁在代郡（河北省蔚縣東北）的監獄中。後來，胡亥派使者逼蒙毅自儘，然後又派人到陽周的監獄中逼蒙恬自殺，蒙恬開始不肯，聲辯說要見胡亥，請他收回詔命，使者不許，蒙恬見生還無望，隻得服毒自儘。對其他的大臣，胡亥在趙高的唆使下，也大開殺戒。右丞相馮去疾和將軍馮劫為免遭羞辱而死，選擇了自儘。在殺死大臣的同時，趙高將自己的親信一個個安插進去，他的兄弟趙成做了中車府令，他的女婿做了都城鹹陽的縣令，都是要職，其他朝中的要職也遍布趙高的黨羽。
胡亥隻知道自己享樂，對趙高的這些陰謀動作毫無防備，最終死在了趙高之手。湖南益陽兔子山遺址出土秦二世詔書木牘殺了許多朝中的大臣，趙高還不滿足，又尋找機會唆使胡亥對地方官吏也下毒手。
四處巡遊在胡亥即位的第二年，即公元前101novel.com9年年初，胡亥自稱“朕年少，初即位，黔首未集附”，於是效法自己的父親秦始皇，也巡遊天下。南到會稽（浙江紹興），北到碣石（河北昌黎北），最後從遼東（遼寧遼陽）返回鹹陽。在巡遊途中，趙高陰險地對胡亥說“陛下這次巡遊天下，應該趁機樹立自己的威信，把那些不聽從的官吏誅殺，這樣您才能有至高無上的威信。”
胡亥不問青紅皂白，就連連下令誅殺異己，結果弄得大臣們惶恐不安。趙高實際上把年少的胡亥當成了擴張自己權勢的工具。胡亥坐上帝王寶座之後，一心想享樂一生，有一次他對趙高說“人這一生就如白駒過隙，做了皇帝，我想儘心享樂，愛卿你看呢？”這正合趙高心意，從此討好胡亥享樂，自己更大膽地專權。
有了趙高的支持胡亥還不放心，又向李斯詢問如何才能長久地享樂下去。他對李斯說“我聽韓非說過，堯治理天下的時候，房子是茅草做的，飯是野菜做的湯，冬天裹鹿皮禦寒，夏天就穿麻衣。到了大禹治水時，奔波東西，勞累得以致大腿掉肉，小腿脫毛，最後客死異鄉。做帝王如果都是這樣，難道是他們的初衷嗎？貧寒的生活大概是那些窮酸的書生們提倡的吧，不是帝王這些賢者所希望的。既然有了天下，那就要拿天下的東西來滿足自己的欲望，這才叫富有天下嘛！自己沒有一點好處，怎麼能有心思治理好天下呢？我就是想這樣永遠享樂天下，愛卿你看有什麼良策？”
李斯惟恐胡亥聽從趙高的話，自己失寵，於是寫了一篇文章向胡亥獻出了獨斷專權、酷法治民的治國方法。即用督察與治罪的方式來鞏固中央集權，鎮壓百姓的反抗與違法。李斯的策略代表了他的法律觀念，後來秦朝的滅亡宣告這種法家思想的曆史性破產。對於李斯這個原來的盟友，趙高也沒有放過，借胡亥之手除掉了這個對手。
趙高設計使胡亥對李斯不滿，然後又找機會向胡亥誣陷了李斯三個罪名一是李斯原來參與了擁立胡亥即位，但後來總抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。二是李斯的兒子李由做三川郡守，而陳勝作亂經過三川郡時，李由卻不積極鎮壓，因為他和陳勝是鄰縣的同鄉。聽說李斯和陳勝他們也通過訊息。三是李斯作為丞相，權利過大，超過了皇帝，但還不滿足，似乎有異心。
《趙正書》中李斯答始皇語（一說為改竄李斯獄中上二世書）胡亥聽了趙高的話，想抓李斯，但又沒有真憑實據，就先派人監視李斯。李斯聽到消息，就上書揭發趙高的劣跡。胡亥卻不肯相信，反而將書信給趙高看。趙高知道和李斯是你死我活的鬥爭，就進一步地羅織罪名誣陷李斯。胡亥將李斯抓捕，交給趙高負責審理。
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趙高自然不肯放過這個難得的機會，對李斯用儘了酷刑，逼李斯認罪。李斯無法忍受酷刑折磨，隻得屈打成招。趙高拿著李斯的供詞上報胡亥。
最後，李斯在公元前101novel.com8年，即胡亥即位的第二年，被處以極刑先是黥麵（即在臉上刺字，是秦朝的一種侮辱刑），然後劓（即割鼻子，也是秦的一種酷刑），砍斷左右趾（即砍掉左右腳），又腰斬（攔腰斬斷），最後是醢（音海，即剁成肉醬），這在當時是最為殘忍的一種處死方式，叫做“具五刑”，即用五種刑罰處死。
李斯的一家也同時被殺。趙高後來也為自己的殘忍付出了代價兩年後被子嬰誅殺。
胡亥他繼續大量征發全國的農夫修造阿房宮和驪山墓地，調發五萬士卒來京城鹹陽守衛，同時讓各地向鹹陽供給糧草，而且禁止運糧草的人在路上吃鹹陽周圍三百裡以內的糧食，必須自己帶糧食。除了常年的無償勞役外，農民的賦稅負擔也日益加重，最終導致了陳勝吳廣起義的爆發。
大澤鄉起義沉重打擊了秦朝政權，揭開了秦末農民大起義的序幕，是中國曆史上第一次大規模的平民起義。
秦二世元年秋，秦朝廷征發閭左貧民屯戍漁陽，陳勝、吳廣等900餘名戍卒被征發前往漁陽戍邊，途中在蘄縣大澤鄉為大雨所阻，不能如期到達目的地，根據秦朝法律，過期要斬首。情急之下，陳勝吳廣領導戍卒，殺死押解戍卒的將尉，發動兵變，口號是“王侯將相，寧有種乎”。
起義軍推舉陳勝為將軍，吳廣為都尉，連克大澤鄉和蘄縣，並在陳縣建立張楚政權，各地紛紛響應。大澤鄉起義因為陳勝得勢後驕傲，加上秦將章邯率秦軍鎮壓而失利。但二世胡亥根本不相信，隻喜歡聽天下太平的好話。在一次討論是不是發兵平定起義時，胡亥竟然不同意有“反叛”的事，發兵當然也就沒什麼必要了。
叔孫通了解胡亥，便說“他們說的天下反叛根本就不對，先皇早已經拆毀了城牆，熔鑄了天下兵器，有您明主坐堂，有嚴明法令行於天下，國家安定，人民富足，誰還會造反呢？現在陳勝這些人隻不過是幾個盜賊而已，地方官正在積極追捕，請陛下儘管放心就是了。”
胡亥聽了，滿心歡喜，直誇叔孫通說得好，然後他又問其他人，有的說陳勝是“盜賊”，有的則說是“造反”。說“盜賊”的沒有事，說“造反”的就治罪，因為說“造反”等於說天下大亂。
治罪的罪名是“非所宜言”罪，就是說了不應該說的話，這種罪名是一種典型的封建專製刑法，秦朝後來雖然滅亡了，但後來的很多朝代都繼續沿用了這種罪名來維護君主專製製度。
望夷宮之變趙高為了達到自己徹底專權的目的，對胡亥說了一大通很有“道理”的話，大意就是說胡亥年輕，經驗不足，而且皇帝也應該少和大臣們見麵，以免在大臣們麵前暴露自己的弱點。
如果能居住深宮中聽取趙高他們的彙報，有他們這些“棟梁之才”來輔佐，那國家會治理得更好。胡亥一聽有道理，而且他也願意呆在後宮中享樂，從此，朝中大小政事都由趙高一人來獨斷專行。
]趙高雖然大權在握，但他也害怕大臣們聯合起來反對他，為了試驗大臣對他的真實態度，趙高精心策劃了一起在此後曆史上遺臭萬年的政治事件指鹿為馬。指鹿為馬在一次朝會上，趙高弄來一隻鹿作為禮物獻給胡亥，對胡亥說這是一匹好馬。胡亥聽了不禁笑出了聲“丞相怎麼開這樣的玩笑，這明明是隻鹿，你怎麼說是馬呢？”
趙高仍然堅持說是馬，胡亥便問在場的大臣們。大臣們因為害怕趙高的權勢，又不知道趙高葫蘆裡賣的什麼藥，很多人便隨聲附和著說是馬。其他人有的說是鹿，有的裝聾作啞。事後，趙高便根據大臣們的不同說法區彆對待說是鹿的人一律找借口殺死，說馬的人則被當成自己一派的人。
這件事過去後，趙高沒事了，胡亥卻有事了他以為自己得了迷惑病。於是叫來太卜掐算，太卜卻瞎說是因為他祭祀時齋戒不好引起的。胡亥便到上林苑裡重新齋戒，開始還能堅持，後來又享樂開了。後來，胡亥將誤入苑中的人當場射死，[53]趙高知道後又借題發揮，先是讓他的女婿閻樂上奏說，不知誰殺了人，將屍首扔到了苑中。
然後趙高又裝模做樣地對胡亥說，皇帝因為是天子，所以射死了無罪的人要受上天的懲罰，也就是天子的老子的懲罰，同時鬼神會奉命降災的。胡亥很害怕，趙高趁機叫他到彆處的行宮去暫時躲一躲，胡亥很聽話地就走了，趙高在朝中儼然皇帝一般。
胡亥此時並不了解天下的真實情況，等到陳勝的軍隊逼近了都城鹹陽，他這才著了急，聽從了章邯的建議，讓他率領釋放的驪山刑徒出戰迎敵。這些刑徒常年從事體力勞動，身體強壯，剛剛被釋放，士氣很高，在勇將章邯的率領下，初期打了很多勝仗，戰勝了陳勝和項梁的部隊，但後來，項羽破釜沉舟與章邯決戰，使章邯作戰失利，章邯向胡亥求救兵增援，又被趙高猜疑拒絕發兵。
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走投無路的章邯最終投降了項羽。章邯一走，秦的軍隊便不堪一擊，秦朝社稷危在旦夕。到這時，胡亥才猛然醒悟過來，原來趙高說的天下太平竟是謊言，如今天下已經亂得要亡國了，胡亥言談之中對趙高很是不滿。原來就有篡位之心的趙高乾脆先動手了。
趙高以前多次說“關東的盜賊成不了什麼氣侯。”後來項羽在钜鹿城下俘虜了王離等人並繼續前進，章邯等人的軍隊多次敗退，上書請求增援，燕國、趙國、齊國、楚國、韓國、魏國都自立為王，從函穀關往東，大抵全部背叛了秦朝官吏而響應諸侯，諸侯都率兵西進。沛公率領幾萬人屠滅了武關，派人來跟趙高秘密接觸。
趙高害怕二世發怒，誅殺加害自身，就謊稱有病不去朝見皇上。二世夢見一隻白虎咬了他車駕的驂馬，他殺了那隻白虎，但心中不樂，覺得奇怪，就去問解夢的人。解夢人卜得卦辭說“涇水水神在作怪。”
二世就在望夷宮齋戒，想要祭祀涇水水神，把四匹白馬沉入涇水。二世派人以起義者日益逼近的事譴責趙高。趙高恐懼不安，就暗中跟他的女婿鹹陽縣令閻樂、他的弟弟趙成商量說“皇上不聽勸諫，如今事態危急，想要把罪禍推給咱們家族。我想另立天子，改立公子嬰。
子嬰仁愛謙下，百姓都擁護他的話。”就讓郎中令作內應，謊稱有大盜，命令閻樂召集官吏發兵追捕，又劫持了閻樂的母親，安置到趙高府中當人質。派閻樂帶領官兵一千多人在望夷宮殿門前，捆綁上衛令仆射，喝問道“盜賊從這裡進去了，為什麼不阻止？”衛令說“皇宮周圍警衛哨所都有衛兵防守，十分嚴密，盜賊怎麼敢進入宮中？”閻樂就斬了衛令，帶領官兵徑直衝進去，一邊走一邊射箭，郎官宦官大為吃驚，有的逃跑，有的格鬥，格鬥的就被殺死，被殺死的有幾十人。]
秦二世胡亥墓郎中令和閻樂一同衝進去，用箭射中了二世的帷帳。二世很生氣，召喚左右的人，左右的人都慌亂了不敢動手。旁邊有一個宦官服侍著二世不敢離開。二世進入內宮，對他說“您為什麼不早告訴我，竟到了現在這種地步！”宦官說”為臣不敢說，才得以保住性命，如果早說，我們這班人早就都被您殺了，怎能活到今天？”
閻樂走上前去曆數二世的罪狀說“你驕橫放縱、肆意誅殺，不講道理，天下的人都背叛了你，怎麼辦你自己考慮吧！”二世說“我可以見丞相嗎？”閻樂說“不行。”二世說“我希望得到一個郡做個王。”閻樂不答應。又說“我希望做個萬戶侯。”還是不答應。二世又說“我願意和妻子兒女去做普通百姓，跟諸公子一樣。[”
閻樂說“我是奉丞相之命，為天下人來誅殺你，你即使說了再多的話，我也不敢替你回報。”於是指揮士兵上前。二世自殺。胡亥的皇帝僅僅當了三年，後來以黔首（即百姓，因為秦朝崇尚穿黑衣）的禮節埋葬了他，墓地在杜南（今陝西省西安市西南）的宜春苑中。秦二世胡亥和始皇帝嬴政一樣沒有後來皇帝的諡號和廟號，這是因為秦朝實行中央集權製，維護君主的絕對權威，禁止臣下對君主議論評價。
曆史評價上評價二世
賈誼“今秦二世立，天下莫不引領而觀其政。夫寒者利裋褐，而饑者甘糟糠。天下囂囂，新主之資也。此言勞民之易為仁也。向使二世有庸主之行而任忠賢，臣主一心而憂海內之患，縞素而正先帝之過；裂地分民以封功臣之後，建國立君以禮天下；虛囹圄而免刑戮，去收孥汙穢之罪，使各反其鄉裡；發倉廩，散財幣，以振孤獨窮困之士；輕賦少事，以佐百姓之急；約法省刑，以持其後，使天下之人皆得自新，更節修行，各慎其身；塞萬民之望，而以盛德與天下，天下息矣。即四海之內皆歡然各自安樂其處，惟恐有變。雖有狡害之民，無離上之心，則不軌之臣無以飾其智，而暴亂之奸弭矣。二世不行此術，而重以無道壞宗廟與民，更始作阿房之宮；繁刑嚴誅，吏治刻深；賞罰不當，賦斂無度。天下多事，吏不能紀；百姓困窮，而主不收恤。然後奸偽並起，而上下相遁；蒙罪者眾，刑戮相望於道，而天下苦之。自群卿以下至於眾庶，人懷自危之心，親處窮苦之實，鹹不安其位，故易動也。是以陳涉不用湯、武之賢，不借公侯之尊，奮臂於大澤，而天下響應者，其民危也。”
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