秦王本就惱怒嫪毐設計害死成蛟，此刻又率軍反叛，氣憤異常！變命昌文君韓啟從嚴審判嫪毐。韓啟知道這是一個燙手的山芋，本想明哲保身，推脫不了解案情，恐難以勝任，不想卻遭到了秦王嚴厲的訓斥，見識了親政的秦王的氣魄，韓啟不敢再推脫，隻得硬著頭皮接手審判的事。
此時嫪毐雖然是俎上之肉，但是呂不韋卻無法高興起來。
呂不韋的長子在叛亂中被亂軍殺死，房屋全毀，呂府也一片狼藉；如今嫪毐又被活捉，對嫪毐的審判難免會引出自己，這也是他最不願意看到的。
從心底來說呂不韋並不希望嫪毐武力反叛，他本來的計劃是依靠秦王一點點削減嫪毐手中的實權，若嫪毐武力叛亂，無論輸贏都是兩敗俱傷。本來是他呂不韋最希望嫪毐倒台，但現在秦王要審判嫪毐了，呂不韋卻害怕起來，他和他的門客都選擇了沉默，始終沒有告發一件事情。
禦史們卻不會閒著，先是告發嫪毐目無法紀，擅自僭越禮儀，結黨營私，後來又揭露嫪毐與趙太後私通的醜事，包括兩個私生子也被找出來送到秦王麵前。秦王大怒，當眾賜死了嫪毐的兩個私生子！趙太後雖然苦苦哀求，秦王仍然沒有收回成命。
隨著案情審判的深入，韓啟得知嫪毐進宮本是呂不韋一手策劃，呂不韋這麼做當然不可能僅僅是為了討趙太後歡心，這樣討好的風險太大，極有可能是趙太後指使呂不韋所為。想通這一點，韓啟明白為什麼呂不韋自始至終保持沉默了。
但是即使知道了真相，這仍然是一樁棘手的案子，要不要對呂不韋判刑，如何判，韓啟都無法做主，他私下報告給秦王。
秦王問李斯，該如何審判呂不韋，李斯道“從法的角度來講，呂不韋是奉太後之命行事，雖所行之事有不當的地方，卻也不能說他是錯的，以此治罪恐難以服眾。此外，如果此時加罪就更加彰顯了太後的過失。”
“那依先生之言是赦免了？”
“不然，呂不韋身為相國，嫪毐發動兵變，他卻不能提前查知，此罪一也；兵變發生後，他沒有及時處置，直至驚擾王上才發兵平叛，此罪二也！”
“寡人本以為先生曾做過呂不韋的門客就會為他開脫，沒想到先生竟如此以社稷為重！實在是大秦之福啊！”秦王對李斯越來越滿意，親政後正是用人之際，秦王想趁機提拔他。
“大王謬讚了，我一心都是為大王著想，罷黜呂不韋實乃為大王親政掃平道路，呂不韋在朝十餘年，朝堂官吏不委身於嫪毐，就委身於呂不韋，如今嫪毐勢力已被鏟除，呂不韋的勢力也不應該繼續存在下去了。”李斯心中明白，若要自己出人頭地，就必須把呂不韋趕出朝廷，一山不容二虎！這是等了多少年才等來的機會，怎麼能輕易放棄。
秦王同意李斯的建議，但是他也明白，自己剛剛親政，根基不穩，呂不韋樹大根深，立刻處置呂不韋可能引起動蕩，因此隻是在朝會上斥責了呂不韋不能明察秋毫，防患未然，導致嫪毐叛亂的發生。
然而僅僅是斥責，便有很多人為呂不韋奔走，到秦王宮中為其說情，道相國實是有功之人，不該被訓斥。前來說情的人越多，秦王對呂不韋的戒心就越重，現在足以看出呂不韋的權勢有多大。秦王暗暗心驚，但表麵上仍然不動聲色，冷冷的看著呂不韋和他門客的表演。
嫪毐的案情查清以後，秦王下令車裂嫪毐，滅其三族！參與叛亂的衛尉竭、內史肆、佐弋竭、中大夫令齊等二十人也全部被處死，他們的首級被懸掛在鹹陽城門上；嫪毐的門客，根據罪責輕重分彆判刑，削除爵位遷徙蜀地的有四千多家，這個月天寒地凍，被凍死的不計其數。
對於趙太後的處置一直拖了三個月。作為秦王的生母，又是輔政的太後，她的所作所為讓秦王最是惱火，可以說嫪毐的反叛是趙太後縱容的結果。
秦王下令將趙太後逐出鹹陽，遷居雍城，母子永世不再相見！趙太後痛哭流涕，苦苦哀求，道“嫪毐反叛並不是我的本意，誅殺呂不韋也是我一時衝動的選擇，當我得知他要騷擾王宮時，才意識到問題的嚴重性，我就迅速通知你了，請大王念在母子多年情深的份上網開一麵！”
秦王到現在仍然無法忍受自己的母後與人私通生子的醜事，便道“這都是對母後衝動的懲罰，您就用下半生在雍城好好反省吧！”
趙太後被驅逐出鹹陽後，很多人都來為她求情，認為秦王的做法不合人倫。秦王一是惱怒趙太後聯合嫪毐陷害成蛟，陷自己於不仁，二是憤恨趙太後與嫪毐私通生下孩子，陷自己於不義，因此對前來為太後說情的人全部處死！前後殺了二十七人！秦王發布命令，道“有再敢為太後求情者，砍掉手腳，立即處死！”
一時間，沒有人再敢進諫。
這時，在秦為客卿的茅焦求見。秦王心道，莫不又是來為太後求情的？便派使者警告他，“你可知道凡是進諫關於赦免太後的人都被殺了？”
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茅焦道“臣當然知道！而且我還知道大王已經下令，再有求情的人，一概砍掉手足，立即處死！”
秦王聽到答複後，以為不是來為太後求情的，便接見了他。進到朝堂，茅焦自報家門“臣茅焦，出身齊國，今天為太後之事前來勸說大王！”
秦王一驚，道“你難道不怕死嗎？”
茅焦答道“我聽說天上有二十八星宿，如今大王已經處死了二十七個，我來就是要湊夠二十八之數，我不怕死！”
秦王大怒道“這小子是故意來違背我命令的，來人！趕快準備一口大鍋，我要煮了他。”
茅焦道“我聽說，長壽的人不忌諱談論死亡，國君不忌諱研究國家滅亡。人的壽命不會因為忌諱死亡而長久，國家也不會因為忌諱亡國而保存。人的生死，國家的存亡，都是開明的君主最希望研究的，請大王聽我講完再殺我也不遲！”
此時秦王對這個膽大妄為的書生產生了一絲好奇之心，便問道“好，你儘管把話說完，也好讓你死的明白！”
茅焦道“忠臣不講阿諛奉承的話，明君不做違背世俗的事。如今，大王卻有極其荒唐的作為，我如果不對大王講明白，就是辜負了大王。
天下之所以尊敬秦國，不僅僅是因為秦國的力量強大，還因為大王是英明的君主，深得人心。現在，大王車裂假父，是為不仁；殺死兩個弟弟，是為不友；將母親軟禁在外，是為不孝；殺害進獻忠言的大臣，是夏桀、商紂的作為。如此的品德，如何讓天下人信服呢？
天下人如果知道大王有這樣的作為，肯定不會再心向秦國了。我實在是為秦國擔憂，為大王擔心啊……我的話說完了，大王請行刑吧！”
說完這番話，茅焦便解開衣服，走出大殿，伏在殿下等待受刑。
秦王政聽了茅焦這番話之後，極為震動，茅焦說的是有道理，如今自己剛剛成為國君，就失去了天下人心，以後何談統一大業？於是，他親自走下大殿，扶起茅焦，道“先生之言甚是，寡人願意改過，聽從先生教誨！”
茅焦進一步勸諫說“以前來勸諫大王的，都是些忠臣，希望大王厚葬他們，彆寒了天下忠臣的心。秦國正圖一統天下，大王更不能有遷徙母後的惡名。”