大順軍西撤，山東、河北等地的大順地方政權被明朝官紳顛覆，而成功入主京城的清軍，在多爾袞的要求下，強製推行剃頭政策，致使京師附近的居民惶懼不安，並且還有不少百姓揭竿而起，反對清軍的統治。
例如三河縣、昌平州、良鄉、宛平、大興、霸州、東安、武清、漷縣、天津等地，皆有武裝起義的百姓。
甚至就連京師所用的西山煤炭也因為百姓造反，而無法運入城內。
一時間，整個京師流言四起，甚至傳言清軍將會對京師進行屠城。
此時，多爾袞也發現情況不對勁，若是這樣繼續下去，清軍很快便會失去京畿周邊的民心，於是多爾袞等人急忙辟謠，安定民心，同時派遣大軍對起義軍進行打壓和掃蕩。
為了能夠儘快消滅控製區域的起義軍，清軍連‘老稚不能彎弓操刃者’也一並當做起義軍屠戮，其殘酷的手段，迅速清掃了控製區域內的反對勢力。
然而，清軍還在奮力消滅控製區域的反對勢力，弘光朝廷卻按兵不動，讓清軍擁有足夠的時間，穩定控製區內的軍心和民心。
1645年，一月中旬，清軍派大明降臣方大猷為監軍副使招撫山東，幾天後，清軍又派降臣王鼇永，以戶部、工部侍郎的名義招撫山東、河南。
同月二十日，多爾袞派固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東，二十四日派固山額真葉臣領兵收取山西。
為了減少山東地區的明軍抵抗，覺羅巴哈納和石廷柱直接發出檄文“奉攝政王令，各調兵馬前往山東等處，所過地方官民出郭迎接，違者以抗師治罪。”
半月後，覺羅巴哈納和石廷柱平定了霸州、滄州、德州、臨清之後，多爾袞暫停了他們前進的步伐。
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因為從這段時間，清軍出兵山東，以及出兵清掃京畿周邊的起義軍的情況來看，南京方向的明軍，完全沒有絲毫的動靜，就這般隨便的把山東大批的州縣拱手相讓，讓多爾袞意識到，清軍目前真正的對手是大順軍，而非南京的明軍。
很快，覺羅巴哈納和石廷柱就被多爾袞調往山西，會同葉臣部，進攻太原等地的大順軍。
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1645年，二月，笨港，都督府。
此時，楊三生正抱著上個月才剛出生的兒子，喜笑顏開，而一旁的楊琮和鄭芝龍的心情也變得甚好，楊三生有了兒子後，鄭家和楊家的關係隻會更加親密。
“急報！”
一道突兀的聲音，打斷了此時的溫馨。
楊三生急忙把孩子交給一旁的奶媽，轉身前往書房，而楊琮和鄭芝龍也立刻跟著楊三生一同前往書房。
片刻後，書房內。
“啟稟副都督，清軍占領山東絕大部分州縣，唯有新泰縣等寥寥幾座隸屬大順的城池拒絕投降清軍。”
士兵彙報完後，轉身離開。
待到士兵離開後，楊三生這才開口道“傳令蕭平、馮保、尚可喜，時機已到，命他們伺機攻占朝鮮全境，同時，登陸旅順！”
隨後，楊三生又下令在笨港休整的蔣西山和陳興邦前往巨濟島，向駐守巨濟島等地的蕭平了解朝鮮當地的局勢，並任命蔣西山為此番進攻朝鮮的主將，其餘眾將皆需聽從其指揮。
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