馬存亮，字季明，河中人，賢宦。唐憲宗時，馬存亮累官左神策軍副使、左監門衛將軍，知內侍省事，進左神策中尉，他精明強乾，裁選軍屬得當。在平定染署工匠張韶的事變中功居第一，此後避權外出，任淮南監軍，又入朝任內飛龍使，與權宦王守澄力爭，使宰相宋申錫之家免遭屠戮。唐文宗時，以右領軍衛上將軍之銜致仕，封岐國公，曆仕六朝，以忠謹著稱，去世時年六十三，獲贈揚州大都督。
馬存亮，曆經升遷，擔任左神策軍副使，升任雲麾將軍、左監門衛將軍、知內侍省事兼左街功德使，再晉升為左神策軍中尉。當時，在籍軍人計有十多萬人，馬存亮選用人才，使軍中沒有無用之人、部屬中沒有多餘的官員。
唐敬宗即位後，馬存亮為宦官吐突承璀辯護，認為他雖然犯有過失，但不該被殺，敬宗於是下詔，為吐突承璀平反，並令其養子吐突士曄將他以禮收葬。染署工匠張韶每次把染材運送到宮中時，衛士都不加盤問，而占卜者蘇玄明則借機鼓動張韶叛亂。
張韶暗中糾結眾工匠一百多人，把兵器藏在紫草車中，運入右銀台門，約定在傍晚發動變亂。有人前來盤問，張韶以為陰謀泄露，於是將其殺死，將浴堂門關閉，提前起事。當時，敬宗在清思殿擊球，聞訊大驚，在隨從的勸說下，前往了馬存亮掌管的左神策軍。起初，敬宗寵愛右神策護軍中尉梁守謙，每次親臨觀看左、右神策兩軍的表演，往往希望右神策軍獲勝，左神策軍因此心懷怨恨。
馬存亮出來迎接，捧著敬宗的腳哭泣，把敬宗背進左神策軍，並派五百騎兵前去迎接郭太皇太後、王太後。等兩位太後來到時，賊人已經砍開門，進了清思殿，馬存亮派左神策大將軍康藝全、右神策大將軍康誌睦及將軍何文哲等率領騎兵討伐叛軍，日暮時分，神策軍將張韶和蘇玄明射殺。
在叛軍進宮時，宦官由望仙門倉促出逃，朝廷內外都不知道敬宗去往何處。黎明時分，左、右神策軍捉住所有的亂黨，肅清內宮，敬宗乘車返回。群臣前往延英殿覲見敬宗，但前來的人不到十分之一二，因沒有禁止叛軍進宮而得罪的有數十人，按法當死，因馬存亮之請，敬宗僅對三十五人施以杖刑，隨後論功，敬宗賞賜馬存亮實封食邑二百戶。馬存亮在平定事變的過程中，功勞最高，他卻不願意因此得權，請求出任淮南監軍使，後入朝任職，被授為內飛龍使。
唐文宗與宰相宋申錫密議誅除宦官，此事卻被神策中尉王守澄及其黨鄭注得知。鄭注令神策都虞候豆盧著誣告宋申錫謀立文宗之弟、漳王李湊，文宗信以為真，大為惱怒。王守澄隨即要派兩百騎兵屠滅宋申錫全家，馬存亮與王守澄一同覲見文宗，爭執道“現在謀反的人隻有宋申錫，為何不召集宰相一起商議此事。如今突然這樣做，京城肯定大亂！”王守澄這才作罷。宋申錫經朝臣解救，最終被貶為開州司馬，馬存亮因自己無法為他辯冤，即日請求致仕，獲準以開府儀同三司、右領軍衛上將軍之銜辭官，歸居於長安永嘉裡的私宅，獲封岐國公。
馬存亮去世，享年六十三歲，被追贈為揚州大都督，葬於京兆灞陵附近。馬存亮曆仕六朝，以忠謹著稱。唐憲宗時，任左神策中尉，他精明強乾，裁選軍屬得當。在平定染署工匠張韶的事變中，馬存亮功居第一。唐文宗時，與權宦王守澄力爭，使宰相宋申錫之家免遭屠戮，對穩定時局起了一定的作用。
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