『純原創劇情』+『無係統』+『主角成長』+『節奏較快』+『多故事線』在世界樹的陰謀下數碼世界出現大量數據斷層，大批數碼獸不幸化為數碼蛋墜向人類世界，對此新世紀的人類創辦了馴獸師學院將擁有數碼獸的人類訓練成馴獸師來以備不時之需。數年後的2099年皇家騎士因世界樹的原因發生史上最嚴重的內鬥，阿爾法獸因反抗世界樹被設計打...