在統治熱那亞時期，多裡亞以貴族的視角對憲法進行了改革，消除了困擾共和國數世紀的派係，建立了一個由城市主要貴族家庭組成的新寡頭政府，形成了28個“阿爾貝爾吉”（alberghi）或“家族”。
這些新興統治階級的28個阿爾貝爾吉包括了西波家族（cybo）、多裡亞家族（doria）、菲斯基家族（fieschi）、朱斯提尼亞尼家族（gitiani）、格裡馬爾迪家族（grialdi）、因佩裡亞爾家族（iperiale）、帕拉維奇諾家族（palvico）和斯皮諾拉家族（spo）等。
他拒絕了擔任熱那亞領主甚至公爵的提議，但接受了“永久審查官”的職位，直到去世都在共和國的理事會中發揮著重要影響。
在這個背景下，“審查官”的稱號源於古羅馬的意義，即一位備受尊敬的高級公職人員，而非現代意義上與審查相關的含義。
他獲得了兩座宮殿、許多特權，以及“解放者與祖國之父”（liberatoretpaterpatriae）的稱號。
他定居在位於法索洛（faslo）的一座新修複的彆墅內，該彆墅是文藝複興時期的傑作，名為“王子彆墅”（vildelprcipe），位於現已拆除的聖托馬索門（portadisantoa）外，直到去世一直居住在那裡。
為了保護恢複後的共和國免受未來外敵的攻擊，安德烈亞·多裡亞讚助了新城牆的建設。
這座城牆於16世紀30年代建成，由軍事工程師喬萬尼·瑪麗亞·奧爾賈提（giovanniiati）設計。
新城牆實際上沿襲了14世紀舊牆的路徑，但將舊有的方形塔樓和牆體替換為新的幕牆和三角形堡壘。
多裡亞再次開始專注對付奧斯曼帝國和巴巴裡海盜。
1529年，西班牙艦長羅德裡戈·德·波圖多（rodrideportundo）被海雷丁·巴巴羅薩的副手艾丁（ayd）和薩利赫（salih）擊敗。
多裡亞雇傭了法國雇傭軍，發動了對巴巴羅薩保護下的謝爾謝爾（cherchell）的攻擊，洗劫了該港口並解放了許多基督教囚犯，由於雇傭軍紀律渙散，當他的艦隊在土耳其人到來之前不得不啟航時，他最終拋棄了他們，任其自生自滅。
1532年9月，針對四月土耳其入侵匈牙利的情況，多裡亞帶領一支由西班牙和熱那亞組成的艦隊，出動48艘戰艦和35艘其他船隻，攻擊了愛琴海的奧斯曼陣地。
他抵達達達尼爾海峽和伯羅奔尼撒半島，奪取了科羅內（rone）和帕特雷（patras）。
次年，奧斯曼帝國試圖通過呂特菲帕夏（tfipasha）指揮的龐大艦隊收複科羅內，但多裡亞以巧妙的戰術將其擊敗，在無風的情況下通過用他的戰艦拖拽船隻來機動應對土耳其艦隊。
愛德蒙·於連·德·拉·格拉維耶（edravière）將他在戰鬥中的戰術稱為16世紀最巧妙的海上作戰之一。
巴巴羅薩則從阿爾及爾和突尼斯發起了自己的攻勢，他的猶太副手西南·雷斯（sanreis）給予了支持。
1535年，查理五世號召征服突尼斯，多裡亞與另一位新興的海軍指揮官阿爾瓦羅·德·巴讚（álvarodebazántheelder）共同分享海軍指揮權。
艦隊成功占領了突尼斯，但巴巴羅薩成功逃脫。
查理意圖繼續進攻阿爾及爾，但天氣卻阻礙了行動。
次年，巴巴羅薩偽裝27艘戰艦為西班牙船隻，對巴利阿裡群島發動攻擊並洗劫，導致多裡亞帶著30艘戰艦追擊他，並接到查理五世的命令，務必生擒或斬殺這位土耳其海盜，但巴巴羅薩再次逃脫。
在弗朗切斯科·斯福爾紮（francesisforza）於1535年去世後，查理五世與弗朗西斯一世再度為米蘭公國的繼承權發生衝突。
多裡亞在這場爭鬥中對皇帝來說至關重要，幫助他贏得佛羅倫薩美第奇家族的友誼，促成了科西莫一世（sioi）的上台。
令人震驚的是，弗朗西斯與奧斯曼帝國結盟，派遣巴巴羅薩與法土聯軍駐守馬賽，儘管多裡亞修建的防禦工事使他們未能嘗試攻取熱那亞。
1537年7月，在納克索斯附近，多裡亞捕獲了由阿裡·澤利夫（alizelif）指揮的12艘土耳其戰艦，澤利夫在戰鬥中陣亡。
當多裡亞得知巴巴羅薩正率領135艘巨型艦隊向他襲來時，他選擇撤退至墨西拿（ssa），在那兒聽聞巴巴羅薩洗劫了阿普利亞（ulia）。
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奧斯曼人吹噓他們有一天能選擇自己的教皇，可實際上，奧斯曼和威尼斯戰爭爆發了，他們的艦隊不得不轉向威尼斯。
1538年2月，教皇保羅三世呼籲基督教國家之間實現和平，並組成一個聖聯盟（holyleague），該聯盟由教皇國、西班牙、神聖羅馬帝國、威尼斯共和國和馬耳他騎士團組成，以對抗奧斯曼。
雖然弗朗西斯沒有加入，但意大利戰爭隨著尼斯休戰（truceofnice）而結束，他同意打破與奧斯曼帝國的聯盟。
在1538年，多裡亞被任命為神聖同盟的指揮官，帶著80艘威尼斯槳帆船揚帆起航，其中36艘來自梵蒂岡，30艘來自西班牙，以及50艘大帆船。目的是找到巴巴羅薩艦隊並擊敗了他。
他追蹤巴巴羅薩及其副手，包括西南（san）、薩利赫（salih）和德拉古特（turgutreis），來到科林斯海峽（rth），在那裡對他們實施封鎖。
然而，聯盟內部的內訌以及多裡亞的失誤導致他們的艦隊在隨後的1538年普雷維紮海戰（battleofpreveza）中遭到失敗。
普雷韋紮海戰還在海雷丁的故事裡詳細講解，這是海雷丁生涯濃墨重彩的一筆，也是16世紀地中海發生的三大海戰之一，另外兩場是傑爾巴海戰（battleofdjerba）和勒班陀海戰（battleoflepanto）。
普雷韋紮海戰確保了土耳其在東地中海的統治長達33年，直到1571年的勒班陀海戰。
多利亞因缺乏戰略而受到嚴厲批評，這可能是因為西班牙和熱那亞不願意致力於保衛政治上遙遠的威尼斯，更不用說多利亞擁有許多雇傭的船隻的事實。
為了彌補這次失敗，他們攻占了卡斯泰爾諾沃（castelnuovo），但查理和威尼斯就誰來保留這個地方爭論不休，導致神聖同盟實際上解散。
駐軍們最初的想法是將此地作為入侵奧斯曼巴爾乾半島的灘頭陣地，但在之後的卡斯泰爾諾沃圍城戰（sieofcastelnuovo）中被巴巴羅薩圍攻並擊敗。
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