1540年，多裡亞的侄子賈內蒂諾·多裡亞（giantodoria）在吉羅拉塔戰役（battleofgirota）中取得了重大勝利，俘獲了除巴巴羅薩之外最傑出的土耳其艦長德拉古特（dragut）。
安德烈亞將他作為戰船奴隸在自己的旗艦上囚禁了四年。
此時，多裡亞的常年合作夥伴貝爾納迪諾·德·門多薩（bernardodendoza）在阿爾博朗戰役（battleofalborán）中再次擊敗奧斯曼海盜。
1541年，安德烈亞、賈內蒂諾和門多薩被查理五世招募，發起了一場征討阿爾及爾的遠征，旨在再次捕捉巴巴羅薩。
多裡亞試圖警告皇帝此次行動時機糟糕，因為那是秋季，地中海天氣危險，但他的警告未受到重視，熱那亞人無奈地接受了參與。
結果卻是一場災難，風暴摧毀了帝國艦隊，儘管多裡亞家族設法保障了大部分艦隊的撤退，但仍需付出很大努力來重組其他熱那亞艦長的隊伍。
這也是一場屬於海雷丁的偉大勝利。
1542年，法奧聯軍攻陷尼斯，安德烈亞·多裡亞追擊敵軍，俘獲了四艘船隻。
法國和奧斯曼結盟了。
在五月，海雷丁·巴巴羅薩率領110艘戰艦襲擊雷焦（reggio），並與法國艦隊在馬賽（arseille）會合，指揮權與弗朗西斯·德·布爾戈涅（fran?oisdebourbon）共享。
巴巴羅薩和布爾戈涅再次征服並洗劫了尼斯，唯獨城堡未遭破壞，但在多裡亞到來時他們選擇撤退。
多裡亞在維爾弗朗什（villefranche）登岸，帶來由阿方索·達瓦洛斯（alfond"avalos）率領的陸軍，尼斯得以恢複，而法土艦隊則轉移至安提貝（antibes）。
令基督教世界大為憤怒的是，1544年，在巴巴羅薩支付了三千杜卡特金幣後，多裡亞釋放了德拉古特。
巴巴羅薩先以封鎖熱那亞威脅過多利亞。
多裡亞或許想借此爭取奧斯曼帝國的同情，以備不時之需，萬一自己的親屬被俘，也好談判。
但他最後還是為此決定感到悔恨，因為德拉古特（dragut）在未來的戰爭中屢立戰功。
熱那亞人建議達瓦洛斯不要與法國人直接交戰，但由於雙方關係緊張，達瓦洛斯對這一建議置之不理，最終選擇出擊，卻在塞雷索爾（cerele）戰役中遭到失敗。
多裡亞積極出擊，阻止了法國人利用這一機會，襲擊他們在海岸的陣地。
在1544年弗朗索瓦與查理簽訂克雷皮和約（peaceofcrépy）後，多裡亞希望能安享晚年。
然而，他的巨額財富和權力，加上侄子兼繼承人吉安內蒂諾·多裡亞（giantodoria）的傲慢，使得他樹敵眾多。
在1547年，費斯基（fieschi）陰謀試圖將他的家族趕下台，吉安內蒂諾在這一事件中被殺，但陰謀者最終被擊敗。
多裡亞對他們的懲罰極為嚴厲，奪取了許多陰謀者的封地。
他還被牽連到皮爾·路易吉·法爾內塞（pierigifarnese帕爾馬和皮亞琴察公爵）謀殺案中，而法爾內塞曾支持費斯基。
其他陰謀接踵而至，其中最重要的是朱利奧·西博的陰謀（1548年），但都以失敗告終。
儘管多裡亞雄心勃勃且手段嚴厲，但他始終是一個愛國者，成功抵製了查理皇帝多次希望在熱那亞建立由西班牙人駐守的城堡的企圖，無論是以甜言蜜語還是威脅都無法使他屈服於這一計劃。
即便年事已高，多裡亞的精力依舊充沛。
1550年，84歲的他再次出海，對抗穆斯林艦隊。
儘管海雷丁·巴巴羅薩於1545年退役，熬走了一個強敵，但德拉古特和巴巴利亞海盜仍然構成威脅。
多裡亞與門多薩一起攻占了德拉古特剛剛征服並作為基地的馬赫迪亞，抓獲了德拉古特的侄子赫薩爾。
次年，多裡亞又加強了駐軍，隨後追蹤並封鎖了德拉古特及其101novel.com艘艦艇於傑爾巴的一個海灣，但德拉古特巧妙地逃脫了，他挖了一條水道，將艦船拖過陸地。
失望之餘，多裡亞對傑爾巴進行了劫掠。
1552年，一支由德拉古特指揮的100艘艦的奧斯曼艦隊在龐薩戰役中擊敗了多裡亞指揮的40艘熱那亞艦隊。
隨著法蘭西與帝國之間再次爆發戰爭，法國入侵了當時由熱那亞聖喬治銀行管理的科西嘉島。
多裡亞再次被召集，他在島上與法國人交戰了兩年（15531555），戰局起伏不定。
1555年，他正式返回熱那亞，因年事已高、身體虛弱，他將艦隊指揮權交給了他的曾侄孫喬瓦尼·安德烈亞·多裡亞，後者是吉安內蒂諾·多裡亞的兒子。
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他組織了一次對特裡波利的遠征，但結果比他曾經在阿爾及爾的經曆還要失敗，最終在與皮亞萊·帕夏和德拉古特的土耳其艦隊的傑爾巴戰役中險些喪命。
安德烈亞·多裡亞將他的遺產留給了喬瓦尼·安德烈亞。
多裡亞·潘菲利·蘭迪家族是喬瓦尼·安德烈亞·多裡亞的後裔，並承襲了他的梅爾菲王子頭銜。
一直到1560年11月25日，這位熱那亞海上強者才去世，他活了95歲。
從1528年直到去世，多裡亞在熱那亞共和國的決策中發揮了主導作用，被視為當時歐洲首屈一指的海軍領袖。
他被神聖羅馬皇帝查理五世任命為大海軍上將，利用這一職位既保護了熱那亞的獨立，又鞏固了自己對這座城市的控製。
他還通過自己擁有的船隻擔任私掠者，以增加財富。
他的艦隊幫助確保了西班牙與意大利之間的帝國海上航線，儘管在對抗顯著威脅的奧斯曼海軍方麵成效不一。
作為熱那亞的統治者，多裡亞對共和國的憲法進行了改革。
他對熱那亞共和國的憲法改革一直持續到1797年共和國結束。
為了紀念這位海軍上將，幾艘船隻以他的名字命名，其中最著名的是意大利客輪安德烈亞·多裡亞號（ssandreadoria），於1951年下水，1956年因碰撞沉沒。
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