在15101novel.com年代，查理的統治遭遇了兩次叛亂，兄弟會起義（revoltoftheranies）和公民叛亂（revoltoftheuneros）。
叛亂後，查理任命西班牙顧問掌權，並在卡斯蒂利亞度過了他生命中的大部分時間，包括他在修道院的最後幾年。
事實上，他的兒子和繼承人，後來的西班牙菲利普二世，就是在卡斯蒂利亞出生和長大的。
儘管如此，許多西班牙人認為他們的資源（主要由來自美洲的白銀流出）被用來維持不符合該國利益的哈布斯堡帝國政策。
查理在1519年繼承了奧地利的遺產，成為奧地利的查理一世，並在與法國國王的競選中獲得了神聖羅馬帝國皇帝的選舉。
自帝國選舉以來，他甚至在德國（rany）以外的地方都被稱為查理五世皇帝。
查理使用的哈布斯堡王朝的座右銘是aeiou（拉丁文全稱是“atriaestiperareorbiuniver”，意為“奧地利的命運是統治全世界”，儘管其確切含義仍有爭議）。
查理堅定扞衛天主教，儘管路德教的影響不斷擴大，許多德國王子因宗教原因與他決裂，並與他作鬥爭。
查理在德國的存在通常以組織帝國議會來維護宗教和政治統一為標誌。
他經常在意大利北部，與教皇進行複雜的談判，以應對新教崛起帶來的問題。
不過，重要的是，德國天主教徒支持皇帝。
查理與許多重要的德國家族保持緊密關係，如納騷家族（hoeofnassau），許多成員在他的皇帝宮廷中任職。
許多德國王子、貴族和將軍在他的領導下進行軍事行動，對抗法國和奧斯曼帝國，或陪伴他旅行，他的軍隊大多數由德國軍隊組成，尤其是帝國的蘭斯基赫特步兵（ndsknechte）。
這裡提到德國是因為查理五世的身份和權力與神聖羅馬帝國緊密相關，而神聖羅馬帝國主要包括了現代德國的領土。
在查理五世的時代，德國和奧地利之間的關係較為複雜。
奧地利作為哈布斯堡的核心領地，在帝國內部有重要的政治和軍事地位。
雖然當時並不存在現代意義上的德國國家，但德國的許多領地和公國在文化、語言和宗教等方麵有許多共同點。
今天的德國與曆史上的神聖羅馬帝國有一定的聯係，但現代德國是一個統一的國家，成立於19世紀末。
奧地利如今是一個獨立的國家，與德國在語言和文化上有相似之處，但政治上是兩個獨立的實體。
在1506年，查理繼承了父親的勃艮第領土，主要是低地國家，還有弗朗什孔泰（francheté）。
這些領土大部分位於神聖羅馬帝國的境內，但在名義上被劃分為神聖羅馬帝國的封地和法國的封地，比如查理的出生地佛蘭德斯（fnders），作為勃艮第國家的最後遺留部分，在百年戰爭中發揮了巨大作用。
由於查理年幼，馬克西米利安皇帝任命他的姑媽——奧地利的瑪格麗特——擔任攝政王，直到1515年。
他的姑媽很快與法國展開了戰爭，原因是查理需要像他父親一樣向法國國王效忠，特彆是關於弗蘭德地區的歸屬問題。
查理需要向法國國王效忠的原因主要與曆史上的封建製度和權力關係有關。
在查理的父親菲利普一世去世之前，他作為西班牙國王曾經向法國國王效忠，尤其是在弗蘭德地區，這是一種傳統的政治安排。
在中世紀的歐洲，許多地區的統治權是通過效忠和宗主關係來維持的。
弗蘭德是一個重要的經濟地區，擁有豐富的貿易資源。
因此，法國國王對該地區有古老的權利和聲索。
查理繼承了這些權利，同時也麵臨著對法國國王的效忠要求。
瑪格麗特作為攝政王，試圖維護查理的權利和地位，因此她與法國發生了戰爭，努力爭取弗蘭德的獨立和控製權。
最終，法國在1528年放棄了對弗蘭德的聲索，這對查理的統治是一個重要的勝利。
在1515年至1523年期間，查理在低地國家的統治還麵臨弗裡斯蘭農民（frisianpeasants）的叛亂。
叛軍最初取得了一些成功，但之後經曆了一係列失敗，剩餘的領導者於1523年被抓捕並處決。
查理通過兼並圖爾奈（tournai,）、阿圖瓦（artois）、烏得勒支（utrecht）、格羅寧根（gronn）和古爾德斯（guelders）來擴大勃艮第領土。
低地國家曾由查理的勃艮第祖先統一，但名義上屬於法國或神聖羅馬帝國的封地。
查理最終贏得了古爾德斯戰爭（gueldersars），將所有省份統一在他的統治下，最後一個是古爾德斯公國（duchyofguelders）。
在1549年，查理頒布了《實用主義製裁》（pragaticsanction），宣布低地國家是一個統一的實體，作為其家族的繼承領地。
低地國家在帝國中占有重要地位。
對於查理五世來說，它們是他的家鄉，是他出生和度過童年的地方。
由於貿易和工業以及該地區城市的財富，低地國家也為帝國國庫帶來了可觀的收入。
在查理的統治期間，勃艮第領土通常忠誠於他。
由於查理要求繳納重稅，重要城市根特在1539年爆發叛亂。
然而，叛亂並沒有持續多久，因為查理在阿爾巴第三公爵費爾南多·阿爾瓦雷斯·德·托萊多（fernandoálvarezdetoledo）的增援下，軍事反應迅速，讓根特的叛亂得到平息。
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