在1506年的巴利亞多利德valdolid和1510年馬德裡的兩次卡斯蒂利議會上，查理宣誓成為阿斯圖裡亞斯親王（prceofasturias），成為母親喬安娜女王的法定繼承人。
另一方麵，在1502年，阿拉貢議會在薩拉戈薩（zaraza）召開，並對喬安娜作為推定繼承人宣誓，但薩拉戈薩大主教阿隆索·德·阿拉貢（斐迪南國王的私生子）堅決表示，這個誓言沒有法理根據，也就是說，除非議會和國王之間達成正式協議，否則不能改變繼承權。
在斐迪南二世於1516年1月23日去世後，喬安娜繼承了阿拉貢王冠，領土包括阿拉貢、馬略卡、加泰羅尼亞、瓦倫西亞、那不勒斯、西西裡和撒丁島，而查理則成為總督。
儘管如此，佛蘭明人還是希望查理繼承王室頭銜，這得到了皇帝馬克西米利安一世和教皇利奧十世的支持。
因此，在1516年3月14日費爾南德二世的葬禮之後，查理與他的母親共同被宣布為卡斯蒂利亞和阿拉貢的國王。
最後，當卡斯蒂利亞攝政王紅衣主教希門尼斯·德·西斯內羅斯（jiénezdecisneros）接受了既成事實時，他同意查理的要求並在全國推廣其即位。
查理於1517年秋天抵達他的新的王國。
紅衣主教希門尼斯·德·西斯內羅斯前來迎接他，但在途中生病，懷疑是中毒，在未能到達國王之前就去世了。
由於查理在其合法女王母親仍在世時就繼承王室頭銜的特殊情況，與巴利亞多利德的卡斯蒂利亞議會的談判非常困難。
最終，查理被接受，但有很多條件
他必須學習說卡斯蒂利亞語；
不得任命外國人；
禁止從卡斯蒂利亞提走超出五分之一（toreal）的貴金屬；
尊重他的母親——喬安娜女王的權利。
1518年2月，卡斯蒂利亞議會在巴利亞多利德向他致敬。
之後，查理前往阿拉貢王室。
他成功克服了阿拉貢議會和加泰羅尼亞議會的抵抗，被認定為阿拉貢國王和巴塞羅那伯爵，與母親共同統治。
但他的母親被囚禁，隻能名義上統治。
納瓦爾王國於1512年被阿拉貢的費爾南德與卡斯蒂利亞共同侵占，但他發誓要尊重這個王國。
查理登基時，納瓦爾議會要求他參加加冕儀式（成為納瓦爾的查理四世），但這一要求未得到回應，議會不斷積累不滿。
儘管西班牙人對帝國風格感到不安，但還是接受了查理為君主。
西班牙的各個王國傳統都不相同。
卡斯蒂利亞已經成為一個專製的、高度集權的王國，君主自己的意誌很容易淩駕於立法和司法機構之上。
相比之下，在阿拉貢王室，尤其是在比利牛斯山脈的納瓦拉王國，法律盛行，君主製被視為與人民的契約。
這給查理五世和後來的國王帶來了諸多不便和爭議，因為特定王國的傳統限製了他們的絕對權力。
在查理統治期間，政府變得更加絕對，儘管在他的母親於1555年去世之前，查理並沒有掌握國家的絕對權力。
很快，對皇帝的抵抗就出現了，為了支持卡斯蒂利亞人對外國戰爭而征收的重稅，而卡斯蒂利亞人對這些戰爭興趣不大。