查理傾向於選擇弗拉芒人擔任卡斯蒂利亞和美洲的高級職位，而忽視了卡斯蒂利亞的候選人。
抵抗運動以之前提到的公民起義（revoltoftheuneros）達到l了高潮，查理鎮壓了這場起義。
這次起義釋放了喬安娜，並希望廢黜查理，支持喬安娜成為唯一的君主。
雖然喬安娜拒絕廢黜她的兒子，但她的監禁在起義後繼續進行，以防止可能發生的類似事件。
在鎮壓卡斯蒂利亞叛亂後，查理又麵臨納瓦爾（navarre）的問題，亨利二世國王（kghenryii）試圖重新征服該王國。
主要軍事行動持續到1524年，當時洪達裡比亞（hondarribia）向查理的軍隊投降，但在1528年前，西比利牛斯山西部的頻繁跨境衝突仍在繼續。
在這些事件之後，納瓦爾在接下來一個世紀仍然是國內外爭議的焦點（法國對王位的繼承權主張直至1830年七月革命才結束）。
查理希望他的兒子和繼承人菲利普二世與納瓦爾的繼承人讓娜·德·阿爾布雷特（jeanned"al
et）結婚。
讓娜反而被迫嫁給了朱利希克萊夫斯貝格公爵威廉，但那段沒有孩子的婚姻在四年後被取消。
她又嫁給了安托萬·德·波旁（antoedebourbon），她和他們的兒子納瓦拉的亨利（henryofnavarre）都在法國宗教戰爭中反對菲利普二世。
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在查理的帝國整合後，卡斯蒂利亞保證了有效的軍事力量，而其美洲殖民地則為帝國了大部分財務資源。
然而，查理五世的兩個相互衝突的戰略，即增加家族領土和保護天主教免受新教異端分子的侵害，分散了資源，未能促進西班牙經濟的建設。
西班牙的精英分子呼籲對受到奧斯曼帝國和巴巴裡海盜威脅的商業網絡更多保護。
巴巴裡海盜自然就是奧魯奇和海雷丁等海盜勢力。
可是，查理專注於在德國和低地國家打擊新教，這被證明是徒勞無功的。
每一個都加速了西班牙帝國在下一個時代的經濟衰落。
在查理統治期間累積的巨額預算赤字，以及影響王國的通貨膨脹，導致在菲利普二世統治期間宣布破產。
巨額的財政赤字、通貨膨脹，看來曆史一直在輪回。
下麵是查理五世在意大利的統治。
查理繼承的阿拉貢王國包括那不勒斯王國、西西裡王國和撒丁王國。
作為神聖羅馬帝國皇帝，查理在意大利北部多個國家中擔任國王。
然而，米蘭公國處於法國控製之下。
法國在1515年的馬裡尼亞諾戰役（前文提到的經典戰役）中擊敗瑞士後，從斯福爾紮家族（hoeofsforza）手中奪取了米蘭。
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