他隱居在我們的聖母·卡斯塔尼亞修道院（ourdyofcasta?ar），在鄰近的森林裡建造了一間簡陋的小屋，有時以隱士身份生活，後來成為薩爾澤達（salzeda）修道院的監護人。
與此同時，門多薩（現在是托萊多大主教）並沒有忘記他，並在1492年推薦他給伊莎貝拉作為她的懺悔者。
希門尼斯接受了這個職位，但條件是他仍然可以留在自己的社區，過宗教生活，隻在被召喚時出現在宮廷。
這個職位在政治上很重要，因為伊莎貝拉不僅在宗教事務上向她的懺悔者谘詢，也涉及國事。
伊莎貝拉的阿爾罕布拉法令（alha
adecree）——驅逐西班牙的猶太人，幾乎在西斯內羅斯被任命為懺悔者後不久便頒布。
西斯內羅斯的嚴厲聖潔很快贏得了伊莎貝拉的重大影響力，1494年他被任命為西班牙方濟各會的省長。
門多薩紅衣主教於1495年去世，伊莎貝拉秘密取得一紙教皇公函，提名西斯內羅斯擔任門多薩的托萊多大主教，這是西班牙最富有、最有權勢的教區。
此職位還附帶了卡斯蒂利亞的大法官職務。
伊莎貝拉試圖親自將公函作為禮物給他，但西斯內羅斯並沒有如她所希望的那樣反應。
相反，他逃離了她的麵前，跑了出去，結果在馬德裡外數英裡處被伊莎貝拉的使者追上並說服回宮進一步討論。
西斯內羅斯抵製這個任命六個月，直到第二份教皇公函命令他接受，他才勉強同意。
儘管獲得了奢華的新職位，西斯內羅斯依然保持簡樸的生活。
雖然來自羅馬的消息要求他以符合其地位的方式生活，但外在的奢華掩蓋了他私下的禁欲生活。
在獲得新職位後，西斯內羅斯開始著手改革西班牙的方濟各會。
他要求已被任命的修士必須保持獨身，放棄通奸的習慣。
他們必須居住在自己工作所在的教區，每周參加懺悔和講道。
改革遭遇了強烈的反對。
到1498年，這些改革不僅擴展到方濟各會，還包括其他乞討修會。
該修會的總長親自從羅馬前來試圖緩和大主教的嚴格改革，但在一位強勢女王的支持下，西斯內羅斯成功地強行實施了這些改革。
1499年，西斯內羅斯隨西班牙宗教法庭來到格拉納達（granada），乾預赫爾南多·德·塔拉韋拉（hernandodetavera）和平改宗穆斯林居民的努力。
塔拉韋拉主張通過用穆斯林的語言向摩爾人解釋天主教的真理來進行緩慢改宗，但西斯內羅斯認為這是在“把珍珠扔給豬”，並著手進行強製大規模改宗。
他下令公開焚燒格拉納達所有能找到的阿拉伯手稿——當時的資料顯示，至少有5000本，唯一的例外是涉及醫學的書籍。
未改宗的穆德哈哈（udéjares，即生活在基督教領土上的伊比利亞穆斯林）對這一嚴重違反阿爾罕布拉條約的行為憤怒不已，最終引發了被稱為阿爾普哈拉斯第一次叛亂的公開起義。
這場叛亂被暴力鎮壓，他們被迫在洗禮或流亡之間做出選擇，這與格拉納達的投降條款相悖。
大多數人選擇了洗禮，到了1500年，西斯內羅斯報告稱“現在城市裡沒有一個人不是基督徒，所有的清真寺都變成了教堂”。
然而，他製造了一個問題，這個問題直到1609年穆裡斯科人被驅逐出西班牙時才得以解決。