1556年8月，查理五世退位，將神聖羅馬帝國皇帝的職位讓給了他的兄弟費迪南德。
根據1521年的協議和1531年的選舉，費迪南德成為了神聖羅馬帝國皇帝（holyroaneperor）和奧地利（atria）的大公（archdukeofatria）。
由於漫長的辯論和繁瑣的官僚程序，帝國議會（iperialdiet）直到1558年5月3日才接受了這次帝國繼位。
教皇（pope）拒絕承認費迪南德為皇帝，直到1559年法蘭西與哈布斯堡達成和平。
費迪南德在位期間，特倫特會議（unciloftrent）結束。
為了確保他的兒子馬克西米利安二世（axiilianii）的繼位，費迪南德在1562年組織了一次帝國選舉。
特倫特會議的一些問題在費迪南德皇帝與教皇特使莫羅內（orone）之間達成的妥協後得以解決。
在帝國費迪南德的重要發明之一是霍夫戰爭委員會（hofkriegsrat，aulicaruncil），該委員會於1556年正式成立，負責協調所有哈布斯堡領土內外的軍事事務。
它與帝國法院（reichshofkanzlei）以及霍夫財政局（hofkar）一起，構成了維也納（vienna）哈布斯堡政府的核心機構。
帝國法院複活，專門處理與帝國特權相關的事務。
1556年，頒布了一項法令，確保帝國事務和王朝事務由同一機構中的兩個官員小組分彆管理。
在他統治期間，這些機構中的貴族權力受到了限製。
對於每個領地組，設立了專門的管理和財政辦公室。
與馬克西米利安一世和查理五世不同，費迪南德一世並不是一個遊牧式的統治者。
1533年，他將居所搬到了維也納，並在那裡度過了大部分時間。
經曆了1529年的土耳其圍城戰後，費迪南德致力於將維也納打造成一座堅不可摧的堡壘。
在1558年繼位後，維也納成為了帝國的首都。
自1542年以來，查理五世和費迪南德能夠征收“公用便士”（onpenny）稅或“土耳其援助”（turkenhilfe），旨在保護帝國免受奧斯曼帝國或法國的威脅。
然而，由於匈牙利並非神聖羅馬帝國的一部分，因此針對匈牙利的帝國援助取決於政治因素。
該義務僅在維也納或帝國受到威脅時生效。
費迪南德統治下的匈牙利西部地區被稱為“皇家匈牙利”（royalhungary）。
作為奧地利（atria）、波希米亞（boheia）和皇家匈牙利的統治者，費迪南德采取了中央集權政策，與當時其他君主共同建設絕對君主製。
1527年，在即位不久後，他為自己的世襲領地發布了一部憲法（hofstaatrdnung），並在普雷斯堡（pressburg）為匈牙利建立了奧地利式的機構，在布拉格（prague）為波希米亞設立了機構，在布雷斯勞（
esu）為西裡西亞（silesia）設立了機構。
費迪南德能夠為他的領地引入更統一的政府，同時加強對波希米亞財政的控製，波希米亞為他了一半的收入。
然而，這些政府基本上仍然相互獨立。
奧地利人可以在波希米亞的行政機構中發展事業，但通常需要歸化，除了一些皇家保護者，如弗洛裡安·格裡斯貝克（floriangriespeck），而波希米亞人晉升到奧地利政府幾乎是不可能的（與未來形成鮮明對比）。
作為一位選舉產生的國王，他逐漸推動君主製走向世襲製，最終在費迪南德二世成為神聖羅馬帝國皇帝時實現。
1547年，波希米亞貴族因費迪南德下令波希米亞軍隊對德意誌新教徒采取行動而反叛。
在鎮壓叛亂後，他通過限製波希米亞城市的特權並插入一批新的皇家官員以控製城市當局進行報複。
費迪南德是反宗教改革的支持者，並幫助領導天主教對他所視為新教主義異端浪潮的回應。
例如，在1551年，他邀請耶穌會士前往維也納（vienna），並在1556年邀請他們前往布拉格（prague）。
最終，在1561年，費迪南德恢複了此前因新教徒成功而被解散的布拉格大主教區（archdioceseofprague）。