在樹形使徒倒下後，大雄他們帶著疲憊與沉思返回了nerv總部。這次戰鬥的衝擊，讓每個人的內心都久久不能平靜。
在總部的走廊上，大雄碰到了碇司令。
碇司令看著他，眼神深邃地說“大雄，這次的戰鬥很不尋常，你們麵對的是一種全新形式的使徒。我們必須儘快搞清楚它背後的原理，這對我們未來的戰略至關重要。”
大雄堅定地點點頭“司令，我知道了。我們會和科研人員一起努力的。”
科研室內，氣氛緊張而忙碌。科研人員們正在對從戰鬥現場收集的數據和樣本進行分析，大家圍在各種儀器前，眉頭緊鎖。
一位科研人員著急地說“這個樹形使徒太奇怪了，它對靈魂能量的運用方式完全超出了我們的理解範圍。”
哆啦a夢在一旁看著數據，說“你們看，這些靈魂影像好像是被某種特殊的頻率吸引並控製的，而這個頻率似乎和使徒樹乾上的符文有密切關係。”
胖虎撓撓頭，滿臉疑惑地問“那我們有沒有辦法阻止它這種控製靈魂的能力呢？這可太難搞了啊。”
科研人員搖搖頭，無奈地說“目前還不清楚，但我們在研究過程中發現了一些奇怪的波動，這些波動和我們之前在其他使徒研究中發現的一些隱藏信號有相似之處。”
靜香好奇地睜大眼睛，問“隱藏信號？是什麼樣的信號呢？感覺好神秘啊。”
科研人員調出一些數據，指著屏幕解釋道“這些隱藏信號一直存在於使徒的能量體係中，但我們之前一直無法解讀。這次樹形使徒的出現，讓我們發現這些信號可能和使徒之間的某種深層次聯係有關，也許是一種通信方式或者是控製指令，總之很複雜。”
就在大家討論得熱火朝天的時候，警報聲再次打破了平靜。眾人急忙趕到指揮室，大屏幕上顯示出城市上空出現了巨大的能量漩渦，漩渦中閃爍著奇異的光芒，仿佛有什麼東西要從中降臨。
碇司令麵色凝重，大聲命令道“駕駛員們，準備出擊！這次的情況可能更加複雜，從能量漩渦的特征來看，很可能是一個極其強大的使徒，而且它的出現方式與以往不同，大家要小心！”
大雄、哆啦a夢、胖虎和靜香迅速進入各自的eva機體，與其他駕駛員一同飛向能量漩渦。
當他們靠近能量漩渦時，一股強大的吸力撲麵而來，試圖將他們的eva機體卷入其中。
哆啦a夢急忙通過通訊器提醒“大家小心，這股吸力很強！”
胖虎邊操控機體邊喊道“哼，彆想把我吸進去！我可不會這麼容易就被它搞定！”他操控著eva機體加大動力，試圖抵抗吸力。
就在這時，一個巨大的身影從能量漩渦中緩緩浮現。這是一個形似巨大水晶球的使徒，水晶球內部有無數的光線在流動，仿佛是一個複雜的能量網絡。使徒周圍環繞著一層透明的護盾，護盾上閃爍著神秘的符文，這些符文和之前樹形使徒樹乾上的符文有些相似。
大雄驚訝地說“又是和靈魂有關的使徒嗎？這看起來比之前的還難對付啊！”
“不管它是什麼，我們先攻擊試試！”明日香說著，駕駛eva機體朝著水晶球使徒發射了一道能量光束。然而，能量光束擊中護盾後，僅僅泛起了一絲漣漪，就消失不見了。
真嗣驚訝地喊道“它的護盾好強！這可怎麼辦？”
渚薰冷靜地觀察著，緩緩說“我們得找到護盾的弱點，盲目攻擊隻是浪費能量，大家先彆慌。”
哆啦a夢啟動了探測器的深度掃描模式，一邊操作一邊說“我正在努力找呢，大家稍等。”過了一會兒，他興奮地說“我發現了，護盾上的符文在能量流動到某些特定位置時會有短暫的能量減弱現象，那些位置可能就是弱點。”
大雄立刻回應“那我們集中攻擊那些弱點！”
於是，眾人調整攻擊角度，朝著哆啦a夢所指出的護盾弱點位置發動攻擊。在眾人的合力攻擊下，護盾開始出現一些不穩定的波動。
水晶球使徒似乎察覺到了威脅，它從水晶球內部發射出一道道能量射線，射線朝著eva機體射來。
靜香驚恐地叫道“大家小心！”
駕駛員們急忙操控機體躲避，能量射線擊中了周圍的雲層，雲層瞬間被撕裂，發出耀眼的光芒。
胖虎有些著急地喊道“我們不能一直這樣被動躲避，得想辦法打破它的護盾！”
哆啦a夢思考了一下，說“我有個主意，我們可以用能量共鳴的方式，嘗試擾亂它護盾的能量頻率。我的道具中有一個能量頻率調整器，我們可以利用它來實現共鳴。”
大雄問“真的行嗎？那我們試試！”
哆啦a夢從四次元口袋裡掏出能量頻率調整器，邊分發給大家邊說“大家按照我的指示操作，調整自己eva機體的能量頻率。”
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駕駛員們紛紛響應，開始調整機體能量頻率，試圖與水晶球使徒護盾的能量頻率產生共鳴。
胖虎一邊操作一邊嘟囔“這玩意兒真複雜，希望能成功啊。”
經過一番努力，他們成功地實現了部分共鳴，護盾的能量波動變得更加劇烈，開始出現一些裂痕。