崇禎十六年三月，在朱由檢的指導下，李繼善聯合鞏永固，大肆收購棉花等生產原料，棉花價格大漲。
巾帽局火力全開，全力生產簡易版口罩，但北京城人口眾多，接近百萬，巾帽局人手都磨出火花來了，仍然跟不上需求，於是，河間製造局也受命加入到生產口罩的大業之中。
與此同時，李信於北京城西郊設立隔離區，城中軍隊、人馬往來熙熙，一隊隊帶著口罩的軍士將患病者送入隔離區，另一邊，無數的屍體被扔上馬車，一車接一車的拖到城外焚化。
北京城中一隊隊的軍士往來巡邏，百姓們躲於家中，偶爾有上街之人也是形色匆匆，陰沉的天空下到處都充斥著屍體焚燒的味道，偶爾夾雜著絲絲抽泣之聲，一片蕭索。
至五月，北京城疫情剛剛得到控製，瘟疫又蔓延到了順天府周邊，天津，保定，真定，薊州，大名等地迅速淪陷，各城紛紛開始戒嚴並向朱由檢求援。在朱由檢首肯下，內閣與軍部再度聯手，派出軍隊和醫師員趕赴各城，同時內閣緊急調派口罩，藥材等物資去往受災各城，轟轟烈烈的抗疫行動開始了…
到崇禎十六年九月，瘟疫專家吳有性終於研製出抗疫之法，疫情逐漸得到控製。到十月，朱由檢下旨各城解除戒嚴，各軍回歸駐地。消息傳開，劫後餘生的百姓們無不歡呼雀躍…
養心殿。
各部大佬再度彙聚一堂，大半年的高強度抗疫工作，讓眾人都瘦了一圈，施鳯來的大肚子也沒了。此時他正一臉喜色的向朱由檢彙報各處境況
“啟奏陛下，天佑大明啊，太醫院那邊研製出的藥方治療瘟疫效果極佳，如今藥方已經發至各城，各城都在熬製藥劑發放給百姓服用，相信用不了多久這場瘟疫就會結束了…”
朱由檢早就收到了消息，倒也不甚驚奇，跟著感歎了一下之後便問出了自己關心的問題
“嗯…天佑大明啊，這場劫難總算是度過去了，施閣老還是說說損失吧…”
施鳯來聞言臉色由晴轉陰，正色道
“回陛下，據各地通報上來的情況，本次瘟疫波及整個順天府，從二月到九月期間，數百萬百姓受災，合計死亡丁口數高達十餘萬，其中包括四百餘名醫師。各地村鎮的情況還在進一步統計之中。另外由於疫情影響，今年順天府周邊的春耕夏種都停頓了，預計到明年秋收之前，百姓都需要朝廷接濟度日了…”
李信適時補充道
“陛下，我軍官兵也有二千餘人死於瘟疫…”
朱由檢沉默的點點頭道
“一應死者全都焚化，那四百餘醫者和二千餘官兵抗疫有功，全部立上牌位，送入英烈祠，直係眷屬一律從優撫恤。”
眾人對朱由檢的決定都沒有異議，齊聲道
“謹遵陛下禦旨。”
說完朱由檢又看向戶部尚書畢自嚴道
“畢愛卿，如今國庫狀況如何？”
畢自嚴苦著臉說道
“回陛下，從二月至今，各處采買物資都由我戶部經手，再加數百萬民眾的物資供應，太倉國庫已經空了一大半，雖有秋稅補充，但若是要供應數百萬人到明年秋收，恐怕遠遠不夠…
還有就是，今年的養廉銀和政績銀國庫也發不出來了，臣請從內帑借調資金援助國庫…”
朱由檢心裡一萬頭草泥馬奔騰而過，這就是明擺著告訴他，又沒錢了唄。他從崇禎元年奮鬥到崇禎十六年，結果發現自己還在解放前，再一想，估摸著還不如解放前，那時候的大明至少還是統一的，想想就離譜…
思來想去，朱由檢心中萬般無奈，心中暗歎一聲，早知道就聽李信的就好了，哪來那麼多麻煩。不過事已至此，眼下數百萬百姓嗷嗷待哺，總不能放任不管，便朝著侯恂說道
“唉…天災無情人有情，既是我大明子民，朕不能眼睜睜看著百姓受苦而不管。候卿，從內帑支取三百萬新元移交給國庫應急，務必保證各部工作正常進行…”
侯恂一聽三百萬新元就是一陣肉痛，立馬站出來氣憤的說道
“陛下，臣反對！按例國庫每年都要供給皇城度支，可至今為止，國庫是一兩銀子都沒給過，這已經很不合理了。