在任命李養正擔任長江巡閱使後，朱由檢為了保證他在長江上收到稅，決定給他一支兵馬。
想著南京的提督操江，說道：
“提督操江一職，設有文武兩員。”
“今後文操江之兵，改為長江巡閱府管轄。”
“南直隸以西江防，歸長江巡閱府負責。”
文官提督操江，之前由劉誌選擔任。劉誌選是閹黨核心人員之一，因為動搖中宮，已經被朱由檢定了死罪。他的提督操江一職，自然無法擔任。
但是這個職位朱由檢一直沒有增補，為的是讓武操江掌握江防。
如今設立長江巡閱府，朱由檢將文操江的兵馬，改為巡閱府負責。
把南直隸一段長江的防禦，完全交給了武操江。
這個決定，在朝堂上引起的反彈很大。因為誰都知道，長江的江防數南直隸最重要。提督操江隻有在南京，才有強大的影響力。
如今皇帝把文操江的兵馬轉到長江巡閱府，相當於事實上撤了文操江一職，朝堂上的文官自然很不滿意。
所以很快就有文官指出，武操江懷寧侯孫承蔭扣克鎮江班軍鹽菜銀，各軍呼噪。江南的官員對此多有耳聞，希望皇帝慎重，要任命文官操江。
朱由檢聽到懷寧侯這麼不堪，眉頭微微皺起。他是實在沒有想到，自己想重用武操江的當口，勳貴這麼不爭氣。
雖然不至於因為這些風聞就把懷寧侯問罪，朱由檢心裡卻對這個人頗不滿意，詢問道：
“懷寧侯什麼時候擔任的提督操江？”
“到現在已經幾年了？”
兵部尚書袁可立道：
“懷寧侯孫承蔭是天啟二年十一月提督操江，到今年將近六年了。”
朱由檢當即借題發揮，說道：
“武官五年一任，懷寧侯擔任了五年多的提督操江，如今也該換了。”
“讓他回京述職，勳貴之中，有誰願意擔任提督操江？”
參加常朝的勳貴，頓時躍躍欲試。
在常朝舉辦這麼長時間後，最初對參加常朝很積極的勳貴，到現在已經變得很少了。仍舊堅持著參加常朝的，都有一定的政治野心。
誠意伯家族因為和東林黨不睦，在東林黨被解除黨禁、開始起複的現在，劉孔昭一直堅持參加朝會。此時聽到皇帝詢問，他當即就自薦道：
“臣願前往南京，為陛下整頓江防。”
還有幾個勳貴，同樣想擔任此職。
朱由檢對劉孔昭整頓江防的說法很是滿意，再加上溫體仁為他說話，當即就任命道：
“誠意伯劉孔昭，接任提督操江，任期暫定五年。”
“江防如何整頓，要有什麼成效，寫個奏疏上來！”
讓他按督撫的施政綱要，寫個整頓江防措施。以後檢閱的時候，就按他奏疏上寫的來。
劉孔昭欣喜領命，對自己和溫體仁交好的做法，心裡頗是得意。
之前他正是聽說溫體仁和東林黨鬨翻，所以走動了一下。如今在朝堂上，就發揮了作用。
不過能不能坐穩這個位置，還要看奏疏寫得如何。到了南京也多少要做點樣子，整頓一下江防。
群臣聽到皇帝換了一位勳貴擔任武操江，就是不說文操江的事情，這時也有些急了。袁可立道：
“提督操江一職，事關南京江防。”
“陛下之前在設置提督時，同時設立護軍使。”
“臣以為當設護軍使，輔佐提督操江。”
這個說法，有點打動了朱由檢。之前他設立護軍使，為的就是協調軍隊和地方關係、保護監督軍隊。
提督操江一職，關係南京的安危，確實不能完全交給勳貴，也不能讓一個人掌管。
否則劉孔昭像孫承蔭那樣貪汙軍餉，就不合自己的本意了。
所以他思索之後，說道：
“提督操江一職，以後改為長江水師提督，簡稱長江提督。”
“長江巡閱使兼有護軍使職責，有監督保護長江水師的責任。”
“以後長江上的兵馬，皆歸長江水師。”
把以前分屬文操江和武操江的兵馬合在一起，成為長江水師。
這樣長江提督和長江巡閱使，就成為新的長江水師負責人。
對此袁可立能夠接受，其他文官對提督和護軍使的設置不太明白，再加上巡閱使的衙署在九江和武昌，可能很少去南京。對南京的長江水師，可能談不上監護。
所以太仆寺卿秦士文道：
“長江如此之長，提督和巡閱使又不在一個地方，如何一起承擔長江水師職責？”
“臣以為可將長江分段，再像驛站一樣，在各段設立兵站。”
朱由檢對此頗為讚許，說道：
“具體如何分段，誠意伯和李巡江一起劃分。”
“原則上長江提督負責下遊，長江巡閱使負責中上遊。”
“長江巡閱使之下，再設一專門的護軍都尉常駐南京，執行護軍職責。”
“中上遊的兵馬，同樣要設置將領，作為長江提督下屬。”
把長江上的兵馬，仍舊是主要分成兩部份：下遊的南直隸段水師，中上遊的長江巡閱府水師。
兩部分又相互交叉，長江提督和巡閱使皆有權插手。
這樣分彆製衡，又各有側重，文官都感到滿意了，誠意伯劉孔昭也覺得不錯。
因為這樣一來，他就能插手長江中上遊的兵馬了，甚至能通過這支兵馬，插手長江巡閱府。
這時朱由檢又囑咐他道：
“長江水師一定要嚴加操練，並且整頓戰船等武器。”
“長江航道疏通後，沿途可能會出現水匪，長江水師要加強打擊。”
“同時要防止走私，對沿江運貨的船隻，可隨時進行抽檢。”
“一旦發現漏稅，可以讓隨行的稅務司官員罰款。並且記錄船主姓名和船號，給予警告處分。”
“警告次數多了，可以發放禁令，禁止其在長江上通行。”
對長江水師的設置，朱由檢主要還是為了收稅。同時有用稅款養一支水師，為以後做準備的意思——
畢竟北方的災害實在太嚴重，如果以後在北方待不下去，他可能會到南京去。那麼長江水師，自然要加強建設。
劉孔昭聽到長江水師有剿匪緝私的職權，頓時覺得自己之前的想法是對的，自己可以通過長江水師，插手長江巡閱府。
文官則不樂意了，兵部左侍郎閔夢得道：