地方軍事製度改革可以往後拖，但是有一件事情，卻拖不得。
那就是樞密院成立後，奏疏是否要由內閣票擬的問題。
這是樞密院的事情被拖延了一個多月的原因，也是權力爭奪的核心所在。
朱由檢想要獲得軍事事務的快速決策權，自然是想要不經內閣直接發布中旨的。
但是袁可立等兵部大臣，卻不同意這點——
他們雖然未來會成為樞密院的官員，卻同樣屬於文官。在限製皇權的事情上，堅定地和內閣站在一起。
即使皇帝從內閣分出來的權力，要分享給樞密大臣。這些文官出身的樞密院官員，也對此仍舊不同意。
這讓朱由檢很無奈，同時也感覺到，這是文官的共識、或者說整體意誌。
就像袁可立之前幾乎擁有首輔的權力時，麵對韓爌的打壓默默接受一樣。這些文官心裡自有一套準則，不完全聽從自己這個皇帝。
他設想的樞密大臣像內閣大學士一樣為軍事事務寫票擬，沒有得到樞密院群臣的支持。
文官都本能地維護內閣權威，用內閣限製皇權。
甚至，他感覺自己若非之前趁著群臣不在意取得了境外事務主導權，恐怕理藩院的事情，也會有得爭執——
文官不想皇帝的行為超出控製，尤其是直接發出中旨。
他們恨不得把皇帝鎖在皇宮裡，一切聽從他們的安排。
朱由檢多番嘗試無果、再加上承諾過不隨意使用中旨，最終放棄了用樞密院製衡內閣的想法，轉而把六科並入大理寺，設立了獨立的大理院——
大理院最終擁有的權力，將會接近門下省。能對實際上相當於中書省的內閣，稍微形成製約。
如今，隨著五院方案被通過，樞密院在成立完善，奏疏的事情也必須有個定論，以便朝廷運轉。
朱由檢召集群臣開會，專門解決此事。他最核心的訴求，是在軍事上擁有快速決策權。以便能處理越來越頻繁的戰事，維護大明存在。
麵對皇帝的要求，韓爌提出了一個辦法，那就是保留戡亂委員會，以大學士秉筆票擬。軍事方麵的事務，都能由皇帝和這位大學士決斷。
朱由檢皺了皺眉，說道：
“戡亂委員會繼續保留。”
“但是它是跨部門協調機構，職責不完全屬於樞密院。”
“朕以為當派一到兩位大學士去樞密院值班，分管軍事方麵的奏疏，可以不經首輔，直接遞到朕前。”
這個想法提出，內閣首輔黃立極，仍是老神在在。
似乎皇帝提出的事情，和他無關一般。
內閣次輔韓爌，那就很不情願了。
他已經把首輔位置視為囊中之物，怎麼願意皇帝削奪內閣首輔之權？
所以他斟酌之後，說道：
“臣以為軍事奏疏由專職大學士分管即可，不必去樞密院值班。”
“樞密院在宮門之外，奏疏遞進宮裡，還是要經內閣。”
這就是內閣的便利之處了。
其它外廷衙門都在宮門之外，隻有內閣在宮裡，就在文華殿前麵。
皇帝有什麼旨意，能夠很方便地喚他們過去書寫。內閣的權力也因此越來越大，甚至反客為主，把不經過內閣的旨意定為中旨，文官拒不接納。
如今，朱由檢想通過把內閣大學士派去樞密院值班的辦法，繞過這個流程，遭到韓爌等人的抵製——
他們認為無論如何，奏疏都應該經過內閣票擬。
朱由檢和他們磨了很久，雖然沒聽到大臣激烈反對，卻發現很多臣子像韓爌一樣，對自己這個想法軟抵抗。
就連不反對的黃立極等人，也沒有提出支持。
因為他們內心，也不讚同這個。
這讓他隻能放棄這個想法，說道：
“那就換一種方式。”
“為一到兩位大學士加樞密大臣銜。”
“他們在接到軍事奏疏時，可以直接麵聖，並且擬定旨意。”
“韓學士覺得如何？”
聽到皇帝做出了讓步，還特意點出自己的名字，韓爌知道自己最好也要讓一下——
否則有可能被皇帝認為自己不能合作，不任命自己擔任輔政大臣。
所以他斟酌之後，覺得這對首輔的權力有削奪，卻仍隻得同意，說道：
“若有緊急事務，這樣做未嘗不可。”
“臣以為應該限定在軍事機密事務，尋常的軍事事務則不必這樣。”
朱由檢聽著這番言論，又冒出一個想法，說道：
“韓卿此言甚好！”
“朕之前就讓通政司成立公文處，並且讓錦衣衛保密司入駐，負責軍情機密和銀章密奏事宜。”
“現在看來，應該更進一步，在公文處下麵成立軍機科，專門負責軍事機密類奏疏。”
“其它財政、禮法、藩屬等事務，也應專門分科。”
“選擇可靠人員，去通政司任職。”
這個提議說出，通政使呂圖南眼前一亮。
要說這次五院調整中最受傷的是誰，那是非他莫屬了。
原本通政使和大理寺卿排在九卿最後，級彆同是正三品。通政使地位還高一點，稍微高於大理寺卿。
結果這次五院調整中，通政司絲毫沒變化，甚至沒有和六部等衙門並入政務院。
大理寺卻搖身一變，成為了五院之一的大理院。
雖然在五院中排行第四，和政務院、樞密院這東西二府不能比。但是大理寺的官職，卻實實在在提升了品級。大理寺的官員，也有了更高的提升空間。
與之對比，通政司職官幾乎沒有變化。隻有楊嗣昌憑借個人能力，被調入了樞密院。
尤其是曾經歸屬通政司的六科，這次被劃給了大理院。呂圖南這個通政使，對此實在很傷心。
現在，他這個通政使不但排在九卿最末，甚至有聲音冒出：說通政使這個正三品官職撐不起九卿的名號，應該把九卿的稱呼，讓給同屬五院的理藩院掌院。
如今皇帝終於想到通政司，這讓他有些激動地道：
“臣以為科級實在太低，應該把公文處提升為公文廳，下設軍機處、財政處、禮法處、藩屬處等處，分管相應奏疏。”
“將來奏疏到達通政司後，由公文廳處理，送給分管的大學士。”