會議結束之後，朱由檢讓海軍部整理一份海軍發展十年規劃，又留下了黃立極。
黃立極這個首輔，被他任命負責組建理藩院。朱由檢關注了一下理藩院組建的進度，確定對葡萄牙、西班牙、荷蘭等國的策略。
黃立極很久沒有被單獨留下對話，心情有些激動，回道：
“按照陛下吩咐，理藩院負責宗藩、內藩、外藩、外交等事務。”
“臣擬在理藩院設立內藩部、外藩部、外交部三部。”
“內藩為陛下分封之藩，有宗室開辟的宗藩、被分封的勳貴開辟的封藩、內附大明的藩屬。”
“宗室藩臣，由宗人府宗正寺管轄，臣請把宗正寺劃歸理藩院。”
這是應有之義，甚至可以說早就做好準備的。
畢竟理藩院衙門，就被朱由檢放在了宗人府。
所以他下令道：
“宗人府和理藩院平級，都是正一品衙門。”
“宗人府下屬宗正寺的事務，以後由理藩院管轄，內藩部和禮部督導。”
“宗室各藩可在宗人府派代表，組成宗室代表大會，監督宗正寺事務。”
“若是宗藩代表有異議，理藩院必須回複。”
這是給早已成為空架子的宗人府，監督宗正寺的權力。
朱由檢對待宗人府，和對待五軍都督府一樣，把這兩個正一品衙門，變成維護宗室和勳貴世官權益的俱樂部。
黃立極對此沒有什麼異議，因為他知道宗室開藩之後，影響力必然上升。
與其讓他們因為不滿鬨出事端，還不如讓他們往宗人府派代表，有點說話的權力。
他把這點略過，詢問道：
“功臣開國功臣和奉天靖難功臣，開辟的藩國和宗藩一樣設長史司和典軍司，負責封地軍政，朝廷任命的封地官員要超過一半。”
“唯有順天貴族等內附藩屬，臣不知如何對待。”
這是朱由檢之前冊封順天貴族，遺留下的問題。
順禮王、順義王等順天貴族說是內藩，大明卻沒有派一個臣子常駐。
對於他們的內部，大明基本上沒有什麼控製權。
甚至在理藩院中，有些官員就提出，這些草原上的順天貴族，不應該劃為內藩。
朱由檢對此也有些頭疼，因為以大明現在的實力，不足以深入影響草原。
他若敢派臣子去草原上當官，那些順天貴族就有可能派“馬賊”把他們給殺了，大明朝廷想要討說法，就得派兵過去。
但是要說順天貴族是外藩，朱由檢第一個不同意。
他還想要加強對草原的控製權，怎麼能主動把草原貴族劃為外藩？
所以思索之後，朱由檢決定往後拖：
“順天貴族可看做內屬外藩，介於內藩和外藩之間。”
“他們主動歸順大明，要給予相比普通內藩更大的自治權。”
“有關他們的管理在重製禮樂後確定，現在先維持原樣。”
又想起在這件事上有功的孔貞運，朱由檢道：
“內藩部的部長，和樞密院三字部一樣定為正三品。”
“這第一任部長，朕打算讓孔貞運擔任。讓他同時進入禮法研究中心，參與藩屬禮儀和自治法律製定。”
“加從二品承政大臣銜，在理藩院協理院事。”
這些任命，朱由檢都沒說署理。因為理藩院是他劃出的自留地，可以用中旨直接任命官員。
孔貞運這個刑部右侍郎，因為去年主持封貢、今年又出使草原的功勞，朱由檢把他升官，是理所應當之事。
內藩部之後就是外藩部，朱由檢定下的外藩概念是朝貢國家和部落。
例如草原上那些沒有被冊封為順天貴族、卻向大明朝貢的部落，還有朝鮮、琉球、安南等朝貢的國家，都被劃為外藩。
對於這些藩屬，大明的控製力沒有那麼強。外藩部的事務，主要是負責對這些國家君主的冊封、以及朝貢往來。
想著大明現在對朝鮮的控製，比對順義王部還要強。安南的莫氏更是受封安南都統使，幾乎等同土司。朱由檢思索之後，又給了外藩部一個安排，那就是在有條件的情況下，把一些外藩化為內藩：
“朝鮮、琉球等國，一向頗為恭順。”
“外藩部的官員可以嘗試下，為這些藩國的國君冊封順天爵位，以後成為內藩。”
“還有土司事務，內藩部也要和兵部一起參與。對大明境內的土司儘量改土歸流，同時給恭順的土司首領冊封爵位，讓他們去海外開藩。”
“這些理藩院都要做好規劃，也要做好保密。以免消息亂傳，境內土司不安。”
改土歸流是大明一直在推進的政策，但是卻不能大張旗鼓宣傳。避免境內的土司大規模造反，忠心的土司起二心。
但是黃立極作為理藩院的組建者，心裡是要有數的。他在聽到皇帝的命令後，轉動腦筋說道：
“陛下，石砫土司忠心朝廷，又多次立下戰功。”
“臣以為可以封爵，將來讓他們開藩。”
朱由檢點頭讚許，對黃立極這個反應很滿意。說道：
“確實應該如此，秦良玉應該封爵。”
“將來這些土司如何開藩，留下來的不願遷徙的部民又該如何安置，理藩院要做好規劃。”
“朕的基本意見是，以後大明境內的宣慰使司都要遷移，宣撫司設置也要慎重。”
“留下的土司轄地最好不要超過一縣，避免一些首領生出野心，再鬨出播州之亂、奢安之亂這樣的大亂子。”
“這些東西，黃卿心裡要明白。”
“今後這幾年，朕打算讓黃卿執掌理藩院。”
黃立極聽得一驚，知道這是皇帝對自己卸任首輔後的安排。
他這個首輔的職位，明年必然要退的。這是他在去年就做出的承諾，換取了今年的相安無事。
不過隨著明年的到來，他的三年首輔任期即將結束。有些官員已經擔心他不退，彈劾的奏疏也多起來。
為了避免群臣的大規模彈劾，所以黃立極已經打算找個時間明確表態，表明自己沒有戀棧權位的意思，以便明年卸任時體麵點。
沒想到皇帝卻安排好了他今後幾年的去向，那就是執掌理藩院。
這個決定，讓他心裡既有些高興，又感到有些失落。