清查田畝，雖然幾經波折，但總算是得以推行。
可朱由檢卻一點都高興不起來，因為壞消息，一個接一個的報到了京師。
原本歸降的蒙古人，突然發生暴亂了。
為了統治歸降的蒙古各部，朱由檢由東向西，設置了四個都司管轄。
大寧都司，就是原來洪武年間設立的大寧都司，又修築了大寧城為總兵駐地，總兵官為宋偉
萬全都司，就是原來九邊之一的宣府鎮，隻不過管轄區域變大了，總兵官為王世忠。
綏遠都司，在山西鎮、大同鎮以北，在原來歸化城的基礎上加以修築，為總兵駐地，總兵官為杜文煥。
安北都司，管轄西北一帶的蒙古部落，在亦集乃重新修築亦集乃城，為總兵駐地，總兵官為祖大弼。
四個都司管理漠南漠北的蒙古部落，一部分遷移至長城附近，編戶齊民。剩下的，給他們劃分牧區，誰也不能不能越界。
同時，給蒙古各部鹽、衣物等生活用品，以及部分糧食和鐵器。
雖然大明朝內部糧食還緊巴巴的，但是，為了有效的統治蒙古各部，該出的還是要出的。
當然了，不能白給，蒙古各部交稅得向大明交稅。
草原上沒什麼好玩意，那你就拿牛、羊、戰馬抵稅。實在是窮的部落，就是拿老鼠皮交稅也得交。
蒙古人那窮的，褲子都露著腚呢。
他們也不願意打仗，反而是很得意現在的狀態。
本來都好好的，可是萬全都司管理下的兩個蒙古部落突然造反了，殺了駐守的明軍，向漠北逃竄。
朱由檢派人過去一查，發現是宣府總兵王世忠過於欺壓蒙古人了，而且他還私自克扣原本配發給蒙古人的物資，從中謀利。
你對蒙古人是好是壞，這個不打緊，隻要不出太大的亂子就行。
但是，你克扣物資，這就不行了。
朱由檢便讓軍法部長新建伯王先通親自領憲兵團至萬全都司，將宣府總兵王世忠梟首示眾，並傳首九邊。
同時，讓大同總兵何可綱、陷陣營主將孫應元率軍北上，剿滅造反的蒙古部落。
陣仗弄的很大，有點殺雞用牛刀的意思了。但卻不得不這麼做，因為朱由檢怕這兩個造反的蒙古部落衝擊宣大總督孫傳庭。
為了更有效的統治漠南漠北的蒙古部落，同時也是為了防範將來的沙俄，朱由檢便責令宣大總督孫傳庭，在漠北擇址再修築城池，以做軍用。
孫傳庭親自率軍北上，還真發現了一合適之地，那就是忽蘭忽失溫。
忽蘭忽失溫附近有河流，水草相對充沛，就是這個地方，太遠了一些。
當初明成祖朱棣北征蒙古時，就在忽蘭忽失溫與蒙古人發生大戰。
這個地方，氣候條件相對而言還可以，孫傳庭便上疏在此地築城、駐軍，繼而有效的管理漠北的蒙古部落。
雖然後勤壓力大了點，但朱由檢還是答應了。
現如今忽蘭忽失溫的城池修築了一半，因為天氣寒冷，暫時停工了，等到開春天暖和了再動工。
而孫傳庭本人，因為這一來一回的，太麻煩了，再加上這裡囤積了大量物資，需要人看守，他就沒有回來。
明史有言，傳庭死，大明亡。
朱由檢是真怕孫傳庭出點什麼事，便派出了大軍前往。
除此之外，還有兩個原因，一是震懾蒙古各部。你有了委屈，可以告訴我，我想辦法給你解決。
要是我沒給你解決，那你再造反也說的過去了。
可現在你直接就殺官造反就。那這事怎麼可能完的了呢。這個例子，可不能開。
再一個原因，就是朱由檢有意讓明軍去刷刷戰績，給軍官和士兵一些功勞。
去蒙古平叛的軍隊剛一開動，東瀛都司又來了奏報。鎮守九州總兵官左都督陳洪範，因久戍觖望，恣其下淫掠，軍隊發生嘩變。
東瀛都司，也就是半個日本，現如今分為三股勢力，福王朱常洵，鎮守東瀛總兵官寧遠伯李尊祖，東瀛巡撫兼布政使、按察的使馬士英。
藩王、勳貴、文臣，三者相互製約，彼此製衡。
同時，又有內廷派過去負責開采金銀礦的太監、以及錦衣衛千戶所從旁監督。