眾大臣哭臨完畢，方從哲宣讀泰昌皇帝遺詔。
“殿下至孝，賢明有聞，今建虜肆虐遼東，國朝局勢動蕩，為大明社稷，遵大行皇帝遺詔，請殿下即皇帝位，以正國本！”
眾大臣勸進向朱由校叩首，山呼萬歲。朱由校名分實至名歸，隻等登基大典，登上皇帝寶座。
在方從哲、劉一燝、韓爌的主持下，泰昌皇帝被移送到仁智殿停靈，朱由校帶著朱由檢、朱徽妍、朱徽婧、朱徽媞以及大臣們和宮裡的娘娘們穿上喪服開始哭奠。泰昌皇帝的大喪順利進行。
朱由校命令魏進忠指揮東廠全部人馬集合，集合後移交給特勤師看押。東廠全部換血，由特勤二師調派一個團1101novel.com0人加入東廠，執行東廠的任務。
東廠換血後，魏進忠指揮東廠控製鄭貴妃、西李、王安、黃鈞庭、盧受、鄒義等人三族，查封其三族家產。
派出精乾隊伍前往洛陽將福王朱常洵全家控製在福王府，查封福王府家產。
軟禁瑞王朱常浩、惠王朱常潤、桂端王朱常瀛。三位王爺距離皇城如此之近，不得不防。
朱由校對誅三族做了特彆解釋，三族包括犯人的配偶及子女，犯人的父母親，犯人的兄弟姐妹及配偶和子女。
誅三族確實有點狠，一家人全部殺完。作為21世紀的現代人實在有點不忍心。但麵對殺父親的凶手，以及詭異的朝政，不嚴刑不足以震懾宵小，也向外界傳遞一個信號，不要觸碰皇帝的底線。
朱由校命令劉若愚在特勤師的配合下，全麵徹底的整肅宮闈、整肅皇城太監宮女。
隨著朱由校的命令下達，各方麵工作均快速的執行。
李若璉帶領特勤二師一個旅接管錦衣衛，錦衣衛開始按照計劃集中整肅。特勤二師一個旅押送四衛營進入東安門營房。
勇士營指揮使陽武侯薛濂、懷寧侯孫承蔭接到命令後，倒是非常識時務，很快集合隊伍移駐東安門營房。
四衛營約1900人、勇士營約2900人全部集中開始整肅。
特勤5個師的兵力全麵護衛京城、皇城，錦衣衛、東廠、四衛營、勇士營均已經接管，朱由校心裡徹底踏實下來。
整肅內廷、錦衣衛、東廠、四衛營、勇士營屬於皇帝的內部事務，朝臣乾涉的力度很小。但京師三大營的整肅，牽涉大量勳貴和朝廷重臣的利益，必定阻力重重，將在京城引起軒然大波。
京師三大營又稱三大營、京師三營和禦前三營。
洪武初年，太祖朱元璋平定天下後設立京營，編製48衛，隸屬於元帥府。不久又進行改編，稱為五軍營，改隸五軍都督府。
五軍營即中軍、左掖、右掖、左哨、右哨，總兵力約21萬人。
成祖朱棣繼位後對京營加以擴充，將原來的48衛增至72衛。此後又漸次設立了五軍營、三千營、神機營三大營，三大營統稱為京軍或京營。
成祖朱棣遷都北京後，分設京師三大營和南京三大營。
京師三大營和南京三大營都是大明王朝的主力軍。當皇帝親征時，三大營環守於皇帝大營，一般是神機營居外，騎兵居中，步兵居內。
永樂時期，除了在京師的常備守衛軍外，每年從中都、山東、河南等地抽調16萬人，輪番進入到京師換防操練，時刻保持著充沛的戰鬥力，稱為班軍。
京營的總人數達到七十多萬，永樂、宣德時分彆六次北征蒙古，以及永樂時征安南、正統征麓川等，都是以京營兵為主力。
土木堡之變後，京師三大營進行了重建。
於謙在諸營中揀選馬步精銳十萬，分為十營集中訓練，稱十團營。那些未入選的原三大營軍士，仍歸本營。至此，京營的製度為之一變。
景泰年間，英宗裁撤十團營，沿永樂舊製設京軍三大營。
成化年間又複立團營，從五軍、三千、神機營中，精選壯勇十二萬，分為十二營團練，名為十二團營。正德年間，京營中又增加東官廳、西官廳兩個編製。
嘉靖初期，仍維係十二團營和東西官廳的舊製。嘉靖29年，俺答大肆入侵後。首輔嚴嵩以及兵部、吏部等官員痛陳京營之弊。
嘉靖皇帝下令裁撤十二團營和東西官廳，恢複永樂時的三大營舊製，恢複五軍營、三千營、神機營三大營。
神機營是明代軍隊中專門使用火器作戰的精銳部隊，是世界上最早成建製裝備和使用火器的部隊。
神機營主要擔負著內衛京師，外備征戰的重任，主管操練火器及隨駕護衛馬隊官兵，是歸屬皇帝直接指揮的戰略機動部隊，裝備有火槍、火銃等熱兵器。
作戰時，主要負責保衛皇帝所在的中軍大營安全，執行對前線作戰部隊的火力支援和對敵軍火炮打擊等任務。
三千營最初以塞外招募的三千蒙古騎兵組成。嘉靖年間蒙古騎兵發展到約七萬人後改名神樞營。之所以叫三千營，是因為組建此營時，是以這三千蒙古騎兵為骨乾。
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隨著部隊的發展，實際人數早已不止三千人，三千營全部都是騎兵，而這些騎兵都是對外招募的蒙古士兵。
永樂時期，這支騎兵部隊是三大營中戰鬥力最強悍的力量，他們在戰爭中主要擔任突擊和打亂敵方陣營的角色。
五軍營主要由馬軍、步軍組成。
由於朝政腐敗，將帥貪腐無能，吃空餉、士兵私人化的現象越來越嚴重，京師三大營的戰鬥力每況愈下。
占役和虛冒是三大營的兩大頑疾。占役是士兵拿著朝廷的餉銀為當官的服勞役、乾私活，不務正業，成為當官的私兵。
虛冒就是吃空餉，軍隊裡實際沒有這麼個人，當官的以自家的仆人或虛假人名，冒充軍隊中的士兵，每個月支取一份餉銀。
另很多官二代、富二代、紈絝子弟通過賄賂加入三大營，擔任各級將領，又以老弱充壯丁，賺取餉銀的差額，三大營實際的士兵有一大半為老弱充數。
掌管三大營的勳貴們大肆貪贓枉法、賣官鬻爵，正四品5000兩銀子，六品、七品1000兩左右，明碼實價公開叫賣。
崇禎2年，時任兵部尚書李邦華整頓三大營，三大營兵政得到了很大改善。三大營本是皇親勳貴的勢力範圍，李邦華的整頓影響了一大批皇親勳貴的利益。
乙巳之變時，皇親勳貴趁機彈劾，李邦華被崇禎帝罷官。李邦華被罷官後，接任的人都以李邦華作為教訓，三大營比整頓前更加腐爛。
三大營已經爛到骨子裡，必須動大手術。
在英國公張維賢、惠安伯張慶臻、恭順侯吳汝胤的絕對配合下，經過皇家衛隊和特勤師輕微的武力鎮壓，在皇家衛隊和特勤師強大的熱兵器火力震懾下，京師三大營的所有官兵被控製在駐地裡。
朱由校接管錦衣衛、東廠、四衛營、勇士營、京師三大營、上直親軍衛所，雖然控製了皇城和京城的防務，但駐紮在順天府地區的衛所、邊軍還沒有完全控製，讓朱由校如芒在背。
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