五軍都督府在京有37衛，分彆是留守左衛、鎮南衛、驍騎右衛、龍虎衛、沈陽左衛、沈陽右衛、留守右衛、虎賁右衛、武德衛、留守中衛、神策衛、應天衛、和陽衛、留守前衛、龍驤衛、豹韜衛、留守後衛、鷹揚衛、興武衛、大寧中衛、大寧前衛、會州衛、富峪衛、寬河衛、神武左衛、昭陵衛、忠義左衛、忠義右衛、忠義前衛、忠義後衛、義勇中衛、義勇左衛、義勇右衛、義勇前衛、義勇後衛、武成中衛、蔚州左衛。
37衛總編製約101novel.com萬人，分駐於順天府的良鄉縣、固安縣、永清縣、東安縣、香河縣、涿州以及通州轄區的武清、漷縣、三河等地。五軍都督府被兵部架空，兵權儘歸兵部。
另外通州團練山陝兵約6000人，昌平團練河南兵約101novel.com00人，天津駐紮的團練和各地援遼兵約人，天津海防營和借調至天津的江北、江南水兵總計約7000人。
邊軍密雲鎮約人、昌平鎮約人，戰鬥力不可小量。
衛所、團練、邊軍總計約28萬餘人馬。雖然這些軍隊吃空餉嚴重，具體兵力不明，但也是一支不可小噓的力量。
這些軍隊本是拱衛京城的重要力量，如今卻成為朱由校的威脅。
臥榻之側豈容他人酣睡。不將這些軍隊完全掌控，朱由校夜不能寐，一直焦急的等待著各地的消息。
朱由校一直等到淩晨，隨著總參謀部陸續的彙報。
除了昌平、密雲發生了小範圍的武裝衝突外，其他地方的軍隊，在強大的武力震懾和朱由校手令雙重壓力下，皇家衛隊兵不血刃，全麵控製順天府各地的衛所、邊軍。
天津轄區的軍隊由天津海上巡邏隊全麵控製。
皇家衛隊和特勤師徹底掌控京城以及順天府地區的防務，順天府轄區的軍隊全部被控製在營地，接受整肅審查。
朱由校終於鬆了一口氣。
泰昌元年9月初2。
朱由校徹底掌控京城以及順天府的防務，立即借著紅丸案的名義，將調查範圍擴大到五軍都督府。
五軍都督府被皇家衛隊全麵封鎖，大批高官、勳貴被控製在五軍都督府或者各自的府邸。
五軍都督府起初為大都督府，由太祖皇帝朱元璋建立。
由中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府組成，是統領大明全國軍隊的最高軍事機構。
兵部和五軍都督府都聽命於皇帝，五軍都督府有統兵權而無調兵權，兵部擁有調兵權而無統兵權。五軍都督府和兵部相互節製互不統屬。
土木之變後，五軍都督府的權力很大程度上轉移到了兵部。
五軍都督府由大量的皇親勳貴執掌，掌府官員屍位素餐。明代中後期五軍都督府逐步失去了參政、議政權，變成受製於兵部執行命令的機構。
明朝末年，都司衛所任命官員連呈送五軍都督府的步驟都直接省去，五軍都督府徹底喪失了武將官員的選拔任命權。軍隊操練、軍事情報等無權乾預，五軍都督府實權削弱殆儘。
五軍都督府權力的削弱和兵部權力的加重，表明明代的軍事領導體製是以文製武，統一於文官的兵部。
軍隊應該是一個高度集中統一的武裝集團，隻有高度的集中統一才有較強的戰鬥力。統一於文官的兵部雖然不妨害皇帝的中央集權，又能增強軍隊戰鬥力。但這種領導體製並不完善，兵部對前線指揮乾預過多就是其中之一。
大明朝廷分為中樞、地方、軍事三部分。
明代初設中書省，有左右丞相，胡惟庸案之後，明太祖朱元璋罷中書省，分中書省之權歸於六部，皇帝直接統領六部，將皇帝集權發展到了高峰。
明成祖朱棣成立內閣，內閣起初隻是皇帝的谘政機構。仁宗、宣宗時期，大學士均因有太子老師的恩情，得以累加至太子三孤身份，地位日益尊崇。
宣宗時期，朝廷事無大小，宣宗均悉數諮詢大學士楊士奇的看法而決定。雖然吏部尚書蹇義、戶部尚書夏原吉召見時得以參與各部事宜，然而其遠不如楊士奇等內閣成員，內閣的權力日益增大。世宗時期，夏言、嚴嵩等人執掌內閣，地位赫然為真正的宰相，亦可壓製六部，正式形成為大明的行政中樞。
內閣輔臣一般封為太師、太傅、太保三公、少師、少傅、少保三孤或疊加中極殿大學士、建極殿大學士、文華殿大學士、武英殿大學士、文淵閣大學士、東閣大學士，職位崇高。人數為1人至7人不等，輔臣奉使出外辦事，多自稱閣部。
內閣之下設六部。
吏部吏部設正二品尚書1人，正三品左右侍郎2人，正五品郎中4人分管文選、驗封、稽勳、考功四個清吏司，從五品員外郎1人，正六品主事3人，七品以下4人，共15人。
吏部為六部之首，掌管全國文官選拔、考核、爵勳評定。除內閣輔臣、吏部尚書、武官外，全國官員皆由吏部會同其他高級官員推選或自行推選。
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戶部設正二品尚書1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中23人、從五品員外郎3人、正六品主事24人，分管13省的13個清吏司以及寶鈔提舉司、廣盈庫、軍儲倉等。七品以下56人，共109人。
戶部掌管全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。辦理政務按地區分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。
禮部設正二品尚書1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中4人、從五品員外郎1人、正六品主事4人分管儀製、祀祭、主客、精膳四個清吏司以及鑄印局等，七品以下5人，共17人。
禮部分掌管禮儀、祭祀、宴饗、貢舉以及日常官員行為規範、禮儀禮節、公章管理、榮譽稱號、慶典活動組織、慶功宴安排等事務性工作。
其中禮儀、宴饗中包含外交工作。古代漢族禮儀，以祭祀之事為吉禮，喪葬之事為凶禮，軍旅之事為軍禮，賓客之事為賓禮，冠婚之事為嘉禮，合稱五禮。
兵部設正二品尚書1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中7人，從五品員外郎4人、正六品主事12人，分管武選、職方、車駕、武庫四個清吏司以及會文館等。七品以下7人，共33人。
兵部掌管武官選拔、考核、任命以及軍製、訓練、征調、鎮戍、邊防、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧、軍械、符勘、兵籍、武學等軍事行政，其堂官往往督軍出征，掌管軍隊進退、賞罰，職權尤重。相當於21世紀的國防部。
刑部設正二品尚書1人、正三品侍郎2人、正五品郎中13人，從五品員外郎1人、正六品主事17人，分管13省13個清吏司。七品以下9人，共43人。
刑部掌管立法審定、刑獄。複核各地的刑案以及直接審理京畿地區的案件。
工部設正二品尚書1人、正三品左右侍郎2人、正五品郎中8人，從五品員外郎6人、正六品主事13人，分管營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司以及寶源局、軍器局等，虞衡是掌官山林川澤，都水是負責水利設施修護。七品以下32人，共62人。
工部掌管全國工程事務，負責全國的橋梁、宮殿、大堤、水利等大型土木工程的營建，也管理部分開礦、冶煉。
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