舊都南京也設六部，稱南六部，另有一套職官，但又不全置，其職權遠不如北京六部。一般是安置地位崇高的退閒大臣。
中央六部七品及以上文官167人，七品以下文官112人，共計約279人。南北六部共計約558人。
都察院設正二品左右都禦史2人，正三品左右副都禦史2人，正四品左右僉都禦史2人，正六品經曆1人，正七品經曆1人，十三道正七品監察禦史110人，七品以下5人，共123人。
南京都察院設正二品右都禦史1人，正三品右副都禦史1人，正四品右僉都禦史1人，正五品經曆1人，正七品監察禦史30人。七品以下3人，共37人。
都察院掌管監察、彈劾以及建議。十三道監察禦史巡按州縣，專事官吏的考察、舉劾，對中央各衙門實施全麵、有效的審計監督。
都察院不僅可以對審判機關進行監督，還擁有大事奏裁、小事立斷的權利，為最高監察機關。監察禦史品級不高，出外巡查時權力卻很大。
通政使司設正三品通政使1人，正四品左右通政2人，正四品謄黃右通政1人，正五品左右參議2人、正五品經曆1人，正六品知事1人。七品以下2人，共10人。
通政使司掌管內外奏章傳達封駁之事，接受四方建言、申訴冤滯、舉報等事。
大理寺設從三品大理卿1人，從四品左右少卿2人，從五品寺正2人，從六品寺丞6人，從六品司直6人，七品以下主簿、評事共10人，大理寺一共28人。
大理寺負責複核刑部審判的案件，分理京畿、十三省刑名之事。
六部尚書與通政使、大理寺卿、都察院左都禦史合稱六部九卿。
大理寺與刑部、都察院並稱三法司。刑部沒有終審的權力，刑部負責審判，都察院監督刑部是否嚴格按照司法程序審判，大理寺負責複核。遇有重大案件，由三法司會審，亦稱三司會審。
六科給事中設正七品都給事中1人，從七品左右給事中2人，給事中65人，共計68人。六科給事中掌管侍從、規諫、補闕、拾遺、輔助皇帝處理奏章，稽察六部事務。
都察院監察禦史負責糾察百官作風，六科給事中監督政策得失，同時負責稽查六部，對六部工作進行督促檢查。兩者構成了明代糾察彈劾官員的科道監察體製，互為補充。
六科給事中在明代被稱為科官，十三道監察禦史則被稱為道官，科官道官共計約210人。由於科道官員專職建言乃至風聞言事，故又稱為言官。
太常寺掌管祭祀，七品以上11人，七品以下73人。光祿寺掌管宴享，七品以上12人，七品以下9人。太仆寺管馬，七品以上9人，七品以下5人。鴻臚寺掌管招待外賓，七品以上10人，七品以下60人。
太常寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺與大理寺並稱為五寺。五寺七品以上60人，七品以下157人，共計213人。
翰林院設正五品翰林學士1人，從五品侍讀學士2人，從五品侍講學士2人，正六品侍讀2人，正六品侍講2人，殿試中狀元者，授修撰，從六品；榜眼、探花，授編修，正七品。翰林院約66人。
翰林院掌管製誥、史冊、文翰、講讀經史、修撰國史等事。
國子監設從四品祭酒1人，從四品司業2人，從六品監丞1人，從七品主簿1人，博士、助教、直講60人，國子監約65人。
國子監掌管教育，下設繩愆廳、博士廳、典簿廳、典籍廳、掌饌廳五廳，率性、修道、誠心、正義、崇誌、廣業六堂。明成祖朱棣遷都北京後，南京仍設國子監，時稱南監，北京則稱北監。
詹事府是負責輔助太子的機構，設正三品詹事一人，正四品少詹事一人，正六品府丞一人。詹事府設左右春坊、司經局、主簿廳。
太醫院管理宮廷及貴族診斷、製藥，設正五品院使一人，正六品院判二人，正八品禦醫四人，從九品吏目若乾人。
皇室機構宗人府，掌管大明皇帝九族的宗族名冊，並按時撰寫帝王譜係，記錄宗室成員子女的嫡庶、名稱封號、嗣職襲位、生卒年間、婚嫁、喪葬諡號等事。凡是宗室陳述請求，均為之向皇帝彙報，並引薦賢才、記錄得失等。宗人府，以元勳外戚大臣兼領，由禮部負責具體事務。
明朝除宗室外，文武官的封爵分為公、侯、伯三級，封爵上各加地名為封號，隻有歲祿，並非實際的封邑。
大明的官員分為9品18級，文散階有42階，武散階30階，文勳10級，武勳6品12階。
明初洪武時期全國文武官員約3萬人，到正德年間文官2萬，武官8萬。萬曆時期維持在8萬人左右。萬曆後期，缺官嚴重，言官一人兼三差，言官少了一半以上。
大明中央各部包括南京留都班子人員七品以上官員約1101novel.com0人，七品以下官員約800人，共計約101novel.com00人。地方政府七品以上官員約101novel.com00人，七品以下官員約人，全國文官不包含吏，約16萬人，武官64萬。
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萬曆時期在籍人口有6000萬，但戶籍製度不完善，實際人口有1億多。按照公務員與總人口1的最低比例，大明公務員需要約100萬人。以現在大明的經濟水平，大明的官員比例隻多不少。缺的是吏，是執行具體事務的基層公務員。
大明的行政官製體係複雜，行政效率低下。經過101novel.com0多年的發展，官員盤根交錯，不動大手術是無法根治扭轉的。
大明行政官製體係必須進行一場非常大膽、顛覆式的變革。
大明地方政府實行一省分置三司的製度，三司分彆為承宣布政使司、都指揮使司、提刑按察使司。
承宣布政使司主管民政，由中央六部領導。都指揮使司主管軍戶衛所番漢諸軍，聽命於兵部和五軍都督府。提刑按察使司負責監察司法，聽命於刑部。
三司品級排名上，都司為最高，其次布司，最下按司。
布政使司設正二品布政使一名，從二品左右布政使各一名，掌管一省政務，其下輔官有從三品左右參政、從四品左右參議等。
各提刑按察使司設正三品按察使一名，其下有副使，掌管一省刑名按劾，包括司法、監察等多重職能，逢重大事宜可以交三司會議，或上報巡撫、巡按。
三司製度原為防止地方權力集中，不過在實際使用中體現出一定的不便。宣德年間開始派六部、都察院大臣以總督和巡撫的名義督撫地方行政。
景泰時期成為各省常製，淩駕於三司之上成為一省甚至跨省的最高長官。同時兼任巡撫與總督的，稱督撫。還有以監察禦史為巡按，任監察之職的。
巡撫與布政司的隸屬關係不一。有的是一個布政司上麵有數個巡撫，如北直隸有順天巡撫、保定巡撫、宣府巡撫三巡撫；南直隸有應天巡撫、鳳陽巡撫。
巡撫主理民政，每省皆有。總督分短期與長期兩種，與隻掌握一省行政事務的巡撫不同，總督兼管數省，同時在政務之外也兼掌軍務。此外還有河道總督、漕運總督等專管某項政務的總督官職。
省以下的各府設正四品知府一名，輔官有同知、通判等，掌一府政務，包括清軍、巡捕、管糧、治農、水利、屯田、牧馬等。府以糧收入分為三等，糧101novel.com萬石以上為上府，101novel.com萬石以下為中府，10萬石以下為下府。
府與省之間又設道，於布政使司置參政、參議，稱分守道，於按察司置副使、僉事，稱分巡道。還有整飭兵備道、協堂道、水利道、屯田道、管河道、鹽法道等，非常複雜。
各州設從五品知州一名，輔官有同知、判官等。凡省下的直屬州，其地位相當於府，而府下的屬州，則視為府下的屬縣，不過州官的品秩並無區彆。
府、州下有縣，各縣設正七品知縣一名，輔官有縣丞、主簿等。縣也按糧食收入分為三等，糧十萬石以下為上縣，六萬石以下為中縣，三萬石以下為下縣。
各地的軍民府、土州、土縣等建製，仿照普通的府、州、縣。
道分兩類，布政使司置參政、參議，分司諸道，稱分守道。按察司置副使、僉事，分司諸道，稱分巡道。還在一些地方設整飭兵備道。又有協堂道、水利道、屯田道、管河道、鹽法道等。道之製度，在明朝已頗複雜。
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