漕運方法曆經改革，在明代趨於完善，有支運法、兌運法、改兌法三種。
為了適應漕運的需求，在運河沿線的淮安、徐州、德州、臨清建立若乾糧倉。便於隨時儲存和轉運漕糧，由戶部每年派出主事四人分管。
淮安最知名的糧倉常盈倉每年可儲漕糧70萬餘石。每年漕船到達淮安後，需接受漕運總督衙門的盤查，上萬艘糧船的船工水手、漕運官兵在此停留，南來北往的商人在此進行貨物交易，旅客也在此盤桓。因此促成淮安城市的繁榮。
漕糧裝運、征收、行船次序、期限管理及至運送時間、航行裡數都有繁雜的製度。
由於漕政腐敗，各級官府貪汙聚斂，船幫胥吏勾結，耗米、耗費橫收暴斂，通常為正糧的二三倍，甚至四五倍，苦的是承擔漕糧、漕運的老百姓。
農民被應役運糧，荒時廢業，又遭風濤漂沒，官吏勒索，生活異常艱辛，被迫紛紛逃亡和反抗。一般運軍下層，亦遭受同樣的苦累及長官的克扣，不斷出現逃亡現象。
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為確保這條生命線的暢通無阻，明廷專門設置了直屬中央的京杭大運河地方管理機構漕運總督，不計成本地從政治、經濟、軍事等方麵給以保障。
漕運總督全稱為總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道，始設於景泰2年，駐節於南直隸淮安府城，品級為從一品或正二品。
漕運總督下設中軍、左營、右營、城守營、水師七營親轄武裝，以及專職漕糧運輸的運軍約12萬人，擁有運船餘隻，海船350隻。
另設置理漕參政、巡漕禦史、郎中、監兌、理刑管洪、管造船主事、管閘主事等官員達270多人。
漕運總督還統領潁州兵備道、徐州兵備道、淮揚海防道、中都留守司、南直隸廬州衛、揚州衛、高郵衛、儀真衛、滁州衛、徐州衛、淮安衛、大河衛、邳州衛、沂州衛、泗州衛、壽州衛、宿州衛以及洪塘守禦所、海州中守禦所。
總督天下漕運事務是漕運總督的核心本職。漕運總督節製南直隸、浙江、江西、湖廣、河南、山東六省漕糧，於每省設正四品督糧道負責漕運。
淮安儼然是一個行省，漕運總督不僅是一個專業官員，也是一方大吏，而淮安則是一個準省級城市。
漕運總督要像其他督撫那樣，總理全省軍政事務，包括督理錢糧、操練兵馬、修理城池、撫安軍民、禁革奸弊等事項。如有戰事發生，可以選將調兵，組織備戰。
漕運總督巡撫鳳陽等處，包括淮安府、揚州府、鳳陽府、廬州府，和州、滁州、徐州四府三州。鳳陽府、廬州府、和州、滁州在安徽，廬州府即合肥，包括了長江以北整個淮河中下遊地區。
鳳陽是太祖朱元璋的老家，雖然開府淮安，卻不稱巡撫淮安而稱巡撫鳳陽。鳳陽巡撫轄地雖然與南直隸交叉著，但他仍然要對他所轄範圍內的事務負責。
漕運總督兼管河道，即兼管運河、黃河等河道的治理。
漕運總督不僅管理跨越數省長達1800公裡的漕運事務，還要兼任鳳陽巡撫，經常忙不過來，所以有時又單獨另設鳳陽巡撫。
漕運總督屬於肥差，與紳糧大戶、漕幫或青幫關係密切，內幕甚多。
崇禎時期，漕運總督又多了兼理海防。
南直隸海防很核心的一點即是圍繞留都的安危展開，應天府為南直隸的心臟。駐太倉蘇鬆、駐江陰常鎮、徐州、揚州四個兵備道以及駐泰州的淮揚海防道為應天府的屏障。
鎮江府的海防據點為南京門戶，蘇鬆兩府海防據點是南京的屏障。常州府當長江入海口，揚州府的軍營和守備比較密集。
在南京內外守備統率下，南京的軍事力量基本集中在應天府，加上南京三大營和操江提督掌控的應天府附近水軍武裝力量，南京的防衛理論上固若金湯。
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