戰爭造成平民死傷的原因有很多，其中，最為主要的一種就是人們所熟知的——屠城，而其中又以清初的屠城事件最為著名。
公元1645年5月南明弘光元年四月，豫親王多鐸指揮的清軍主力，圍困南明督師史可法所守衛的揚州城。四月十五日，清軍圍困揚州。史可法正在揚州督師，固守孤城，急命各鎮赴援，但各鎮抗令拒不發兵。清軍趁機誘降，史可法嚴詞拒絕。清軍主帥、豫王多鐸先後五次致書，史可法都不回應。二十四日，多鐸命令清軍不惜代價攻取揚州城的西北角。清軍在進攻的鼓聲和炮聲中蜂擁而上，每當一名清兵倒在箭下，另一個便補了上來。很快，屍體越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城牆。清軍攻城後，史可法率軍民浴血而戰，但是隨著清兵越上越多，守城的南明將士也開始慌亂起來。紛紛跳下城牆逃跑，這些人有的被摔死在城牆下，有的則在之後的巷戰之中，死於亂軍之中。經過七天七夜的激戰，揚州城被清軍攻陷，軍民逐巷奮戰，大部分壯烈犧牲。史可法自殺未遂，被清軍俘虜，多鐸勸他歸降，史可法說:“我堂堂男兒，安肯苟活!城存我存，城亡我亡!我頭可斷而誌不可屈!”遂英勇就義。
揚州的城防崩潰後，揚州城居民隻有聽天由命了。儘管當時大雨傾盆，但是一些居民忙著燒香，期望能通過這種主動的討好，保住性命。與此同時他們開始大量地隱藏金銀財寶。但是，這座古老的揚州城在腥風血雨中陷落之後，再次麵臨更大的劫難。城陷不久，清軍統帥多鐸便以不聽招降為名，下令屠城。一時間幾世繁華的煙花古巷變成了血流成河的屠宰場。
一滿兵提刀在前引導，一滿兵橫槊在後驅逐，一滿兵居中在隊伍的左右看管以防逃逸。三滿兵驅趕數十人如驅如犬羊，走路稍有有慢的，就開始打，或立即殺掉。婦女們還被用長繩索係在脖子上，女人們由於小腳難行，不斷跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此時街上但見滿地都是被棄的嬰兒，或遭馬蹄踐踏，或被人足所踩，肝腦塗地，路過一溝一池，隻見裡麵堆屍貯積，手足相枕，血流入水中，化為五顏六色，池塘都被屍體填平了……街中屍體橫陳，互相枕藉，天色昏暗無法分辨死者是誰。在屍體堆中俯身呼叫，漠漠無人聲應答。
到5月25日，即濫殺和搶劫的第6天，這場大屠殺方才結束。清軍接到豫親王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒屍體。到5月27日，開始賑濟口糧。根據焚屍簿的記載，在這次大屠殺中死難的人共有80餘萬人，其中還不包括落井投河，閉戶自焚及在偏僻處自縊的人。
慘絕人寰的屠城使得幾世繁華的揚州城在瞬間化作廢墟之地，江南名鎮一夜之間成了人間地獄，後人稱之為“揚州十日”。
提到“嘉定三屠”，還需從“剃發令”說起。對於讓漢人剃頭從滿製，清王朝本是相當謹慎的。弘光朝投降，豫親王多鐸進入南京之後，曾有這樣的公告:
剃頭一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，爾等毋得不道法度，自行剃之。前有無恥官先剃求見，本國已經唾罵。特示。
剃發對當時的漢人而言，心理上是難以承受的。“身體發膚受之父母，不可損傷”，這是千年以來形成的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃發不僅有違傳統，也被視為一種侮辱。因此這項政策不僅遭到了傳統知識分子的抵製，也激怒了下層民眾。於是，本已逐漸平靜的江南又騷動起來了。乙酉年六月二十四日，各地相繼騷亂，地方官和民眾紛紛揭竿而起，嘉定總兵官吳誌葵響應，逐走清政府派來的縣令，占據了城市。當時，李成棟正在追剿占據崇明的明軍殘餘勢力，聞訊從吳淞回兵鎮壓，嘉定第一屠開始。
七月初一，兩軍會戰，當地的“鄉軍”雖集合了十幾萬人，但都是平民百姓，熙熙攘攘，擁擠堵塞，屬烏合之眾，毫無紀律，更談不到組織和戰鬥力了，李成棟雖隻有不足五千兵力，但均為裝備精良、訓練有素的精兵。一開戰，李成棟以騎兵衝擊，鄉兵即四散奔走，自相踐踏，被打得落花流水，大敗而回。李成棟以大炮攻城，“終夜震撼，地裂天崩。老百姓哪見過這個架勢”。初四嘉定城破，李成棟下令屠城，放部下大肆劫掠屠戮，大屠殺持續了一日，約三萬人遇害，“自西關至葛隆鎮，浮屍滿河，舟行無下篙處”。
第二次屠城也未能削弱民眾的反抗意誌，抵抗的餘波還在繼續。八月二十六日，原南明總兵綠營把總吳之藩造反，此人本是吳淞守軍將領馮獻猷部下，隨馮投降了李成棟。吳之藩率餘部反攻嘉定城。城內清兵猝不及防。城內民眾紛紛奔至吳軍前，“踴躍聽命”。然而，吳軍乃烏合之眾。清兵反撲之時，“一時潰散”。清兵擁入城內，李成棟惱怒，嘉定也再遭浩劫，城內外又有兩萬多人被殺，這是嘉定第三屠。
自閏六月初嘉定人民自發起義抗清，兩個月內，大小戰鬥十餘次，民眾犧牲兩萬餘，史稱“嘉定三屠”。三次屠殺，死者無數，繁華都市，化為廢墟。
還有一個反抗特彆激烈的地方就是徽州，當地富商紛紛捐金正銀，給起義軍憑借著山西險要，讓清軍是東奔西跑應接不暇。江西各地也紛紛造反投靠朱明政權，擁立朱明王朝的後裔，清軍沒想到一個削發令能讓江南地區人們反抗的如此激烈，於是急忙派遣招撫大臣洪承疇內部大學士兵部尚書兼都察院右副都禦史，總督江南七省軍務，抵達江南。
洪承疇到了江寧之後開始部署軍隊，針對江南防禦體係的弱點進行了針對性的布防，前後數次擋住了大順政權和南明政權的進攻。消耗了敵人的有生力量。
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