噶爾丹在打敗了阿爾尼之後，這次的勝利增強了他的信心，當然這場戰爭也沒有蒙蔽了他的雙眼，所以他決定撤退。但是康熙皇帝拿出來了他的看家本領，是啥，忽悠，他假裝對噶爾丹進行招撫，並給噶爾丹送去了食物和金銀，使得噶爾丹錯過了最佳的撤退機會，但是清朝大軍不會給你這個機會，等清朝的大軍一到，便切斷了噶爾丹的退路，最終將他圍困了起來。
其實康熙皇帝早就知道這個噶爾丹早晚和自己有一戰，所以他很早就做了準備，第一個準備就是為了給康熙大軍北征創造好的條件，於是和沙俄在談判中做出了很大的讓步，承認了沙俄對尼布楚的占領，還告訴沙俄，我已經給足了你麵子了，如果你敢幫著噶爾丹對付清朝，那我就和你全麵開戰，當時的沙俄正在全力對付土耳其，於是說沒有，我從來沒想過跟清朝對著乾。你們和準噶爾怎麼打我不管，這樣在國際上康熙奪得了先手。關於跟沙俄打仗這方麵的劇情我會在後麵的章節中給大家講出來。
第二個就是在內部分裂準噶爾汗國，自古以來，最堅固的堡壘是從內部攻破的，他知道準噶爾的噶爾丹在東征的時候怕僧格的兒子叛亂，於是想將他們屠殺，小兒子被他殺了，但是大兒子策妄阿拉布坦帶領著5000精兵逃脫了噶爾丹的追擊，還聽說策妄阿拉布坦的未婚妻還被噶爾丹給霸占了。於是派使臣前往伊犁跟策妄阿拉布坦結成了聯盟，隨著策妄阿拉布坦的歸順，他也準備對噶爾丹動手了。其中喀爾喀的在噶爾丹的屠刀下好多部眾選擇了南遷，而且策妄阿拉布坦還把老家給偷了。這就讓讓噶爾丹的給養出現了問題，甚至還有的史書寫著蒙古高原上出現了人吃人的情況，反正噶爾丹的補給是出現了問題了。
第三個準備就是大量的調集軍隊和糧食，準備打擊噶爾丹。在康熙的布置下，形成了一道密集漫長的防線，從呼倫貝爾到甘肅，每個地方都有康熙的軍隊，使得噶爾丹沒有一點機會。
於是噶爾丹企圖跟清朝和解，噶爾丹就主動給康寫信啊，說其實我呀。這個沒有和您打仗的意思啊，你看以後您就管著南方我管北方我給你在北方看家護院你看咋樣。其實這個康熙皇帝是斷然不會同意的，但是康熙皇帝還是開始忽悠於是回信給噶爾丹，說理解理解，這理解萬歲，但是呢，現在的北方不是你一家，要不這樣吧啊，由我來召集你們所有蒙古人啊，咱開個大會，到時候呢，邀請各部首領都來參加，但是其他的首領跟你是有矛盾的。那咱就在大會上討論解決，你看著咋樣。
想想康熙皇帝真的是如他所說要調節嗎，當然不是，康熙皇帝多精啊，這隻是他的緩兵之計。目的就是不讓噶爾丹撤退，所以說呢，噶爾丹等來的是傾巢而出的清軍主力。
這一次康熙皇帝禦駕親征，想當年三藩之亂，震動半個中國。康熙皇帝都沒有禦駕親征，小小一個噶爾丹皇上就禦駕親征，可見他對於這個蒙古地區的重視啊，對於蒙古人那種擔心，所以康熙皇帝親自率軍進駐這個波羅河屯。內蒙古的正藍旗這個地方隨後在清軍逼迫之下，準噶爾整軍前往烏蘭布通，由於地勢的原因。噶爾丹隻能把營地駐紮在山坡上，這麼一來，軍隊東西兩翼沒有遮擋物咋整呢？噶爾丹想了個招啊，命令手下把一萬多頭隨軍的駱駝綁上腳趴在地上。背上那個箱垛，蒙上濕氈，為了抵擋火槍，火炮形成了一座駝城，就這樣到了康熙二十九年八月初一，清軍的統帥原本是康熙，但是康熙途中生病了，於是便由福全統領全軍。清軍到達烏蘭布通，對這個準噶爾軍就發起了猛攻。以這個火器兵為前列集中火炮轟擊準噶爾軍的駝城，隨後派步兵正麵衝殺，接著再由騎兵左右迂回夾擊。如此一來，大破準噶爾軍噶爾丹。向東方進軍的計劃，最後以慘敗收場，隻好倉皇逃回了科布多。
此次戰役，清軍的傷亡也是不少，內大臣佟國綱也在戰鬥中中槍身亡清軍傷亡較大的原因是沒有很好的地形條件，而且不習戰陣，隊伍排列的又非常的緊密。而且當時的八旗軍隊的戰鬥力已經下滑的很嚴重了沒有當時攝政王多爾袞帶領的那種猛追猛打的那股勁頭了，噶爾丹退守山頂後，福全感覺易守難攻，於是下令停止進攻全軍休整了。噶爾丹見清軍開始鬆懈了，於是假意和談，開始麻痹清軍，當康熙收到了噶爾丹的和談信件時，直接下令福全開始全麵進攻，但是這個時候的噶爾丹已經衝出了包圍圈撒丫子溜了，逃到了漠北，這就讓清軍還得花大力氣去征討他。
回到大本營的這個噶爾丹呐，並不甘心就這麼敗在清朝手下，所以暗地裡召集舊部。然後這個聯係沙俄圖謀在舉，但是常年征戰使國力消耗非常大。準噶爾布開始鬨饑荒了啊，老百姓民不聊生，苦不堪言，並不是發動戰爭的這個好時機，因為這個時候的他就剩下了幾千的軍隊了。
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所以噶爾丹權衡一番利弊。隻好呢，先厚著臉皮派使者去跟清朝認錯。康熙一看，準噶爾了使者來。態度還挺誠懇，就寫了封信給這個噶爾丹，說現在喀爾喀已經是我大清的疆土了，你以後不再碰喀爾喀一人一畜，朕寬宏大量，過去的事兒就過去了，往事隨風了。並且呢，再次強調了大清。公正無私啊，主持正義，擁護和平，這麼個立場，其實大家心裡都明鏡兒似的。誰也不傻。無論是準噶爾還是大清，都沒怎麼把對方的說辭當真。
其實，在加緊備戰與此同時，清廷這邊兒呢，也準備在多倫托爾召開這個多倫會盟大會，不過這次召開大會的主要目的並不是為了調和蒙古各部的矛盾，而是宣告喀爾喀正式成為清帝國的組成部分啊，原來它隻是藩屬。每年進貢八匹白馬，一匹白駱駝，所謂九白之貢，現在不行啦，你正式是大清的領土啦，所以康熙三十年5月1號大會如期舉行，喀爾喀蒙古劃分為了36個旗，就這樣納正式納入大清版圖。
三年之後，也就是康熙三十三年公元一六九三年，清廷召噶爾丹前來會盟，結果噶爾丹抗命不治，反而呢？這個遣兵侵入了喀爾喀向東，一路掠奪到了克魯倫河流域的車臣，然後呢，沿河而下進駐巴彥烏蘭，就是今天蒙古國首都烏蘭巴托東南的地區。康熙皇帝得到這個消息之後，立馬就坐不住了啊！喀爾喀蒙古以前不是我的地盤兒也就罷了，那我主持一下正義。現在已是我大清疆土，你還敢來這個，那就說不過去了，所以康熙心中非常清楚，準噶爾比任何叛亂者都恐怖。一旦出現能號令，整個蒙古各部的大汗，那必然將是大清帝國的掘墓人啊，這家夥身上有著當年成吉思汗的影子，絕不能讓這種事情發生。
出現曆來對中原王朝構成嚴重威脅的勢力，都是來自蒙古高原，所以絕不能讓這種事兒這個出現。
於是康熙皇帝決定要徹底解決噶爾丹這個心腹大患。
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