經曆了六年的準備，噶爾丹這次內心中充滿了對失敗複仇的決心。終於在1695年的9月份他自己親率三萬精銳騎兵，就像一股不可阻擋的力量，再一次的衝進了喀爾喀車臣汗的領地，然後打敗之後是一路東進，最終抵達了巴彥烏蘭，噶爾丹的這次行動在他看來是展示了不可戰勝的決心和意誌。但是在康熙看來我是必須要滅了你了。
於是不管當時行軍環境多麼艱苦，堅持再次禦駕親征。於是在1696年的2月，浩浩蕩蕩的清軍有大概十萬之眾，被精心部署在了東西中三路兵團。簡單介紹下這三路大軍
東路由這個沙俄的克星雅克薩之戰的名將黑龍江將軍薩布素負責。率領九千人從大興安嶺出發，沿著克魯倫河向西出發，並且沿途阻截噶爾丹前進的路線。
西路軍由撫遠大將軍費揚古統帥。他這條路線啊，是這一次主力。這個兵力最多人是人數最多的，他們分彆從歸化和銀川兩個地方出發，浩浩蕩蕩的向北挺進。在茫茫的沙漠中，克服了很多的困難，就如同沙漠中的利刃一樣。
中路是康熙皇帝親自率領，兵力是，這裡麵的兵種主要是精銳的八旗軍和火器營的士兵，從獨石口出發一路向北。
最終三路大軍如同洪水彙聚一樣，共同來剿滅噶爾丹，這次不管是兵力還是裝備，都比第一次征討的時候強太多了。為了支持這次的戰鬥，康熙不僅調集了大量的兵馬。還組成了龐大的運輸隊，帶了五個月的口糧，光運糧的大車就有6000輛。
行軍路上，絕大部分的省份都被動員了起來，設立驛站和軍需糧倉，以保證軍隊能夠擁有充足的彈藥和馬匹的補給不久之後。康熙皇帝的前線指揮部得到了一個驚人的消息，說人家準噶爾那邊兒不是吃素的啊，沙俄派了六萬火槍兵準備增援準噶爾。這個消息一經傳開呀，立馬就引起了大家的恐慌，大臣們紛紛勸誡說，皇上趕緊起駕回宮，太危險了啊！六萬火槍兵，咱乾不過人家！康熙皇帝一聽龍顏大怒啊，此番遠征勢在必行，再有敢言退者，定斬不赦，所以皇上的堅持就大大鼓舞了軍隊上下的士氣，全軍急速。向克魯倫河和吐拉河上遊推進，而這個噶爾丹的軍隊呢，這個時候也在這個巴彥烏蘭。
噶爾丹完全沒料到這次的戰鬥規模是這麼大，當他登上高山舉目眺望的時候他看見的是無數的清軍營地，和無數的清朝士兵。他感覺這難道是天兵天將嗎，於是他抱著好漢不吃眼前虧的態度，趕緊跑。
康熙是不會讓這個一舉殲滅噶爾丹的機會溜走的，於是他下令果斷出擊，對噶爾丹是窮追不舍，噶爾丹是一邊戰鬥一邊撤退，那怎麼能撤退的利索。損失了上萬名士兵，帳篷裝備無數才勉強擺脫了康熙的大軍追捕。
真是怕啥來啥，就在噶爾丹撒丫子跑的時候，在昭莫多地區，西路的統帥費揚古遇到了準噶爾的主力部隊，這場戰鬥清軍無論從人數上和軍事技術上都以壓倒性的優勢主導了戰場。而對這個準噶爾軍，形成了科技碾壓的武器，就是南懷仁製造的火炮。噶爾丹和他的妻子阿努可敦，麵對清朝大軍的重重包圍，決定跟他們拚了，召集了能召集的所有力量，向山頭發起了猛烈的衝鋒，意圖殲滅費揚古的主力部隊，其實他們的目標非常明確根本就不是殲滅軍隊，因為他知道這是不可能的，他們想得隻是突破重圍，逃出生天。可是清軍不會給你這個機會的，他們占領高地，開始向包圍圈裡麵瘋狂的射箭，開槍，放炮。一時間是箭如雨下，火炮轟鳴，戰場上更是屍橫遍野。噶爾丹見大勢已去，自己也是孤掌難鳴，就趕緊選擇逃跑。這一舉動使得軍心渙散，失去了主心骨，整個軍隊迅速的瓦解了，所以清軍很快就打掃戰場了。
這一仗，清軍斬首101novel.com00餘騎，生擒100餘人。最後，噶爾丹隻帶了幾十名騎兵逃離戰場啊。這場戰鬥他基本上已經賠光了老本，已經不能跟清朝抗衡了。基本上他對康熙已經構不成威脅了，幾天之後。康熙皇帝這才率領主力部隊踏上歸途，得勝返京。
同時給青海湖附近，漠西蒙古各部首領寫信。告知他們誰要是看見噶爾丹把他捆吧捆吧，給我送北京來，如果你們敢包庇他，就跟他同罪，大清就對你們動手，我天朝大兵勢必踏平你們。
由於這個噶爾丹原來的根據地被他的侄兒策往阿拉坦坦占領了，再加上康熙的一嚇唬沿途首領又沒有人敢接應他，其實他的有些親信看到噶爾丹已經日薄西山了，於是紛紛倒戈投靠了清朝了。所以這個戰敗後的噶爾丹就隻好流竄到了一個叫阿察阿木塔台的地方。經過兩次大戰，噶爾丹集團已經土崩瓦解，成不了什麼氣候，所以康熙皇帝要求噶爾丹投降，但是噶爾丹是真有剛啊，我就是不降有種你弄死我。
康熙皇帝決定滿足他的這個要求，於是康熙36年。皇帝再次帶兵親征，這個時候的噶爾丹已經是窮困已極。不光沒有糧草，連帳篷都沒有，叫天天不應，是叫地地不靈，狼狽不堪，隻能挖草根兒吃。到了八月初，康熙皇帝又致函噶爾丹，最後一次要求他投降，但是。這封信送到的時候，52歲的噶爾丹已經掛掉了，一說是因為服毒。
大清經過和準噶爾韓國數次交戰，在軍事層麵上以絕對勝利收場，但是幾十萬大軍在沙漠戈壁中來來回回，後勤補給所消耗的巨額銀兩也導致帝國財政瀕臨崩潰，況且呢，不是說噶爾丹一死準噶爾汗國就消失了，西部準噶爾仍然由策旺阿拉伯坦統治隱患重重。但是這後來的故事就由他的孫子乾隆皇帝來書寫了。
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