停放二號機原型機的機房中，實驗室中大量的電子屏上顯示著測試者的各項身體數據。而明日香在所有的克隆體製中，擁有著最好的身體素質。即便沒有受過係統性的訓練，身體素質也如同是久經訓練的戰士一般。
這是解開了基因鎖之後，體內的基因對自身的身體進行了自行調整。不光是身體素質，包括身材和容貌也都會進行優化，如果能夠進行對比的話就會發現兩次輪回之中。碇真嗣和明日香都比上一次輪回稍微好看了一些。
這種優秀的身體素質在同齡人之中，可以說是獨一無二的，但光是有這一點是不夠的，真正能否駕駛二號機，最重要的還是取決於與二號機之間的同步率。
雖然訓練可以將同步率提升少許，但這東西更多的是取決於天生，天生的同步率如果不夠高的話，就算再怎麼訓練，也難以成為一名合格的駕駛員。
而隨著同步的開始，明日香與二號機之間的同步率起初相當之低，幾乎是無法同步的狀態，通常情況下，隻有內心比較封閉的孩子，才會和機體有比較高的同步率。
但隨著神經連接的深度加深，二號機與明日香的精神開始有了較為緊密的連接和碰撞，這讓明日香下意識感到了危險，與此同時，一直以來都沉寂著的基因鎖這個時候卻突然爆發了出來。
隨著基因鎖裂開一道縫隙，明日香的潛力被部分的開發了出來，與此同時，原本一直維持在百分之十以下的同步率飛快標準，隻是眨眼間就突破了一半，緊接著直奔百分之九十而去，這是經過了專業的訓練之後都難以達到的同步率，直逼百分之百。
同時隻是一個血肉骨架的二號機，竟然緩緩的動了起來，眼看竟然要從固定它的架子上掙脫下來。
“不好！同步率過高，快斷開連接。”
負責監控連接深度的工作人員滿頭冷汗：“不行，斷開失敗，無法執行緊急協議，駕駛員有著強烈敵意，我們對她內心的窺探似乎被他當成了一種攻擊！”
“那就快點啟用備用預案！釋放液氮，將機體冰凍。”站在最高處的實驗負責人當機立斷，下達了緊急措施的命令。
與此同時，二號機所在的房間之中大量液氮噴射出來。這些用奇怪生物的血肉製造的機甲本身就擁有著失控的危險，因此在實驗設施之中，時刻都有保護措施。
第三新東京市的保護措施是堅固的合金防禦牆壁，即便是失控的零號機，瘋狂的對牆壁進行攻擊，也無法打破。而德國的實驗基地采用的就是大量的液氮。效果更加顯著。
在超低溫之下，分子熱運動的強度降低到了一個極低的程度，二號機就算是想要發起攻擊，身體也被徹底凍住，無法移動。
隨後明日相與二號機之間的連接被物理切斷，現在的明日香還不至於做到那種站在機甲之外都能夠遠程控製的程度，因此物理連接切斷之後，二號機很快就平靜了下來。
在緊急情況處理完畢之後，所有人都是驚喜的看著有些迷茫的從駕駛艙中爬出來的明日香，沒有經過訓練就可以將同步率提升到這種程度，甚至是在沒有穿戴作戰服的情況下，就完成了對二號機的啟動和駕駛，這簡直就是天生的駕駛員。
和她相比，就算是明日香的本體也不算什麼了，於是明日香順利的成為了二號機的第一適格者，而隨後的訓練更是給在場的科學家們一個巨大的驚喜。
明日香展現出來的不隻是極高的同步率，同時還對各種戰鬥技巧一學就會，雖然還是一個小學生的模樣，但就算是成年人在她麵前，也走不過幾招就會被製服。
而隨著更多的訓練，明日香原本就非常優秀的身體素質，也在這個過程中變得更加優秀，全方位的素質都不遜色於該領域中最優秀的運動員。
在對戰模擬的測試之中，打敗了難度最高的人工智能，更是沒有任何人能夠在模擬測試之中，和她的對戰之中取得勝利。
所有人都相信明日香將成為最優秀的駕駛員，至於與此同時，初號機的駕駛員這邊……
碇唯親自與初號機進行同步實驗，而在實驗的過程中，意外發生，碇唯的同步率驟然提高到了百分之四百，實驗室之中全都是一片紅色的警報。
但這個時候就算是停止實驗也做不到了，工作人員緊急彈出了插入栓，可將插入栓打開之後，裡麵空空如也，碇唯已經徹徹底底的融入到了初號機之中，靈魂成為了初號機的一部分。
年幼的碇真嗣雖然在基地之中生活，但卻並沒有目睹這一幕，隻是他的直覺已經強到了一定程度，本能的預感到今天會有不好的事情發生，憑借自己的記憶，很快就找到了實驗室所在的位置，然後就看到他的父親臉上露出了前所未有陰沉的表情，那眼神不論是看向任何人，都會帶來恐懼。
碇真嗣平靜的看著那雙眼睛，同時也從中讀出了許多東西，他的母親在實驗的意外之中永遠的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母親是如何消失的，很可能就是因為這時受到的衝擊太大，導致了記憶失去。
但這次碇真嗣對每一個細節都記得一清二楚，在他的父親將他趕出去之前，就已經飛快掃了一遍實驗室中所有的屏幕，並且將實驗室中所有人的對話清晰的聽在耳朵中記下來。
而此時他已經是雙眼一片茫然的狀態，母親的消失父親的異樣表現對他的刺激終於讓他第一次解開了基因鎖。
解開基因鎖之後獲得的不隻是戰鬥本能，人的記憶力，理解能力，學習能力，都將提高到一個常人難以企及的地步，在這種狀態下，人類會全方位的變成超人，幾乎沒有任何弱項。
而這狀態也不隻能用來戰鬥，同樣可以用來記憶，碇真嗣記住了這房間中的一切，包括屏幕上的每一個圖像。桌麵上的每一個文件，上麵的每一個字符。
即便他現在還不認識所有字，還無法理解這一切，但卻已經將這一切牢牢的記在了腦子之中，當他能夠讀懂這些東西，並且理解他們的時候，他就能夠從回憶之中將細節翻找出來，搞清楚今天究竟發生了什麼？