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對日本的戰事剛剛結束不久，戰時狀態還沒有宣布結束，正好又掀起開拓南洋的戰事。這次戰爭是由鄭芝龍的勢力作為主力，明朝官方隻是錢糧和武器，而且這是朝廷早就給鄭氏安排的出路，很早就已經準備搜集南洋的情報。
並且南居益明確提醒和要求鄭芝龍整合內部勢力，不能像原來那樣隻是盟主，必須按明朝軍製建立起明確的上下級垂直管理關係，所有船隻都花錢收購了下來，船長和主力人物都是鄭芝龍派遣直接控製，而不是其他海盜加盟，不樂意了隨時可以離開。
不認同這種內部整合的人統統已經排擠掉了，這樣雖然使勢力有所縮水，但是作戰時不會有從內部瓦解的危險。總兵力和東江鎮差不多，也有十五萬，家屬也差不多三十萬。大部分生活在福建，也有一部分移民到了台灣。
發動戰爭之前當然還是要辦理相關的政治聲明和輿論手續的，不過這次沒有派使者，荷蘭和西班牙沒有對等的官方機關在南洋，還不夠外交級彆。明朝官方隻是發了一份檄文式聲明，重提了萬曆年間屠殺明朝籍漢人的事情，邸報和宣化司也進行了一波宣傳，處置了當年瀆職的官員，接下來先頭部隊出來五萬人正式打開。
明朝官方雖然沒有拿出最高配置的武器，北京、遼東、蕪湖、南京四大官營軍工基地全力開動，各個軍備倉庫也開始了清庫存，通過海路運輸源源不斷運往南方。這次不僅是海戰，也有一些登錄作戰，因此手榴彈（擊賊神機石榴炮）大量準備和新造，也製作了小型的類似“潑喜軍”式的一次投擲幾百枚的投石機和低配版的連弩作為登陸後的陸戰裝備。
荷蘭人和西班牙人戰鬥力比日本人強一些，但是也不會是全力開動的明朝國家機器的對手，就是步步為營，絕不冒險，用數量的裝備優勢碾壓，俞大猷的《正氣堂集》裡就說過“海上之戰無他術，大船勝小船，大銃勝小銃，多船勝寡船，多銃勝寡銃而已”，這個思想和近現代海戰沒有差彆。就用這種辦法，一個島一個島攻擊，損失多少船隻補充多少，消耗多少武器彈藥就補充多少，攻擊部隊始終保持滿員，後續增兵留駐各島。
隻不過這次要攻擊的目標比較多，不是隻有鹿兒島和奄美群島，所以這次戰事前後持續了整整三年才拿下了南洋要地。為此還另外新開了登萊、福州和陝西三個大型軍工生產基地。隨著邸報戰事跟蹤報道，泗水、文萊、巴鄰旁（巨港）、麻六甲、雅加達一個個沈飛在《大航海時代4》裡見過的港口被明軍控製。
接下來就是法律上派遣官員調查當年屠殺明籍漢人的凶手，審判罪行，高級頭目判死罪，普通士兵除了少數罪惡深重的判處年代不等的勞役，當然還有一部分參與的土著也一並處理。在戰爭中俘虜了一部分歐洲形製的戰船和工匠，由軍工司接手參與研發製造新型艦船。接下來還是和日本一樣的經濟殖民操作，總結戰爭經驗、宣傳工作跟進，南洋地區的貿易徹底納入明朝官方的管製之下。
鄭芝龍按照承諾被封為拓南侯，官邸放在台灣，也方便和鄭成功見麵。明朝官方和鄭芝龍分彆出資60和40組建南洋開發商行，集海上貿易和軍事安保於一體，安排一部分退伍軍人，享受半稅待遇。為了增加出口貿易，王徵改進了織布機，飛梭織布機比起以前的織布機隻不過加幾個滑輪組的事，技術上沒有難度，加上收回的海關權利，每年大概能增加兩千萬兩白銀的財政收入，以後出口商品增加了還會更多。
這三年的事情也不隻是戰爭，《崇禎曆書》的編纂進度已經達到了七成，新來到明朝的那些歐洲傳教士已經精通中文並且學習了儒學經典和其他相關的中國學問，有了伽裡略、笛卡爾和“天空立法者”開普勒三個歐洲大佬的參與和幫助，《崇禎曆書》的內容比曆史上豐富了許多，這也是到現在還沒有編寫完成的原因。
李天經、薛鳳祚這些明朝本土天文學者都已經調入了編寫工作組，成為了格理院翰林學士，天文學水平也在這個過程中提高了一大截，隻是王錫闡還是一個兒童，沒有成長起來。揭暄也是朝廷的暗中牽線之下已經成了方以智的學生，同時在國子監軍校學習軍事，按照曆史上他涉獵的專業已經全麵培養。
當然這些發展和沈飛本人關係不大，沈飛還是希望綜合更多的醫藥學高手改進完善自己手裡的幾張藥方，在傅山妻子陷入重病，其他醫生久治無效時，沈飛去了一趟出手治愈了他的妻子，之後亮明了身份要求他“轉專業”學醫，其他的李中梓、汪昂、張璐也提前找了來先學習一段，等他們醫術大成就可以交代他們任務了。
在這三年之中又有一部官方主持著作開始了編寫，抽調了全國各地官方和民間大量學者進行，就是中國思想史。原先《宋元學案》黃宗羲隻是確定大綱和少量手稿，《明儒學案》隻是黃宗羲的個人著作，對於這麼重要的思想史著作實在太不像話了。
而且黃宗羲明顯是以心學為主體，前期主要人物陳獻章就是心學的代表人物，中期的王陽明更是心學的門麵人物，也最詳細。除了列入王陽明本人的《姚江學案》還有江中王門、江右王門、南中王門、楚中王門、北方王門、粵閩王門，傾向性也太明顯了。
先秦時紙還沒有發明，文獻有限，儒學加諸子都算上也沒有多少。唐代就整理了儒學經典《五經正義》，主流還宋明理學，從宋初三先生、北宋五子，涉及兩宋的濂洛關閩主體理學，加上南方浙東學派永嘉、永康、金華三支，到傳承至明代的理氣心性四大支流都搜集了原作、找到了傳人進行編寫。
沈飛看了一下列出的大綱，比起黃宗羲的《明儒學案》，理學和氣學的比重極大增加了，並且在論述上與自然科學的聯係極大加強，幾乎成了研究自然科學的指導理論。這並不奇怪，現在科學院性質的就是翰林院的格理分院，就是以格物窮理名義組建。性理上強調性善論，眼睛可能瞎，耳朵可能聾，可是眼睛耳朵的“性”還是能看到、聽到東西。人可能因為各種原因為惡，但是人性還是向善的。有點類似於“曆史唯物主義”比如強調環境的對個人的影響，而不是把人的行為原因歸於個人本身。
另外建虜餘孽總算有了消息了，已經逃到了吐魯蕃，明朝的哈密衛故地，正處在葉爾羌汗國的統治下。當時葉爾羌汗國的統治者是第二代汗拉失德第九子阿不杜熱依的兒子阿不杜拉。
阿不杜熱依木爭奪葉爾羌汗國的汗位失敗以後，在吐魯番建立了一個政權，不斷壯大實力，征服了天山以北，準格爾盆地以東的許多小汗國。
天啟七年阿不杜熱依木去世，他兒子阿不杜拉率兵出征葉爾羌，再次統一了葉爾羌汗國，領土的廣大達到了原先東察合台汗國的規模。但是阿不杜拉野心勃勃，並不滿足，又出兵伊犁河穀。
這家夥也是非常點背，他正親自率領軍隊在伊犁河穀的鞏乃斯草原與準格爾部作戰時，阿敏帶領一萬後金兵正好進入了葉爾羌汗國，知道消息後，趁虛而入，先是奇襲吐魯番，俘虜了阿仆杜拉的兄弟蘇裡唐，接著又快速突進塔裡木盆地，攻占了葉爾羌。
當初被阿仆杜拉趕下汗位的穆罕默德乘機和阿敏結盟聯姻，招阿敏為女婿，宣布推翻阿卜杜拉的汗位。老巢被抄，後路不穩，後勤斷絕，消息傳到伊犁河穀時，還在前線交戰的阿不杜拉軍心動搖，被準格爾部打得大敗。回軍途中又被阿敏設計埋伏，幾乎被全殲，阿卜杜拉自殺身亡。
到了這一步葉爾羌汗國實際上被阿敏掌控，他通過和原來的葉爾羌汗國貴族聯姻的方式，又成了葉爾羌汗國的繼承者。一年半以後，阿濟格、多爾袞和多鐸三兄弟率領的五千兵力又沿途劫掠了一些蒙古部落和牛羊牲畜趕到了葉爾羌汗國，不過這時阿敏在葉爾羌地位已經穩固，他們是後金敗亡以後逃竄出來的，反過來證明阿敏當初說的皇太極把後金帶進死地，西逃才能尋求生路的先見之明，自然沒有什麼話語權，隻能仍然奉阿敏為主。
阿敏逃到吐魯番的消息其實三年前就已經傳到了北京，不過當時南洋戰役剛剛開始，不可能兩線作戰開啟兩場戰爭。何況當時隻知道這麼一個消息，吐魯番地區的具體消息並不知道，就以派錦衣衛校事營混雜在商隊中先偵察打探消息為主，後來又知道了阿敏掌握了葉爾羌汗國，之後阿濟格和多爾袞、多鐸的五千人與阿敏彙合，經過擴軍目前的總兵力大約五萬。
戰爭的後勤準備則早就開始，後金覆滅以後，蒙古諸部都嚇破了膽，再也不敢和明朝為敵。明朝對察哈爾、科爾沁、喀喇沁、土默特等部落都進行了經濟控製，收購羊毛建立起了羊毛紡織產業，建立官營錢莊對牧民低息貸款等等。
幾年經營下來這一帶已經建立起了固定商業路線，在戰時可以充當兵站補給點，辦法是官方和私人並行，實行開中法讓商人收購運送糧食兌換鹽引和銀票，也可以讓各地民兵運送官方庫存的糧食，也可以收購大量牛馬羊，按當年蒙古騎兵的辦法，用牛膀胱當作儲糧袋儲存牛肉鬆攜帶行軍，多種手段並行保證戰時糧食後勤。
當然長途西征最重要的還是準備充足的淡水，沈飛在《戰狼2》世界刷的特戰技能裡也有在沙漠戈壁裡行軍作戰的內容，雖然特種作戰都是小分隊，但是把這些推廣也能適用於大軍活動，沈飛時不時也去國子監軍校客串一下講師，把這些內容結合這個時代編寫成了教材散發到了軍中，尤其是西征軍隊已經每一個士兵都記得爛熟。
趁著南洋戰事剛剛結束，全國還處在戰時狀態中。晚打不如早打，準備了足夠物資以後，五萬軍隊留守陝西，孫傳庭、曹文詔和曹變蛟率領十五萬大軍出發，現在各軍鎮都仿照當年戚家軍設立了輜重營，裝備有大量戰車，平時運輸糧草和各種武器裝備，戰時士兵可以隨時轉成戰兵作戰，運輸車也可以隨時變成車營，合並連成車牆作戰。
除了最初過來的京營一千骨乾，這些年練兵互相比試時也湧現出一大批人才，有不少都是曆史上流寇中大名鼎鼎的人物，李自成、李過叔侄、高傑、袁宗第、劉芳亮、郝搖旗、劉體純、田見秀、馬守應、羅汝才、張獻忠都在其中，有些文化的劉國能還成了軍宣使，年紀太大的高迎祥作為家屬留守了，還是小孩的張獻忠收養的幾個義子也留守學習。