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大軍西征最大的難點就是後勤，準備好了充足的後勤物資和補給路線，就沒有什麼顧慮了。十五萬大軍正式出發，前軍八萬人，由最精銳的的部分組成，最初建軍時一千京營教官有八百人在這支前軍中，後軍七萬人，押運後勤物資，也隨時可以轉變成戰兵。
陝西到新疆2100多公裡，為了避免消耗太多體力保持戰鬥力，行軍速度並不快，路上就走了將近三個月，這麼大的動作當然隱瞞不了消息，阿敏和多爾袞等人在葉爾羌汗國進行了全境極限動員，拚湊出了八萬人馬準備應戰，其他百姓也被強征保障後勤工作。不過遼東戰敗，失去了全部工匠，武器裝備數量和質量都大降。
這支陝西兵雖然大部分沒有經曆過實戰，不過這些年各軍鎮都有經驗交流互相進行實戰演習，經曆過模擬戰場的經驗，龍象般若功也都已經達到了第三層，對付的又隻是實力大降的後金軍團足夠了。作戰辦法還是實力碾壓，火藥、銃炮彈丸經過計算，攜帶的足夠滅阿敏大軍三四遍的量，用厚紙卷成的火箭還可以現場製作，三弓床弩攜帶了三台，各種遠中近程打擊武器齊備，就是擔心找不到敵軍主力。
不過這個也容易解決，宣傳戰爭目的隻是來追剿後金餘孽，要剿滅阿敏等在逃建虜頭目和與之勾結的穆罕默德，之前被他們聯手滅掉的阿卜杜拉殘餘舊部主動聯絡明軍充當了帶路黨報仇，摸清了阿敏等人主力位置以後，采用聲東擊西的辦法，假裝襲擊葉爾羌汗國首都莎車，半路突然轉變方向咬往了敵軍主力，前後作戰半個月擊潰了阿敏大軍主力，又經過了三個月的追剿，最終活捉了阿敏，擊殺了阿濟格、多爾袞、多鐸和穆罕默德。
大軍出發之前就有過交代，對於這些後金餘孽本來就不要求全部捉拿，之前審問皇太極等人時也早就搜集過阿敏等人的罪行，就把阿敏先進行關押，崇禎和內閣從京城派遣官員組成了專案組前赴“新疆”地區，就地審判審明罪狀後處決。
之後宣化司大肆開動，資料早就準備好了，唐朝的安西都護府在與長安斷絕聯絡，孤立無援的情況下還堅持了半個世紀，最後淪陷時每一個據點最年輕的士兵都已經年過六十，還有張義潮收複河西的堅守兩百年的舊事。之後就決定正式開發西域，第一批當然就是西征十五萬大軍的家屬，留守的五萬大軍也一起去，加起來超過二百二十萬人。
陝西的饑荒還沒有過去，還是老辦法，繼續招兵，這次派出的是京營的國子監軍校培養出來的新秀，曆史上出自通衛營的孫應元和黃得功，還是六百萬兩銀子，招募十萬兵力賑濟相關一百萬人，這些就是以後陝西的駐軍了，估計等這一批兵練成，饑荒就差不過渡過了，曆史上饑荒是1645年左右才逐漸衰退的。
這些人大部分都是陝西災民出身，新疆有不少綠洲農業，現代都是農業大省。棉花、甜菜、小麥，還有哈密瓜、葡萄等瓜果也大大有名，正好讓他們移民過去進行開發。當然行政區域上不會再用“新疆”這種不倫不類，還留有隱患的名稱，而使用唐代時的舊稱，安西、北庭分治南北。
其他地方衛所製已經廢除，衛所籍等同民籍，即便戰時狀態結束也沒有恢複，不過安西和北庭決定恢複衛所製，各駐十萬大軍，及其家屬，采用“生產建設兵團”的製度。至於行政官員，新科舉早就已經走上正軌，對於赴安西和北庭任職的官員的升遷品級和俸祿給予一些“優惠”有大把的人願意去。
西征戰役之後，最後的一場大戰了結，戰時狀態結束。至此，明朝社會完全進入了和平發展的階段，就連崇禎本人處理的事情也大為減少了。沈飛則基本於處旁邊的狀態，就是和完顏萍一起教一下何鐵手、阿九和鄭成功三個親傳弟子，提議崇禎組建醫學院，把自己的醫學經驗整理成著作交給醫學院一起研究，不再是簡單的師徒傳承，一起改進幾個丹方。
崇禎六年瘟疫爆發了以後，在沈飛的暗中引導之下，吳有性三年時間就提前總結出了致病的因素是“鬁氣”（病毒），和曆史上沒有引起重視不同，這時薄玨已經製作出了顯微鏡，已經可以看到“鬁氣”，很快被同行接受，溫病學四階段衛氣營血也提前出世，不到一年就形成一支中醫的流派在民間冶疫中產生了很大影響，吳有性本人當然也成了格理院翰林學士和醫學院成員，還因為治疫有功得到了伯爵爵位。
顯微鏡出來了，望遠鏡當然也有突破，遠超過了歐洲的水平，崇禎十二年編纂完成的《崇禎曆書》刊印並且正式頒布新曆，經過了之前李之藻製作地球儀的出售推廣，“地球”概念在知識分子群體中已經深入人心。新曆確實也有反對者，不過因為已經正式頒布，沒有像曆史上經過十年爭論，加上之前科舉裡加入數學、幾何等新內容，低配版望遠鏡也已經在民間發售，反對者也大多是以數學方法對新曆法進行驗算，倒是又帶動起了一波新的數學幾何熱潮。
比較讓沈飛吃驚的是開普勒和宋應星聯合提出了萬有引力，之前崇禎提出的機械波課題宋應星和薄玨已經取得了相當的進展，橫波、縱波、波速、折射概念都已經一一提出。萬有引力本來就可以通過天普勒定律結合力學原理通過數學方法推論出來，相關學科水平到了自然水到渠成，開普勒因此得晉侯爵，宋應星也晉爵為侯爵，至於薄玨，之前就因為製造出了顯微鏡而晉為侯爵了。
另一個大的成果就是方以智和李之藻一起創立了數學微積分，這也並不奇怪，王文素的《算學寶鑒》裡就有過導數運算，整理研究中國曆史數學資料多年，早已經完全掌握，加上鑽研歐洲數學幾何在編纂《崇禎曆書》時使用發生的碰撞，到這一步微積分的問世也並不奇怪。
隻是這樣一來，從萬有引力到微積分，牛頓的兩大成果都已經易主，後人也不必為他和萊格尼茲誰是發明微積分第一人而頭疼了，即便牛頓還能成為一個大科學家，他的成就也難免大損了。方以智和李之藻也各自成了伯爵和侯爵，李之藻之前因為和徐光啟、李天經、伽裡略、開普勒主持修編《崇禎曆書》有功，完成時得封伯爵，這次也是晉爵。
這些科研成果雖然意義重大，但是和沈飛沒有多大關係。沈飛在意的還是那些藥方的改進。也已經取得了不小的成果，以“續命八丸”藥方為基礎，配以推演的“雪參玉蟾丸”、“天王保命丹”、“生生造化丹”的藥方，續命療傷的效果比原版大大增強，命名為“生生續命丹”。
原版“生生造化丹”一顆就能讓中毒必死者續命三年，最多服三顆續命九年，“生生續命丹”避免了多次服用，配以其他靈藥丹芳，一顆估計續命三十年不成問題，卻也隻能服一顆有效。
而“伏苓首烏丸”因為千年靈藥隻有各一株，藥材有限，沒有加入其他丹藥配製，而是沈飛親自出手，加入其他各種藥物，像小說一樣獨立配製了80顆“伏苓首烏丸”，當然效果也比小說原版增加了三倍。
“生生續命丹”效果其實是偏向增加生命力續命的，療傷隻是副作用，而且用來療傷太浪費了。為了治療內傷，又進行減配，以“雪參玉蟾丸”、“天王保命丹”、“白雲熊膽丸”和桃花島係列藥方為基礎，鑽研配製出加強版。沈飛讓人試了試，無論多重的內傷，一顆足以痊愈，修煉內功者運功煉化藥力見效極快，片刻可愈。普通人或者傷重無法運功者藥力發揮慢一些，不過最多也是三天可以複原，鑒於其他藥丸都是以主藥命名，還是采用了“天王保命丹”名稱。
而原來的改變筋骨的怪藥“豹胎易筋丸”經過醫學院一眾高手聯合研究，加入了很多中和同時也是減弱藥性的藥材，研究出了人人可以服用的一般有效版，不過增強筋骨的效果隻有原先的三分之一，卻是無副作用，命名為強筋壯骨丸。沈飛儘量避免在名稱中出現主藥，以免萬一被其他丹藥高手從中推斷出配製思路。
而且強筋壯丹丸還能和天香斷續膠混和使用，兼兩者藥效之長，不僅能治療皮肉外傷，筋骨傷勢也可以治愈，估計藥力和藥效已經不下於《倚天》世界裡的黑玉斷續膏了，這下治療內傷和外傷的丹藥都有了。
一研製出來無副作用的強筋壯丹丸沈飛就給了石敬岩一顆，而且破例傳了他《九陽真經》內功和七傷拳、燃木刀法，標配雲雁步和禹步。早在崇禎八年沈飛就已經把石電和吳殳師徒全收招進了江湖司，得知後來傳吳殳峨嵋槍法的程真如也還在，就一起招攬，經過和普照大師與姬際可的六合槍法，流傳在軍中的楊家槍、馬家槍、沙家竿子融合精簡於一爐，又加入了《龍蛇演義》中的龍蛇槍和陰符槍，已經形成了曆史上稱為吳家（吳殳）槍法的終極槍法，因為已經在明軍中推廣，命名為“破陣槍法”。
曆史上一些壽元將儘的重要人物都一一找到給了一顆生生續命丹並且分配了任務，徐弘祖就是其中之一，遼東光複以後的幾年裡，他已經走遍了遼東各地，直到劉興祚最遠開拓到的苦葉島。這回轉變了記述方式，是隨走隨記隨出版，不再是像曆史上那樣積累三十多年的日記再一次性出版，當然這是有沿途各地方政府的配合。遊遍了遼東以後，西域又納入了版圖，他又踏上了西行之路。
江湖司的基層人員已經擴編到3000人，2000人是從軍中選拔，1000個是饑荒和兵禍留下的孤兒，其中女性500人。而且不是逐年擴充，而是在崇禎八年一步到位，因為修煉全真派內功修煉年限越長，功力越深，越早到位越有利，將來武功有成以後這些人打算像錦衣衛緹騎一樣分駐各地。
這些基層人員傳授武功的製度已成，已經不需要沈飛和完顏萍親自主持，由安劍清出麵安排。這些人修煉時間還短，《神雕》裡全輪國師估計他需要二三十招才能拿下兩個全真二代弟子聯手，那兩個二代弟子也已經到了中年，修煉二十年起步。就就算是組成陣法能聯手對抗一方這個世界的一流高手也要修煉十年以上，現在還不敢放出去。
到崇禎十二年，江湖司的情報係統搜集到一件事。華山派的歸二娘和孫仲君殺了幾十個盜匪，這本來是江湖廝殺，起因也是他們想劫持孫仲君，不過後來後來歸二娘和孫仲君又追到洪勝海家裡，殺了洪勝海的一家五口，包括70歲的老娘、妻子和三個年幼的兒女，洪勝海不知所終。