卡布拉爾沒有耐心再等待紮莫林的回複，所有人都認為印度人心懷歹意，沉默是為了麻痹他們以爭取足夠的時間備戰。
次日白天，港口毫無預兆地響起炮聲，弗蘭德和德意誌炮手操作著艦隊幾乎所有的火炮射擊港內的u斯林船隻，使其癱瘓並告知全城——報複來了。由葡萄牙人組成突擊隊則殺向被選定的十艘u斯林商船，殺死所有留在船上的船員，搶掠所有留在船艙中的貨物，最後再將船隻燒毀。
葡萄牙艦隊在港口的突然行動持續到了日落，被屠殺者超過六百人，屍體被直接拋入水中，被衝上岸的成功恐嚇了卡利卡特的市民。至於財物的損失則是無法計算。
日落之後，葡萄牙艦隊便轉變了目標，卡布拉爾趁著夜幕掩護將戰艦帶到岸邊，待到拂曉時分，無數的炮彈落入城市之中，無數房屋遭到不同程度的損毀，數位顯貴因炮擊喪命，紮莫林也被迫出城避難。
港口的屠殺和對卡利卡特的炮擊向印度人展示了葡萄牙艦隊令人生畏的武力和火炮的威力。印度人對這些陌生人心生恐懼，因為他們知道這些人有能力強迫他人。
當然，這也代表著葡萄牙和卡利卡特關係的徹底破裂，貿易站和港口的屠殺讓雙方都認為是對方率先挑起事端。這是為了印度洋貿易和信仰所發生戰爭的第一炮。
卡布拉爾見在卡利卡特的外交失敗，便執行備選方案，率領艦隊南下至科欽。在撤離時，他們俘獲並摧毀了更多u斯林船隻。
根據他搜集到的信息來看，科欽是卡利卡特紮莫林的附庸，但一直都在謀求獨立，很可能會如同馬林迪一樣歡迎葡萄牙人的到來。這理所當然地被他視為新的突破點。
事態果然朝對葡萄牙人有利的方向發展，科欽的統治者熱烈歡迎這些外來者“我聽聞貴方對卡利卡特造成了巨大的傷害，就連紮莫林都被嚇出宮殿了。”而後，他向卡布拉爾詢問葡萄牙君主的名字以及葡萄牙王國的基本信息，並表露出結盟的意願。
見科欽君主如此熱情，卡布拉爾有些尷尬，畢竟用於外交的禮物已經送給紮莫林了，好在科欽是主動的一方，印度人主動為葡萄牙艦隊了泊地和補給。
得益於科欽君主的友好態度，葡萄牙人順利地在此地設立了貿易站——也是葡萄牙船隊在印度的第一個據點——並得知了馬拉巴爾海岸的其他情報。紮莫林的另外兩個附庸在聽聞卡利卡特的屠殺之後接連派遣使者前來科欽麵見卡布拉爾，主動邀請葡萄牙人前去貿易並希望結盟共同對抗紮莫林。
但卡布拉爾接到的不僅僅隻有好消息，兩個印度基督徒找到了他，司令官先是熱情地招待了他們，但接下來神父所述實情並不合他們心意。
“尊敬的司令官閣下，您所認為的異端其實是讓聖徒殉道的異教，在這片土地上，聆聽聖多馬教誨者少，陷入遭受異教圍攻的困境。而且沿海地區的全部貿易幾乎都被u斯林所把持，您的加入無疑會引起所有人的注意。”印度神父慢慢說出他所知的一切，最後做了一番總結。
真相的揭露讓葡萄牙艦隊不知所措，好在艦隊的火炮和科欽的友誼足以讓他們在這片陌生的大洋上立足。
在將馬拉巴爾海岸正確的宗教、政治局勢和科欽的結盟意願寫入報告之後，他想要先將這些重要的情報迅速送回到裡斯本，糾正曼努埃爾和其他人對印度的誤解。
正好此時已經有五艘船的貨艙滿載貨物，卡布拉爾便先遣這些艦船回國，而他要率領剩下的空船載滿補給進行探險活動。
負責送來補給的科欽使者在這時突然對卡布拉爾說道“閣下，剛剛接到消息，紮莫林複仇心切，在卡利卡特集結了數十艘船隻打算堵截您的船隊。我方不會坐視朋友不管，您若需要，我方會派遣戰艦……”
卡布拉爾聽說是卡利卡特的艦隊，則嗤之以鼻地回應到“貴方的好意我心領了，貴方已經給我方了補給和貨物，如何能讓貴方單方麵付出這麼多呢？我對於艦隊的武備破有信心，卡利卡特人其實已經被嚇破膽了，他們不敢靠上來。”
剩餘的三艘帆船很快收錨起航，如科欽使者所言，他們很快就見到了一支龐大的艦隊，如果相信使者誇張的言辭，那麼在卡布拉爾麵前的足足有八十多艘戰艦。
但事情真的如同司令官所料，見識過火炮威力的卡利卡特人反而畏懼勢單力薄的葡萄牙人，僅僅象征性地開了幾炮之後，他們根本不敢繼續靠近，入夜之後就跟丟了。
卡布拉爾向北拜訪了那兩個主動與他聯係的港口城市，停船裝載了香料之後，他也要開始穿越印度洋，隻是他不著急回國。
遠在裡斯本的曼努埃爾正在設計在印度洋的戰略布局，為此，卡布拉爾需要派遣人手前去探索紅海和東非沿海，為國王陛下足夠的信息。
迪奧戈·迪亞士被派遣前去，紅海上對人類不友好的氣候讓葡萄牙水手們吃了不少苦頭，在於司令官彙合之後，全船的活人數量掉到了個位數，僅為了補充印度洋海圖的西北角。準確地說，付出如此代價僅僅隻是讓繪圖師查看了紅海入口一番。
隨後他們沿著海岸艱難地駛向好望角時，裡斯本又出發了一支商船隊，曼努埃爾相信他所準備的貴重禮物一定能夠幫助卡布拉爾友好解決與卡利卡特紮莫林之間的誤會，決定每年都向印度派遣遠征隊。
因為航程過於遙遠，艦隊無法在一年之內於裡斯本和印度之間往返，有關於印度的一切消息在本土大約要兩年才更新一次。葡萄牙宮廷為了確保下一支艦隊能夠利用前一支的經驗采取了一些措施，從卡布拉爾開始，返程的艦隊都要在好望角岸邊留下信息。
儘管此次遠航的結果不甚理想，但曼努埃爾已經準備好在歐洲吹噓他的勝利。首當其衝的便是對此一直保持密切關注的威尼斯人。
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