赤眉軍攻陷長安後，最為離奇的是，竟然是讓劉玄成了漏網之魚。要知道，之前赤眉軍可是做了充分的動員，活捉劉玄者，封侯拜將、賞賜千金。並且在赤眉大軍中，還布置了一批專門人員，來對付劉玄。
可以說，這次為捉拿劉玄，赤眉軍可謂是布下了天羅地網，劉玄儼然是一個乳臭未乾的黃毛小子，何以能夠逃脫呢？
經過多次明察暗訪，赤眉軍最終知道，劉玄竟然在大軍到來之時，就開始從北方逃脫。進入了右扶風都尉嚴本的地盤，躲進了高陵城。於是，樊崇大軍很快就到了高陵城下，劉玄被逼無奈之下，心知大勢已去，隻能開城乞降，劉玄肉袒跪在長安城長樂宮台階下，將天子璽綬奉獻給赤眉皇帝劉盆子。樊崇亦依照約定，沒有誅殺劉玄，而將其封為長沙王。
就在此時，赤眉軍中對於樊崇等人肆意荼毒天下心懷不滿，於是他們決定找到劉玄，重新擁立他為皇帝。張卬等人亦覺察到軍中似乎有不穩的動向，隻能向劉玄依附著的謝祿說道，若劉玄被人劫走，必定惹出禍端，不如索性抓住時機將劉玄斬殺。此時劉玄的身邊，隻有一個劉恭尚且算是忠心於他，謝祿聞張卬言，深覺有理。為了防止劉恭壞事，謝祿便借故把劉恭支走，然後派人命令劉玄到長安郊外去遛馬。劉玄一直以為謝祿可以依附，哪裡會有所防範呢。於是便欣然出了長安城，到了郊外，謝祿委派的幾個跟隨劉玄的士兵，便趁劉玄不備，掏出繩索將劉玄就地勒死。
東邊的洛陽兵馬，早就不歸劉玄管轄。自此，更始政權無論是在實際上還是在名義上，都已經徹底敗亡。劉玄被殺的消息很快就傳到劉秀耳中，劉秀當即派人傳詔西征軍主將鄧禹，務必獲取其屍體，在鄧禹的努力下，漢軍最終將其屍體尋回，並將其安葬在霸陵。劉玄的妻妾和三個兒子劉歆、劉求、劉鯉都得以保全性命於亂世。劉秀安撫了他們，以彰顯自己的仁義寬厚。
自劉玄一死，長安的赤眉軍便沒有了任何顧忌，在城中肆意妄為。建武元年（公元25年）十月，傀儡皇帝劉盆子在長樂宮大宴赤眉諸將。諸位將領本就各分派係，為了誇耀自己的功勞，不惜大呼小叫，刹那間，宮城之內亂作一團。而在長安皇城之外，平民百姓則更是過上了豬狗不如的生活，流民軍四處燒殺搶掠、無惡不作，長安十裡之地，是曾經無數人心向往之的所在，如今儼然一副人間地獄的景象。不久，朝堂之上，赤眉軍各路將領公然爭吵不休。韂尉諸葛耭在樊崇的授意下，率領甲士上殿，直接殺死百餘人。神聖之地，霎時成了修羅場，屍橫遍地、血流不止。而曾經劉玄在位之時，留下的千餘名宮女，也因為沒有糧食可吃而一一餓死。
此時的長安城，隻有楊音和劉盆子的兄弟劉恭尚且算得有一些理智。楊音屢次勸解，都沒有什麼效果。而劉恭為了謀求一條生路，向劉盆子進言，遜位讓賢，逃出長安。隻可惜，樊崇等人好不容易找到這樣一個傀儡皇帝，無論如何是不可能放棄他的。劉恭也因此而差點被樊崇等人殺害，此事隻能就此作罷。
而此時的鄧禹，則一直猶豫不決。鄧禹已經進入左馮翊境內，在拿下了夏陽等地後便一直遷延不進。當此之時，劉秀早已幾乎平定了北方流民軍，揮師南下，圍攻洛陽，自然對於鄧禹的戰事，隻能敦促而不能親自指揮。劉秀不明白，何以鄧禹會如此作為？
其實，鄧禹是有自己的考慮的，他認為，如今雖然西征的漢軍人數眾多，達到十幾萬之眾，數量上與赤眉軍相差不大。然而，由於精銳部隊隻有兩萬，剩下的都不過是新近招募的散兵遊勇，因而能夠上陣打仗的人很少。此外，漢軍勞師遠征，距離大後方河北相去甚遠，沒有可靠的物資補給線；而前麵也沒有可以作為依靠的根據地，缺乏足夠的糧食。赤眉軍剛剛攻陷了長安，獲取了無數輜重和糧草，兵精糧足，氣勢正盛，其鋒正銳，實在不可以正麵抵擋。隻要等到他們消耗完了士氣和糧食，就定然守不住長安。到時漢軍就可以兵不血刃奪下長安。眼下，上郡、北地、安定三郡，土廣人稀，饒穀多畜，漢軍應該北上，整軍待命，以觀時變。
鄧禹的這番考慮，看似沒有什麼疏漏，實則是隻知其一，不知其二。他隻知道自己的隊伍需要補給線，卻不知道，此刻赤眉軍數十萬大軍亦是如土匪一般，四處搶掠。長安民眾特彆是其中的豪強地主，都真心地希望鄧禹大軍可以入主長安，趕走赤眉軍。如果此番不趁著天下歸心的時機收複長安，即使將來如鄧禹所說，長安兵不血刃就可以歸附到自己的手中，不僅難以獲取民心，亦難以挽回長安的財物糧草損失，更會讓赤眉軍四處流竄，為天下帶來更大的困擾。
劉秀到底是技高一籌，他早就看到了攻取長安的必要性和緊迫性，因而多次派遣使者前去敦促鄧禹出戰。哪知鄧禹竟然“將在外，君命有所不受”。劉秀遠在洛陽，鞭長莫及，隻能眼睜睜地看著鄧禹一再失去良好的戰機。
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建武二年（公元26年）正月，長安城的赤眉軍再也無糧食可以搶掠，而那些豪強貴族們，要麼私藏糧食，要麼舉家搬遷，赤眉軍隻能放棄長安。然而，長安雖然變得一貧如洗，其間的瓊樓玉宇卻沒有多少損壞，為了不給鄧禹等人留下任何財物，臨出城之前，樊崇下令縱火焚燒長安城，將長安城裡的皇宮殿宇全部焚毀。可憐昔日繁華富庶的長安城，如今皆化作一片火海，成就滿目的敗牆和瓦礫。
其實，早在數月之前，劉秀就獲取了洛陽。相比於鄧禹而言，劉秀在很多方麵都是鄧禹不能企及的，特彆是劉秀在登基稱帝之後，其全局性的戰略眼光就逐漸顯露出來。定都洛陽，亦成為他精明過人的體現，他從王莽和更始帝的下場中得到教訓，認為在內戰時期應避開長安。此外，定都洛陽，更有他的政治軍事上的全局考量，洛陽可以更方便地從大平原的關鍵經濟區得到供應。在以後幾年，劉秀穩步而有信心地把他的領地向四麵八方擴大。
當麵對天下另一個數一數二的重鎮，前朝都城長安之時，劉秀卻沒有絲毫辦法，他不可能兵分兩頭。那邊有他最為親信的鄧禹在負責，隻可惜鄧禹在攻打長安赤眉之時，犯了糊塗，坐失良機。
終於，鄧禹所謂的機會來了，可等他到達長安，才發現其實自己一無所得，就連前朝皇帝皇後的陵寢，都遭到赤眉軍的無情挖掘。他甚至聽聞，赤眉軍將呂太後的屍體挖出，眾人見其依舊光彩照人，遂獸性大發，對其非禮。鄧禹當即大怒，後悔不已，而軍中士氣也跌落到出戰以來的最低穀，為了鼓舞日益低落的士氣，鄧禹將漢軍駐紮在漢武帝時為了演練水軍而修建的昆明池邊，同時設宴慰勞全軍將士。不久，鄧禹又選擇良辰吉日，按照禮儀到漢高祖的寢廟前祭奠，對赤眉軍挖掘過的諸陵進行了清理，將死人屍骨重新入殮安葬。並且將散亂在各處的西漢諸位皇帝的神主牌位收集起來，派人護送到洛陽。此外，鄧禹還設置了守陵官數名，派兵防守，防止再次遭到盜竊和挖掘。最後，他還將更始帝劉玄的屍體改葬於霸陵。
鄧禹完成了收複長安的重任，但卻沒有達到劉秀的預期效果。
其實，在赤眉軍逃離長安之後，天下已經初定，但是劉秀依然不能就此放鬆，他需要麵對的，還有邊陲之地的諸多分裂勢力。自更始政權敗亡之後，函穀關以西，鄧禹的西征軍、樊崇的赤眉軍、隗囂的隴西軍、劉玄的更始軍殘部、公孫述的巴蜀軍、竇融的河西軍，便以長安三輔為中心，展開了一輪又一輪的血戰。特彆是公孫述、隗囂、竇融三人，要麼控製著河西之地，要麼坐擁川蜀富庶之地，當年高祖斬白蛇起義，就是從川蜀發跡，一步步鯨吞天下。因此在地理位置上看，公孫述、隗囂、竇融三人都具備問鼎天下的實力。
反觀這三位梟雄，對劉秀爭奪天下最具威脅的，就是公孫述。
公孫述字子陽，關中三輔之一的右扶風茂陵人。他精明乾練，能力超群。可謂才德兼備。除此之外，其父親在西漢之時，也是一方高官，家族教育之下，使得公孫述也精通為官之道，治理吏事民政，井井有條。據傳，天水太守聽說公孫述是一個能員乾吏，對其極為賞識，將其任命為縣令，管轄隴縣、街泉、阿陽、成紀、望垣等五個縣。後來，公孫述又在王莽手下任川蜀之地一個郡的郡守，並逐步取得當地豪強與民眾的支持，將踞在成都的宗成等人的部隊打得大敗，同時，在更始二年（公元24年）派柱功侯李寶、益州刺史張忠，率領軍隊萬餘人翻越秦嶺，攻取招降蜀郡、漢中郡。
從此，公孫述便一直積蓄實力，並於更始二年（公元24年）自稱蜀王。到了第二年六月，公孫述終於公開與劉氏正統為敵，登基稱帝。此時此刻，他所轄的領地綿延數千裡，從西麵與西藏交界的地帶到東麵長江三峽以下，從北麵的秦嶺山脈到南麵的長江。自古蜀道難，難於上青天，隻要控製了進入蜀中的幾條要道，就能夠坐擁富饒無比的成都，繼而虎視中原，奪取天下。但公孫述並沒有在中原各地處於膠著狀態之時，出兵蜀中，因為他考慮到，自己隻控製了全國百分之七的總人口，不得以之下，隻能暫時選擇袖手旁觀，可惜最終失去了奪取天下的最好時機。
正如他的一個謀士所諫言的那樣，當劉秀陷於其他戰線不能自拔時，他其實不應該固守蜀中，而應該出兵，向其他地方發起進攻。
可惜，公孫述失去了這個機會。就劉秀而言，他小心翼翼地避免與其他的對手為敵，一直沿用著遠交近攻的策略，由於劉秀看到公孫述的實力強勁，在通信中亦對公孫述以帝相稱。
一山不容二虎，最終，二人還是處在了直接對手的立場之上。
隗囂此人，前文已經有過介紹，他在逃出更始政權的掌控之後，以天水郡為中心，迅速占領河西地區。這一切都和他的才德有莫大的關係，隗囂為人謙恭愛人，禮賢下士。特彆是對於真心前來投奔他的人，不管其身份幾何，隻要有可以拿出手的才智，他都會傾身接納。到了天水，隗囂積極聯絡各方英豪，提拔阿陽王捷、平襄行巡、長陵王元等擔任軍中將領，為其鎮守一方、征戰天下。
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同時，他還拜平陵人範逡為師友，請金丹、杜陵等人為賓客。隗囂又任命前王莽朝廷的平河大尹長安人穀恭為掌野大夫，以趙秉、蘇衡、鄭興為祭酒，馬援為綏德將軍，申屠剛、杜林為持書，除此以外，隗囂還任命王遵、周宗、楊廣、王捷、行巡、王元六人為大將軍，攻略河西各地。從此，雄踞天水數郡的隗囂，名震西州，威加海內，天下有誌之人莫不心向往之。
除了公孫述和隗囂之外，西北之地還活躍著一個舉足輕重的人物，他就是“河西之王”竇融。竇融字周公，右扶風平陵人。早在王莽攝政其間，竇融就做了強弩將軍、明義侯王駿的行軍司馬，在剿滅叛亂、征戰四方之時，驍勇善戰，胸中暗藏韜略，很快就得到王邑的賞識。
王莽末年，在青州一帶樊崇領導的赤眉起義爆發。此時，王匡在朝廷裡做太師，經過王邑的引薦和自己的觀察，從心底欣賞竇融。竇融亦得以跟隨太師王匡、更始將軍廉丹一起出征青州。自此以後，竇融一直在王匡身邊做部將，地皇三年（公元22年），新莽軍在成昌縣被赤眉軍將領董憲擊敗，王匡、廉丹敗退到無鹽之時，赤眉軍很快就追了上來，大戰之下，將軍廉丹戰死，竇融跟著王匡一起逃走洛陽。這一次慘敗，開始讓竇融懷疑，自己誓死效忠的這個王莽朝廷，是否真的有前途？
長安城被更始軍攻破之後，竇融向更始軍大將趙萌投降，趙萌素聞其才名，故而沒有殺他，反而任命他做了校尉。也是命運使然，這趙萌竟然在不知不覺之間，成了當朝天子劉玄的眼中紅人，一人得道雞犬升天。不久，趙萌越看越覺得竇融是個人才，因此非常器重他，便準備向劉玄舉薦他為钜鹿太守。但是，由於竇融的高祖父曾經擔任過張掖太守，叔祖父也曾經擔任過護羌校尉，他的堂弟從弟也做過武威太守。竇氏一族，經年累世都在經營河西，故而非常熟悉當地的風土人情，根基深厚。於是，竇融便想做張掖太守，經過他的一番上下打點，他順利成了張掖太守。
竇融自此到了張掖之後，便著手開始撫慰周邊的西羌少數民族人，同時廣泛結交當地的英雄豪傑，如金城太守厙鈞、酒泉太守梁統、張掖都尉史苞、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜等人，他們不但在河西之地有實力，而且也有賢德之名，更與竇融是祖籍同鄉。竇融與他們結交之後，不吝饋贈，赤誠相見，彼此之間的關係非常好。路遙知馬力、日久見人心，半年不到，四方民眾便翕然歸附竇融。竇融終於成為了河西之地的豪強，在天下混亂之時，裂土封疆、割據一方。
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