此時的赤眉軍，就兵力數量而論，在天下諸侯當中，當然可以數一數二。然而，和以上三股勢力相比，在戰力上遠遠不足。當赤眉軍放棄長安之後，樊崇便率領他們進入隴東高原，本以為從此可以天下廣大、任我遨遊，哪知卻碰上了隗囂的隴西軍大將軍楊廣，其手下騎兵絲毫不弱於劉秀的幽州鐵騎。因而赤眉軍最終遭遇大敗，狼狽向東南方向逃竄而去，楊廣率領隴西軍一直將樊崇趕出了烏氏、涇陽才鳴金收兵。
鄧禹見此，忙派兵進剿赤眉軍，試圖劫回他們盜掘西漢陵墓之時所獲取的財物。哪知樊崇早就占據了天時地利，手握“番須口”這一一夫當關萬夫莫開的優勢地位，直接威脅右扶風西部的安危。於是，鄧禹所部與樊崇大軍在鬱夷縣（在今陝西寶雞市虢鎮之西）交兵，無可置疑，西征軍大敗而歸。
鄧禹遭逢大敗，本應該修身養性、整軍待命，然而此時的長安卻因為樊崇的劫掠而貧窮不堪，鄧禹數十萬大軍，已經斷糧多時。於是，鄧禹決定派遣軍隊去長安城外找糧食。誰知卻在南山腳下遭遇了漢中王劉嘉追趕的延岑殘部，又大敗。無奈之下，鄧禹隻能暫時撤出長安。
正當延岑為自己獲勝而暗自竊喜之時，卻不料漢中王劉嘉竟然從背後殺出，兵敗之下，延岑隻能向漢中王劉嘉乞降。原本劉嘉就是延岑的主公，隻是為了自立，他才帶兵逃出。此番劉嘉念其戰功，故而並沒有責罰他，反而任命他為將軍。此後，劉嘉、延岑、李寶三人便準備率領著十餘萬軍隊北上，屯兵陳倉道口。哪知卻遭遇了赤眉軍，雙方大戰之下，赤眉軍不敵，就連大將廖湛也被敵人斬下頭顱。樊崇權衡之下，隻能厲兵秣馬，沿著渭水東進，徐圖攻取長安。
他哪裡知道，鄧禹剛剛遭遇連番大敗，早就撤出了長安。赤眉軍冒著天寒地凍，進入了一片瓦礫的長安城中，後悔不已。甚至連士氣也受到影響，大到將領小到兵士，均生出了歸返故鄉的念頭。就在此時，鄧禹也率領部眾殺了回來，準備借機撈上一把，打擊一下敵人的殘兵。隻可惜，赤眉軍並沒有他想象的那麼虛弱，不久，鄧禹便敗逃回雲陽，其手下將士也隻剩下數千人，時局轉換得如此之快，實在是讓人難以相信。
而一邊的赤眉軍，卻並沒有像漢軍一樣，被延岑、李寶等人殺得大敗，真可謂是“天外有天、人外有人”了。此後，鄧禹又殺了漢中王部下前來請求聯合的李寶，隻因為自己連番失敗，李寶傲慢便犯下如此錯誤。此後，鄧禹之敗更是一發不可收拾。直到劉秀果斷任用馮異為征西將軍，代替鄧禹，才讓西線的戰事逐漸轉危為安。當然，對於劉秀派遣馮異代替自己，鄧禹是很有意見的。馮異不過是半路降將，鄧禹則是一直跟隨劉秀的忠臣。因此，從心底講，他是不願意自己大權旁落的。
馮異到達之後，鄧禹便命令部下出戰，攻打赤眉軍。其中，鄧弘為先鋒，馮異為後援，主要攻擊赤眉軍弘農郡一部，敵人詐敗，鄧弘立刻上當，急忙追擊，不料敵人調頭便猛烈地攻擊鄧弘，猝不及防之下，死傷無數。幸好馮異當機立斷，率領自己帶領的數萬將士殺出，才救下鄧弘、打退赤眉。
當此之時，馮異急忙向鄧禹建議“大司徒！末將以為我軍久戰，鋒銳已疲，不如撤退回營，來日再戰不遲。”哪知鄧禹不聽，遂再次率軍出戰，而赤眉軍這邊，則高興不已，因為鄧禹又一次中了他們的詐敗之計。鄧禹一路追擊，直到回谿穀內，遭到赤眉軍伏兵的猛烈攻殺。馮異為後援，當他得到鄧禹追進回谿之後，大驚失色。他久經沙場，一看之下，便知曉鄧禹中了敵人的奸計，他擔心鄧禹有失，不顧自身安危，急忙率部也跟著進去支援。可惜，等他到達戰場，鄧禹早就率領二十四人逃往宜陽，餘下數千將士都成了穀中之鬼。
一波未平一波又起，赤眉軍知曉敵軍必定會前來支援，便布下口袋陣，恰好馮異一頭紮入。幸得馮異機敏，一見之下，忙將部隊調頭，從山坡上衝出一條血路，最終逃回大營。“大難不死、必有後福”，此言實在有理，此次一敗，可以說都是拜鄧禹錯誤的戰略戰術所致，馮異返回軍營，毫不氣餒，積極備戰，同時向劉秀報告軍情，劉秀聞訊，亦大為吃驚，幡然醒悟不該派遣鄧禹前去征西。滄海橫流方顯英雄本色，劉秀於危難之時，毅然決定，相信馮異的實力，放赤眉軍東進。馮異亦不是一個省油的燈，他決意要報回谿一敗之仇，下令緊閉營門，堅壁清野，不許部下出戰。同時，他又暗中下令四處搜羅在回谿一戰失散的殘兵敗將，儘可能地讓他們歸隊。很快，就有兩萬多人聚集到他的麾下。於是，馮異忙向樊崇下戰書，會獵於野。這一戰，首先樊崇便比較輕視馮異，其次，馮異漢軍則是知恥而後勇，他們在馮異這一位當世名將的帶領下，以區區兩萬人馬，殺得樊崇三十萬大軍大敗而逃。馮異當即率領大軍追擊，到了崤山一帶，馮異追上了赤眉軍。
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崤山是古代最為著名的戰地之一，以山高穀絕，峻阪迂回，形勢險要而聞名天下，是關中三輔至中原諸郡的天然屏障。此山中間有南、北二崤道，亦稱南陵、北陵。南陵為夏後皋之墓，北陵有周文王避風雨台遺址。也是孟嘗君靠著“雞鳴狗盜”之處，也是老子西行之地。此番被漢軍追擊，狹長的古道上，赤眉軍單麵應敵，而且後退的極為緩慢，在馮異強有力的攻擊之下，赤眉軍再次大敗，無力再戰，大量士兵放下武器，向漢軍繳械投降。樊崇見大勢已去，隻好拋棄了老弱眷屬，率領主力狼狽不堪地向正東方向逃竄。
到此，樊崇才真正領略了馮異的厲害。率領二十萬赤眉殘軍，逃到宜陽境內。從華陰到崤山，再到澠池，最後到新安，馮異與樊崇的這一場大戰終於勝利結束。經此一役，馮異俘獲赤眉軍男女八萬餘人，可謂大獲全勝。雖然這場會戰，單以規模而言，不能與昆陽之戰相提並論，但是它的戰略意義卻極為重大。馮異亦通過這場阻擊戰，再次展現了他非凡的膽略和高超的用兵技巧，以兩萬人馬，將樊崇的三十萬大軍殺得四散奔逃、潰不成軍，赤眉三分之一的重要骨乾成員在戰役中被消滅，不得不說，這是一個驚人的奇跡。從此，樊崇的赤眉軍主力遭到了重創，其壽終正寢之日已經不遠。
劉秀早就在宜陽布置下數十萬大軍，以逸待勞，當樊崇二十萬殘軍到達宜陽之時，看見眼前突然出現的數十萬威武大軍，嚇得心膽俱裂。隻見劉秀親自統率六軍，大擺兵陣，大司馬吳漢的精兵列隊在陣前，中軍隨後，驍騎、武衛兩軍分彆列陣在左右兩側。赤眉軍看到這種陣勢之後，都感到震驚和恐怖。樊崇一世英雄，縱橫天下，所向無敵，此番剛剛遭受馮異的猛烈攻擊，兵敗如山倒，讓樊崇自己都難以相信。到了宜陽城下，本以為又可以憑借兵力，奪取城池，過上逍遙快活的日子，哪知劉秀竟然來了個甕中捉鱉。眼下赤眉軍已經是彈儘糧絕，輜重全無，兵馬勞頓不堪，士氣鬥誌儘失，樊崇雖然目不識丁，卻也對時局洞若觀火，為今之計，隻有投降一條道路可走，於是，樊崇便派遣劉恭前去乞降。此刻，樊崇已經沒有了和劉秀談判的本錢，劉秀答應饒恕他的性命，眼見大勢已去，他便同意了投降。
不日，赤眉軍的君臣都自行反綁雙手，帶著高祖劉邦傳下的璽印前來投降，光武帝下詔令把受降事宜交給城門校尉辦理。又頒布詔書，祭祀高廟，“賞賜天下繼承父親地位的長子爵位，每人加封一級”。
二月己末日，光武帝劉秀到高祖神廟祭祀，接受傳國印璽。曆時數年，劉秀終於平定了赤眉軍，獲取和穩固了河東和關中地區，天下一統指日可待。
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