掃平外戚勢力之後，漢和帝劉肇終於得以臨朝親政。首先，就對這次平叛事件的諸多臣屬論功行賞。特彆是鄭眾和劉慶，通過此次事件，甚得劉肇的信任。劉肇向劉慶賞賜了大量錢糧，恩寵之深厚，一時沒有第二個皇親國戚可以與之相提並論。而鄭眾則是劉肇賞賜最為豐厚的另一個人。鄭眾前半生多鬱鬱不得誌，經過這次平叛，助皇帝奪回大權，自然能夠平步青雲。於是，鄭眾被任命為大長秋。大長秋一職，乍看之下名不見經傳，細細思量，才知道這一官職是則是皇帝近侍官首領，非皇帝親信不得充任，主要負責宣達旨意，管理宮中事務。
剛開始之時，皇帝劉肇還對宦官掌權有所顧忌，曆朝以來，宦官掌權，江山必亂。因此，並沒有給予鄭眾參與軍政大事的權力。鄭眾也對自己的處境很了解，因此，每次皇帝賞賜，他都推脫不要。其仁愛謙遜的態度便逐漸受到皇帝劉肇的喜愛和尊重，進而在遇到國家大事難以解決，而朝中重臣相繼死去的情況下，詔令鄭眾與之商議。至此，宦官之權柄得以擴大，並滲透到國家的大政方針之中。
恰如史書所言：“宦官用權自此始矣！”
在封賞功臣的同時，劉肇也開始大力革新國家政策，逐漸實踐著自己的政治抱負。永元四年（公元92年）十二月壬辰，劉肇剛一上任就頒布詔令減土地稅。後來，他又多次下詔，勸農權耕。
透過這一舉動，劉肇勤政愛民的形象便被人民廣為傳誦。但是，皇帝劉肇畢竟個人精力有限。自己所依靠的幾個重臣相繼過世，永元五年（公元93年）春正月，千乘王劉伉死去；永元五年正月，廣宗王劉萬歲死去；二月甲寅日，太傅鄧彪死去；永元五年十月，太尉尹睦死去。
此前的永元四年（公元92年），司徒袁安、司空任隗二位國之棟梁也相繼去世，此後不久，司徒丁鴻、城陽王劉淑、樂成王劉黨、陳敬王劉羨等人也相繼西去。一時之間，朝堂可用之人變得越來越少。為了解決這一問題，永元五年三月，劉肇特彆頒布了一紙詔令，責令選賢任能。
可以看出，和帝劉肇實在不失為一個年輕有為的英明聖主。他在平定竇氏亂朝之後，積極支持班超在西域的鬥爭，不久，班超大破焉耆，西域降附者五十餘國。同時派遣著名將領烏桓校尉任尚領兵東北，大破南單於，收複遼東。
在他在小的時候，便深諳為政之要，對於百姓懷有一顆憐憫之心。時常下詔賑災救難、減免賦稅、安置流民、勿違農時，同時，和其父親劉炟一樣，以寬和的態度對待犯罪。即使他知道竇太後的所作所為，並能夠無所顧忌地懲處她時，劉肇也沒有采取行動，而是讓竇太後恩寵不減，直到她死後，依然力排眾議，以“恩不忍離、義不容虧”為由，將竇太後諡為章德皇後。同時對於梁貴人、宋貴人的問題也都妥善安置。其母梁貴人被追封皇太後。此外，和帝還一直堅持以民為本、任人唯賢、注重道德教化左右，使得漢朝在他的治理下，整個國家與他的諡號“和”帝暗合，一時之間，大漢朝四海升平、海晏河清。
陰孝和與鄧綏的後宮鬥爭
儘管和帝劉肇儘心竭力地想將國家治理好，重振劉氏偉業，但是東漢王朝的命運似乎冥冥中自由天定，逐漸走向了黑暗的深淵。
首先，是宦官的崛起。
皇帝跟外戚鬥爭，必須獲得彆人的支持。而皇帝長於深宮，無法與外邊互通消息，於是宦官就成了皇帝的倚靠和助力。東漢政權的第四任皇帝劉肇最先向外戚發動攻擊。在他與宦官鄭眾的逼迫下，外戚竇憲自殺。但是，竇氏衰落之後，鄭眾憑借功勞，其威勢不減反增。於是自鄭眾開始，宦官的權力越來越大。
其次，則是班超經營多年的西域的喪失。
早在劉莊在位之時，班超便投筆從戎，跟隨當時的大將軍耿恭南征北戰，最終靠著自己的三寸不爛之舌，帶著三十六個隨從，征服了西域各國。後來劉炟繼位，改變國策，欲將班超調回洛陽，放棄西域，終在班超的竭誠努力之下，劉炟答應了他繼續經營西域的請求。
經過多次戰爭，班超這位西域都護在事實上掌控了西域各國。到元和四年（公元87年），曾經幫助漢朝進攻車師的大月氏來到班超駐地，請求與漢朝給為秦晉之好。班超見漢朝此時正是國家蒙難之時，不宜與以邊陲小國結親，便拒絕了大月氏的請求。
永元二年（公元90年），心懷怨恨的大月氏便率領七萬軍隊東越蔥嶺，攻打班超。多日攻取不得，大月氏隻好去龜茲求救，半路遭到班超數百軍士的埋伏，求救使者也命喪黃泉。大月氏首領隨即向班超請罪，班超並沒有追究他們的過錯，便讓他們得以重返故土，大月氏大驚之下，與漢朝和好如初，消息傳來，竇氏兄妹也感到很高興。
不久，龜茲、姑墨、溫宿等國相繼歸附。又過了些時日，西域五十多個國家都歸附了漢王朝，班超終於實現了立功異域的理想。
然而好景不長，畢竟西域各國之所以臣服漢朝，主要有三個方麵的原因，一是漢朝政治清明、經濟良好、軍事強大；二是北方強大的匈奴政權的土崩瓦解和臣服，使得漢朝在西域地區沒有了競爭對手；三則是出於對班超個人魅力的敬服，班超經過幾十年來的經營，在西域的勢力已經根深蒂固。無論是他的軍事能力還是外交能力，都得到了西域諸國的敬服。
可以說，這三個方麵缺一不可，直到劉肇未年，東漢國力下降，班超也退休回到洛陽。將領任尚接替了班超西域都護的位置，可惜任尚之為人勇武有餘、謀略不足，在他和班超交接官印之時，班超就對任尚說：“塞外的情形可謂是魚龍混雜，而你的性情太過嚴正。俗話說：太清澈的水沒有大魚，太嚴格的要求失去團結。我的意思是，你隻需總攬大綱，不要挑剔小節，對他們的小過錯更應該儘力寬恕。”
然而，任尚對其言語不置可否，在其掌權其間，一改班超在西域的成功施政方針，其在任的四年時間，任尚就激起西域所有國家的叛變。至此，西域各國再也難以恢複到班超在位之時的狀態。兼且漢朝一代不如一代，國家內部紛爭不斷，無暇他顧，最終導致了漢朝掌控西域權力的徹底喪失。
最後，劉肇則是在後宮皇後大位的變遷中，使得國家變亂，外戚政治又一次登上中國的政治舞台。
皇帝劉肇本來設立了一個皇後叫小陰氏，但是後來卻改立了鄧綏為後。這又是為何呢？
其實論起才情相貌，小陰氏都遠遠比不上鄧綏，鄧綏六歲就通讀史書，十二歲精通《詩經》《論語》，每次與其兄長對答之時，號稱飽學之士的兄長們也常常隻能甘拜下風。因為鄧綏聰慧好學，才華超群，故而家人都稱她為“諸生”。父親鄧訓更是對女兒異於其他女子的言談舉止暗暗稱奇，認為她將是兒女中最有前途的，事無巨細都與這個小女孩商量後再行。本來，鄧綏是能夠和小陰氏一起入宮的，那樣小陰氏也就不會先自己而被冊立為後了。然而，就在自己即將入宮的前夕，鄧綏的父親鄧訓卻離開了人世，為了守孝儘喪，鄧綏隻得在三年之後才得以入宮。
三年艱苦的守孝生活結束，鄧綏已然變得形容枯槁，雖然此次又一輪選妃入宮開始了，鄧綏因為三年前就被選取，這次去宮內也必定是水到渠成的事情。然後在入宮的前三天夜晚，她卻做了一個奇怪的夢：鄧綏夢見自己以手撫天，還抬頭飲用青天上的鐘乳。
第二天，鄧綏將這個夢告訴了自己的家人，其家人便找來善於占卜之人為她解夢。占卜者聽後大驚失色、遂肅然起敬地說道：“過去帝堯曾經夢見自己攀天而上，商湯也夢見登天而食，這都是千古帝王的先例。如今你家姑娘也做這樣的夢，她的前途大吉大利難以言傳。”
後鄧家人又請來相士，相士一見鄧綏，當即恭敬的說道：“小姐不同凡響，必走成湯之路！”
鄧氏族人一聽，當然高興不已，遂命人嚴守這個秘密。
可惜，在鄧綏入宮之前的永元八年（公元96年），小陰氏陰孝和就已然做了皇後。因此，鄧綏本應該一片坦途的後宮之路就這樣布滿荊棘。鄧綏一入宮，其絕世的容顏便傾倒了眾人，更彆說年方十八、正值年少輕狂的漢和帝劉肇了。劉肇一眼就看中了鄧綏，此後便甚得寵幸，次年便被封為地位僅次於皇後的貴人。這年，她才十六歲。
隨著鄧綏受到的恩寵日益厚重，深宮後院之內無一人可以與之相提並論，鄧綏也深刻地感受到自己所麵臨的危機。
俗話說得好，木秀於林、風必摧之。和帝劉肇如此地寵幸鄧綏，當然會讓陰孝和覺得自己的地位正在被動搖。因此，每次鄧綏都會相讓於皇後，恭肅小心，動有法度。因為她清楚地知道，一旦自己有半點爭寵之心，皇後發現，自己會招來殺身大禍，皇上知道，也必定會對自己不那麼寵幸。恰在當時，鄧綏和陰孝和都沒有子嗣，鄧綏見此，忙向皇帝推薦彆人，以便讓皇帝能夠早生龍子，承繼大業。皇帝劉肇見鄧綏如此為漢室著想，不禁對她格外高看。
有一次，鄧綏染病，劉肇還特彆恩準鄧氏家人可不限人數地出入皇宮，探望鄧綏。這在當時可是莫大的恩典，然而鄧綏卻說道：“宮禁至重，乃天子所居。若使妾外家久在內省，有違聖製，不合禮法。此雖是皇上殊恩，但這樣一來，上使陛下有親幸私家之譏，下使賤妾遭不知足之謗。上下交損，得不償失，實在不想搞到這種地步。陛下不棄賤妾陋質，妾縱死亦感泣於九泉之下。”
皇帝聞言，愈加喜歡這個鄧綏。隨著鄧綏德名日盛、聲譽日隆，皇後陰孝和也日益感到自己再不出手，怕是這皇後大位也要拱手讓人了。百般無奈之下，陰孝和決定，以巫蠱妖法去詛咒鄧綏，這當然沒有什麼效果。可到了永元十三年（公元101年）夏，陰孝和見和帝病危，便想趁機向鄧綏暗下毒手。幸好鄧綏在宮中頗有人緣，連皇後身邊的小太監也感到陰氏過於陰毒，於是便悄悄地將這個消息傳到了鄧綏的耳中，鄧綏聽聞，吃驚不已，再看皇帝，已經病入膏肓、命如遊絲，此番皇上如有不測，自己難免會遭受殺身滅族之禍，皇後獨掌大權，難免會重蹈竇氏兄妹之亂。
一念及此，鄧綏頓時冷汗如雨，揚言要自殺以報皇恩。鄧綏此舉，可謂高明之至，一旦皇宮有變，自己自殺之舉興許會換來百官的同情，可免遭禍患。如果皇上病好，則自己就可以獲得一個好名聲，賢德之名更加遠揚。當然，鄧綏最終沒有自殺，皇帝劉肇也病好如初。
和帝病好之後，得知鄧綏被逼得險些自殺，心中不免對陰孝和之狠毒不滿。皇後身邊之人也對陰孝和很不滿，不久，皇後行巫蠱之術的事情便傳到了皇上的耳中，這在當時可是了不得的大事，前朝舊曆，多少人因這巫蠱之禍魂斷九泉。皇上聞言，心下大怒，急忙命人徹查此事。
永元十四年（公元102年）夏天，皇後因行巫蠱之事證據確鑿，便遭到廢黜。陰孝和被廢後遷於桐宮，最終憂懼而死。陰孝和到死也不明白，自己隻是試著施行巫蠱之術，卻並沒有取得任何的效果，何以會招致如此大禍。其實，這一切都是在潛移默化中造成的結果。自鄧綏入宮，得到皇帝寵幸，再到鄧綏和陰氏兩個人的所作所為的強烈對比，劉肇要廢黜陰孝和的心早就暗自增長。說起來，陰皇後還是光武帝皇後陰麗華之兄陰識的曾孫女，與劉肇大有淵源。她與鄧綏也是姑表親戚，且低鄧綏一輩。劉肇一向以仁治國，此番卻犯了東漢一乾皇帝的大忌。
樹倒猢猻散，在皇帝下令徹查此事之後，陰氏族人陰軼、陰輔、陰敞都被打入天牢，其中會不會有屈打成招之事就不得而知了。事發之後，陰孝和的父親陰綱服毒自儘，其族人被劉肇全部流放到南方遙遠的蠻荒之地日南郡。
自此，這個事件才全部結束。其實從後來鄧綏所展現的才智手段來說，這件事情也有可能是她策劃的，而且因為鄧綏並沒有和竇氏兄妹一樣，中途被誅。因此，史書也就可能對其有所刪改，而且這一期間鄧綏的作為史書記述的很少，功過隻能讓後來者去發現了。