海瑞立誌做一個不謀取私利、不諂媚權貴、剛直不阿的好官。他的代表作品有《治安疏》等。
嘉靖四十五年（1566年），海瑞向明世宗朱厚熜呈上了著名的《治安疏》。
當時，明世宗朱厚熜沉迷於道教，追求長生不老之術，終日不理朝政，大興土木修建道觀，耗費大量人力物力財力。他還寵信嚴嵩等奸臣，致使朝政腐敗，民不聊生。
海瑞深知國家危在旦夕，懷著對國家和百姓的忠誠與責任感，冒死寫下《治安疏》。在疏中，海瑞直言不諱地指出世宗迷信巫術是荒唐之舉，批評其生活極度奢華，揮霍無度，並且嚴厲譴責他長期不理朝政，致使國家陷入混亂。
世宗看到這篇奏疏後，龍顏大怒，認為海瑞竟敢如此冒犯天威，當即下令將海瑞逮捕下獄，欲將其處死。
幸好當時內閣首輔徐階等一些正直的大臣極力為海瑞求情擔保，世宗這才暫時饒過海瑞一命。海瑞就這樣被關押在獄中10個月。
嘉靖四十五年十二月，世宗駕崩後，新帝即位，海瑞得以獲釋出獄。官複原職。被提拔為大理寺丞、南京通政司右通政等職。此時的海瑞53歲左右。
此後，海瑞曆任南京都察院右僉都禦史、南京吏部右侍郎等職。
在南京任上，他大力整頓吏治，打擊貪汙腐敗。海瑞出獄後，在南京仍致力於推行“一條鞭法”。
“一條鞭法”是明朝嘉靖時期確立的賦稅及徭役製度。土地兼並嚴重，賦役不均，農民負擔沉重，國家財政困難。為了解決這些問題，海瑞推行了“一條鞭法”。
“一條鞭法”把各州縣的田賦、徭役以及其他雜征總為一條，合並征收銀兩，按田畝和人丁的多少來分擔。
他先對當地的土地和人口進行了詳細的清查，確保稅收的依據準確。把發現大量土地被隱瞞未報，導致稅收流失，該罰的罰，該補漏的就補漏，海瑞親自帶隊丈量土地，重新登記造冊。
對於徭役的分配，海瑞按照人丁和田畝的實際情況進行調整，使得負擔更加公平合理。他堅決打擊那些試圖逃避賦稅和徭役的豪強地主，保障了普通百姓的權益。
海瑞明察暗訪，官員利用職權收受賄賂，為他人謀取不正當利益，海瑞掌握證據後，將其嚴懲。
海瑞還積極處理民間糾紛，公正裁決案件。土地糾紛，涉及多方利益，海瑞通過深入調查和走訪，依據事實和法律做出公正判決，贏得了百姓的信任和稱讚。
海瑞斷案在曆史上留下被人稱道的案例。在淳安縣時，胡勝祖與邵時重為爭奪山地發生糾紛，期間胡勝祖病故。胡勝祖有兩個兒子胡勝榮和胡勝佑，胡勝佑有個外甥叫邵鏞，他們與邵時重均有宿怨。於是，他們私下弄開胡勝祖的屍桶，用朱脂塗在胡勝祖屍體頭部，假作傷痕，然後到淳安縣告邵時重打死人命。
海瑞得知後，命湯縣丞主持驗屍，自己親自進行檢驗和分析。他發現所點之朱和以膠脂，經洗刷數次後盆水仍紅，其骨也不免呈紅色。後用瓷瓦刮之，頭顱硬處紅去無跡，差異明顯，從而昭雪了邵時重的冤枉，明確了胡勝榮等人的誣告罪行。
海瑞因逐漸有了明察秋毫的口碑，以至於與淳安縣同屬嚴州府的桐廬、建德、遂安等縣發生重大案情，凡是經縣、府、巡按禦史等部門審理而仍不能結案的，也常移到淳安縣來審理，或請海瑞前去會審。
海瑞愛惜百姓生命，秉公執法，不徇私情，不辦冤枉之案，該推翻的就推翻，深得人心，因此被稱為“海青天”。
萬曆十五年，七十四歲高齡的海瑞在南京任上溘然長逝。這位一生剛正不阿、清正廉明的賢臣，竟未曾留下一子半女承歡膝下，以延續他的血脈與誌向。
他的一生，如同一盞明燈，燃燒自己，照亮世間的黑暗與不公，卻從未為自己積攢半分財富。直至生命的最後一刻，海瑞依然兩袖清風，逝世之時，家中竟無絲毫存款。他的身後之事，竟是靠知心好友僉都禦史王用汲東拚西湊才得以操辦。
當他的死訊傳出，猶如一聲驚雷，震撼了無數人的心靈。百姓們悲痛欲絕，從四麵八方趕來，祭奠哭拜的隊伍延綿長達百裡。他們懷著無儘的哀思與敬仰，送彆這位心中的青天。
朝廷有感於他的忠貞與高潔，特地追贈他為太子太保，賜予諡號“忠介”。這兩個字，仿佛是對他一生的凝練總結，卻也難以道儘他為這世間付出的一切。
《明史》評價海瑞“海瑞秉剛勁之性，戇直自遂，蓋可希風漢汲黯、宋包拯。苦節自厲，誠為人所難能”。
明代博物學家謝肇淛認為海瑞的清廉是天性如此；明代思想家、文學家李贄認為海瑞是如鬆柏一樣能成為棟梁的人；清代政治家張廷玉認為海瑞可媲美宋代包拯。
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