他還通過解剖和品嘗藥物等方式深入研究，提高對藥物特征的認識和辨析能力，如為確定曼陀羅花的藥性，他一方麵閱讀前人書籍，另一方麵親自到武當山訪問藥農，最終證實風茄兒與曼陀羅為同一種藥物，且須與火麻子花同用才有麻醉作用，從而為病人減少醫治痛苦。
李時珍還采用的科學分類。通過比較方法，他糾正了眾多本草的錯誤，包括名字錯誤、藥物產地錯誤等。
李時珍一生為醫學事業鞠躬儘瘁，除了醫學巨著《本草綱目》，還著有《浙湖脈學》和《奇經八脈考》等書。因為常年勞累，身體早已不堪重負。在完成《本草綱目》沒多久，他就病倒了。儘管徒弟們四處尋醫問藥，可他的病情還是日益加重。李時珍於明萬曆二十一年（1593年）去世，享年75歲。
明朝除了李時珍，還有許多其他傑出的中醫學家。
《滇南本草》由明代雲南嵩明人蘭茂所撰，是中國現存地方性本草書籍中較為完整的作品，比《本草綱目》成書更早，約早142年。是我國第一部地方本草專著。書中不僅詳細記載了雲南草木蔬菜中可用於藥者，還記錄了許多少數民族醫藥與漢族醫藥相互結合的實例，記述了許多藥材療效的經驗及民間秘方等。
記載地方特色藥物首次記載了如仙鶴草、川牛膝、川草烏、貝母等眾多藥物，還包括不少來源於彝族藥的藥材，如滇重樓、滇黃精、滇龍膽、雲黃連、金蕎麥等。
徐春甫（15101novel.com—1596）祁門（今安徽歙縣）人。出身於詩書之家，因體弱多病改習醫業，拜祁門名醫汪宦為師。在汪宦的指導下，徐春甫博覽醫著，認真鑽研《黃帝內經》等醫學經典，精通內、婦、兒諸科。
後來他寓居京師，開設“保元堂”行醫，因醫技精湛，在嘉靖年間應詔治愈了穆貴妃的危症，被授予太醫院吏目。
徐春甫一生精勤篤學，著述甚豐，編著醫書8部110多卷，是明代著書最多的醫家。其代表作《古今醫統大全》，概括了明代以前中醫學的主要成就，被列為我國十大醫學全書之首。
一體堂宅仁醫會是由徐春甫於明隆慶二年（1568年）組織成立的醫學學術團體。該醫會彙集了8省客居京都的46位名醫。它不僅是我國最早的醫學社會團體，也是世界上第一個民間科技團體。
“一體堂”有兩層含義，一是指醫道同門，授受相傳，原本是一體；二是指醫家與病家本是一體，醫者應該視患者的疾病猶如自身的疾病，才能儘其所能去醫治。“宅仁”即“宅心仁厚”，體現了醫者仁心、醫乃仁術之意。
高武，明代著名針灸學家，約生活於十六世紀。鄞縣（今浙江寧波）人，博學多才，通曉天文、樂律、兵法等，嘉靖年間考中武舉。他晚年專注於醫學研究，尤其擅長針灸。
其代表作《針灸聚英》《針灸節要》《針灸要旨》，《痘科正宗》等。他為訂正穴位，親製針灸銅人模型三具，男、女、童子各一，這在針灸史上是較為少見的。
《針灸聚英》彙集了明以前十多種針灸醫籍的理論與臨床經驗，結合他自己的觀點與體會而成，是一部具有重大學術價值的針灸學專著。
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高武在學術方麵，秉持尊崇《內經》《難經》的態度，提倡針、灸、藥三者兼顧；他遵古不泥古，首立“東垣針法”；注重經脈經穴流注，首創腧穴主治歸納；重視實踐，治學嚴謹，對子午流注納甲法提出質疑，主張定時用穴，倡導子午流注納子法。
張景嶽（1563年1640年），原名張介賓，浙江紹興人。他祖上以軍功起家，世襲紹興衛指揮使，家境富裕。張景嶽自幼隨父親學習，涉獵諸子百家和醫經典籍。14歲時，他師從京城名醫金夢石，儘得其傳。
張景嶽生性豪放，受先祖激勵，壯年從戎，遊曆北方。但數年從軍無所成就，後解甲歸田，潛心鑽研醫道，終名噪一時，被奉為“（張）仲景（李）東垣再生”。
中年起，他潛心研究《內經》30餘年，它對《黃帝內經》進行了全麵、係統的分類編述和注釋，集前人注家的精要，加以自己的見解，理論上有創見，注釋上有新鮮，編次上有特色。
其最重要的代表作是《景嶽全書》是一部全麵而係統的臨床參考書。
各科齊全，敘述條理清晰，其才學博洽，文采好，善雄辯，文章氣勢宏闊，議論縱橫，多方引證，演繹推理，邏輯性強，故得以廣為流傳。
後世葉天士亦多承他的理論和方法。書中的溫補理論影響深遠，其中的《新方八略》《新方八陣》《古方八陣》，仿兵法八陣，把治病愈疾之法分為補、和、攻、散、寒、熱、固、因八陣，取用藥如用兵之意。
龔廷賢字子才，號雲林山人，又號悟真子，江西金溪人。他一生著述極豐，其中《小兒推拿秘旨》是我國醫學史上最早的一部兒科推拿專著。《萬病回春》和《壽世保元》兩書流傳較廣，從理論上分析病理、症狀和治法，並附有方劑及400味藥性歌訣。
方有執明代傷寒學家，安徽歙縣人。他兩番以中風、傷寒喪妻，五次以中風喪子，遂發憤學醫。其一生篤誌《傷寒論》研究，重新整理《傷寒論》條文，並在《傷寒論條辨》一書中，著重闡釋了衛中風、營傷寒、營衛俱中傷風寒之源。他敢於疑古、創新，開“錯簡重訂派”之先河，拉開了傷寒學派百家爭鳴的序幕。
楊濟時，三衢（今浙江衢縣）人。世醫出身，嘉靖三十四年（1555）被選任侍醫，隆慶三年（1568）進太醫院聖濟殿，三朝任醫官達46年，醫跡遍及閩、蘇、冀、魯、豫、晉等地。在家傳《衛生針灸玄機秘要》基礎上，博采眾書，參以己驗，編成《針灸大成》，對針灸理論及臨床又一次進行了總結。
傅青主名傅山，字青竹，山西陽曲人，是明末清初著名的醫學家，著有《傅青主女科》《傅青主男科》等傳世之作。《傅青主女科》是一部頗有建樹的婦科專著，其醫學造詣很全麵，故有“醫聖”之稱。
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