那日一起參與討論的術士之中有個叫劉生的，嫉妒盧生、侯生平日受始皇帝寵信，聽到這番話便去向始皇帝告密。
始皇帝聽說之後勃然大怒，命人封鎖所有城門，進行全城搜捕，務必抓捕歸案！然而此時二人早已逃出鹹陽，守城士兵大肆追捕三日，並未捉到。
始皇帝訓斥了鹹陽令後，心中的怒火仍然無法排解，於是招廷尉蒙毅說道“我以前收取天下書籍，將不合時用的全部燒毀，為的是統一思想，營造太平盛世；朝廷還招集了很多術士，希望煉製仙丹，得到奇藥，以保太平！”
蒙毅見始皇帝怒氣正盛，不敢頂撞，隻得順著說道“陛下所思所想都是萬世之計，企是這些江湖術士所能理解？”
始皇帝並不理會蒙毅的話，接著道“我為他們付出了如此之多，這些人卻是怎麼回報我的呢？韓終離去後一直不來複命；徐福等人耗費巨萬建造巨船，入海尋仙，至今也還是沒有得到仙藥；我對盧生等人很尊敬，賞賜豐厚，如今他卻誹謗我，來加重我的不仁！
我現在每天聽到的都這些術士以尋仙之名來欺騙朕錢財的事！如今這些術士不但找不到仙藥，還聚眾抨擊朕，甚至製造怪誕邪說來惑亂百姓！是可忍孰不可忍！”
“陛下息怒，這些宵小之徒都是欺世盜名之輩，不值得陛下動怒！”
“你說蒙蔽皇帝該當何罪？”
蒙毅不敢怠慢，道；“欺瞞皇帝，罪當死！依照刑律要活埋。”
“蒙毅，你立刻派人捉拿鹹陽城中的術士，嚴加審訊，凡是打著仙人的幌子行騙之人一律下獄！私下有議論朝廷過失的人也一律逮捕！”
“臣領旨！”
於是蒙毅派人抓捕並審問鹹陽城中所有的術士。很多術士以前都隻是街頭的地痞，沒有什麼骨氣，隻是為了迎合皇帝的欲望才詐稱見過仙人，此刻為免除自己的罪過，互相告發。
最終查出觸犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在鹹陽活埋，借以警戒後人。其餘罪過輕微的則全部派遣到邊境戍邊。
聽到這個命令，蒙毅大吃一驚，他負責案件的審理彙總，知道其中很多人是被其他人誣陷的，並沒有罪，並且其中不少都是儒生出身，為尋求進階之梯才當了術士，對帝國文人都有很大的影響力，因此蒙毅勸諫道“陛下！四百多人之中不少是被牽連進來的，罪不至死，請陛下三思。”
始皇帝自從掃平六合以來，一直認為自己功蓋五帝，前無古人後無來者，沒想到盧生和侯生竟然這樣議論自己，不僅否定了自己所有的功業，而且連一個合格的皇帝都算不上，其心中惱怒可想而知！如今當事二人全部逃脫，怒火無處發泄，如今蒙毅卻求情，心中怒火又起，斥責道“蒙毅！你也糊塗了嗎？天下之大，如果我連自己的尊嚴都無法保全還如何治理國家？這些術士仗著我平日對他們的寵信，竟敢在背後抨擊朝政，擾亂民心，如何能饒恕！你不必多說了，立刻處死所有在押的術士！”
蒙毅見到始皇帝如此決絕，知道再勸下去也不會有結果，隻會更加激怒始皇帝，不得已隻能領命而去。
長子扶蘇與蒙毅一向交好，扶蘇還娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶蘇的脾氣，知道他如果知道此事也一定會去勸諫始皇帝，因此出來皇宮便馬不停蹄的趕到扶蘇住處。蒙毅下馬，連忙往長子府奔去。此時，扶蘇正急匆匆的出門，二人差點迎頭相撞。
蒙毅見扶蘇一身朝服打扮，知道自己所料不錯。但此刻他卻假裝不知，問道“公子這是要急著乾嘛？”
扶蘇道“聽說父皇要處死四百多個術士，蒙兄趕緊同我一起前往勸諫父皇，阻止這件事啊！”
蒙毅連忙拉住扶蘇，道“公子此刻千萬不要莽撞，陛下正在氣頭上，現在去勸諫非但阻止不了坑殺之事，還極有可能惹火上身！”
扶蘇不滿的說道“我一直以為蒙兄是忠義之人，如今怎可見死不救？此刻不去勸諫，殺了這些術士，天下人必將認為父皇不明是非，濫殺無辜，大錯一旦鑄成，必將留下千古罵名啊！”
“此事我當然明白，不瞞公子，我剛剛就去勸諫過陛下，但現在陛下怒火難消，是聽不進去勸諫的！”
“即使父皇不聽我也要去！至少要讓天下知道父皇身邊還有忠臣！”
蒙毅拉住扶蘇，急道“公子三思啊！陛下身體日漸衰老，冊立太子是遲早的事，現在不宜多生事端，觸怒陛下！”蒙毅知道扶蘇平日就與始皇帝多有芥蒂，這也極有可能是始皇帝遲遲不肯冊立太子的原因，此番如果再觸怒皇帝，太子之位就又遠了一層。
扶蘇根本聽不進去蒙毅的勸阻，道“身為臣子知道皇帝的過失而不指正，那就是不忠，是小人的行為，我扶蘇豈是貪戀權位之人！”
於是甩開蒙毅的手，徑直出了大門。
扶蘇來到王宮覲見皇帝，始皇帝怒氣剛剛平複了一點，正在批閱奏折。
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扶蘇進來之後，開門見山道“父皇去年剛剛焚燒了天下之書，如今又要坑殺儒生，孩兒以為不妥。”
始皇帝冷笑一聲，“哪裡不妥？說來聽聽！”
“現在天下平定不久，百姓尚未被安撫，儒生們主張學習效法孔子行仁政，是有利於天下太平的！不應當用刑罰來懲罰他們。而且這樣也會留下父皇擅殺的汙名。”
始皇帝一直認為自己被欺騙，現在扶蘇又來指責自己，剛剛平複下去的怒火一下又被點燃，一把將手中的奏折扔到桌上，生氣的說道“這些儒生到處散布謠言，抨擊朝政，混淆視聽，難道有利於天下穩定嗎？我如今還活著，他們就那樣汙蔑我，容忍他們就能留下美名了嗎？”
扶蘇爭辯道“古人雲，防民之口甚於防川，天下如此之大，又如何能夠完全禁止的了？隻有修聖德才能慢慢感化他們！”
始皇帝一向不喜歡儒家的學說，更加生氣，道“你何時也學會了儒生那一套？動不動就仁政、聖德，如果這也可以治天下，為何周天子製止不了諸侯紛爭？看來隻有讓你見識一下殺戮，你才會知道儒生主張的那一套在現實中是根本行不通的！”
看到始皇帝發怒，扶蘇不敢再爭辯。父子二人沉默了片刻，始皇帝道“你去隴西一帶輔佐蒙恬監軍吧！”
當日，始皇帝就下詔，令扶蘇到北方監軍。蒙毅得知消息後，喟然長歎！